Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,087 C→G 10.8% T190T (ACG→ACC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0870C→G10.8% 170.5 ‑2.0 ‑1.7694T190T (ACG→ACCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (28/47):  ref base (291/328):  total (319/375)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.41e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.07e-02

Only 100 of 1010 total aligned reads displayed.

CCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACC  >  NC_014034/221987‑222188
                                                                                                    |                                                                                                     
cggtcggatccgtgggATCCGTCGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgggtcc                                                                                                       <  2:1354651/96‑1 (MQ=14)
ccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                                                                       <  1:5087887/101‑1 (MQ=11)
 cgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtggggtccgtcgggtccg                                                                                                      <  1:5564829/101‑1 (MQ=14)
  gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                                     >  1:8616229/1‑101 (MQ=14)
  gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                                     >  2:7328348/1‑101 (MQ=14)
  gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                                                     <  2:4729091/101‑1 (MQ=11)
   tggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                                    >  1:6418375/1‑100 (MQ=14)
   tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGACGGGTCCGTCGGATCGGTg                                                                                                    >  2:3000506/1‑101 (MQ=11)
    ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTggggtccgtggggtccgtcg                                                                                                   >  2:3920114/1‑99 (MQ=11)
    gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                                                   >  2:8268737/1‑99 (MQ=11)
    gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                                                   >  1:7502297/1‑99 (MQ=11)
    aggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTGGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                                                   >  1:2375495/2‑101 (MQ=14)
     gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                                                  <  1:6726546‑M1/74‑1 (MQ=255)
     gggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcgg                                                                                                  >  1:2484636/7‑101 (MQ=11)
     gggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcgg                                                                                                  <  1:1599137/95‑1 (MQ=11)
     ggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                                                  >  1:3928946/1‑101 (MQ=14)
     ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTcgg                                                                                                  >  2:2375779/1‑101 (MQ=11)
     ggatcgggtagATCCGTAGGGTCGTTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                                                  <  2:6518112/101‑1 (MQ=11)
       gtcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                <  2:5625832/100‑1 (MQ=14)
       gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGGCGGGTCGGGggggg                                                                                                >  2:8094475/5‑99 (MQ=11)
         gcgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                                              <  2:2217589/99‑2 (MQ=11)
         ccgtgggatcggtcggatcggtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                              >  2:2610465‑M1/24‑101 (MQ=255)
         ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                                              >  1:9141549/3‑100 (MQ=11)
         ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                                              <  2:9141127/99‑2 (MQ=11)
          cgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                             <  1:8169659/100‑3 (MQ=11)
          cgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                             >  1:5389218/2‑99 (MQ=11)
           gtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                            >  1:5787939‑M1/22‑101 (MQ=255)
           gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                            >  1:6013747/1‑101 (MQ=14)
            tgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                           <  1:1814063‑M1/81‑1 (MQ=255)
            tggaatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                           <  1:694614‑M1/81‑1 (MQ=255)
            gcgggtcggggggATCGGTCGGGTCGGGGGGATCGGTCGGATCGGGGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                           <  1:2233962/91‑1 (MQ=11)
             cggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtgg                                                                                          >  1:1328685/1‑99 (MQ=11)
             cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                                                          >  1:363708/1‑99 (MQ=11)
             cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtgg                                                                                          >  2:3809533/1‑99 (MQ=11)
              ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGCGGTCGGGCGGCTCCGTCGGATCCGTgggctacggcgc                                                                                         >  1:4238986/1‑92 (MQ=2)
              ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                                         <  2:7581275/101‑1 (MQ=11)
              ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                                         >  1:1010123/1‑101 (MQ=11)
               ggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcggg                                                                                        >  1:4513706/3‑100 (MQ=14)
               gatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGatcggtcggg                                                                                        <  2:8678787‑M1/84‑2 (MQ=255)
                gtCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATAGGTGGGATCCGTGGGAt                                                                                       <  2:338464/100‑1 (MQ=11)
                atcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                                       >  2:6172722‑M1/17‑101 (MQ=255)
                 tCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                      <  2:4142908/101‑1 (MQ=14)
                 tCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                      <  1:359597/101‑1 (MQ=14)
                  cggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                     <  2:114913‑M1/87‑1 (MQ=255)
                    gTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCAGAtcggaagagcgtcg                                                                                   >  2:1505738/1‑91 (MQ=11)
                          tcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGACCGATcccacggatc                                                                             <  2:8436460/101‑9 (MQ=11)
                            ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                                           >  2:3258998/1‑101 (MQ=14)
                              tgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                         >  2:1996151‑M1/3‑101 (MQ=255)
                              tgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                         <  2:4454469‑M1/99‑1 (MQ=255)
                              tcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                                         <  1:4097776/101‑1 (MQ=17)
                                GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                       >  1:8485381‑M1/1‑101 (MQ=255)
                                   tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                    <  1:7842557/101‑1 (MQ=14)
                                   tCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTc                                                                    <  1:6271971/101‑1 (MQ=17)
                                    gcGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                   <  1:204861/100‑1 (MQ=255)
                                    gcGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                                                                   <  1:2712357/100‑1 (MQ=14)
                                     cGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTccc                                                                  >  1:2842590/1‑100 (MQ=17)
                                      gTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGAGCGGTGGGGTCCGGGGGATCTGTGgggccggg                                                                 >  2:4237655/1‑96 (MQ=2)
                                      ctcggAGCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                 <  2:3677352/98‑1 (MQ=14)
                                        gggATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                               <  2:718374/101‑1 (MQ=17)
                                        gggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTAGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGACCGtcg                                                               >  2:6945855/1‑99 (MQ=17)
                                        gggATAGGTCGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTACGTGGGATAGGTCGGGTCCGtcg                                                               >  1:7242165/1‑99 (MQ=11)
                                         ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGGTCCGCGGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCGAggg                                                              >  2:638554/1‑101 (MQ=9)
                                            tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                           <  2:7885755/101‑4 (MQ=14)
                                            gcggtcggATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                           <  1:3045120/100‑4 (MQ=14)
                                             cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATACGTGGGATCGGTCGGGTGCGGGGGGCtg                                                          >  2:2775581/1‑101 (MQ=21)
                                             cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtg                                                          >  1:6566806/1‑101 (MQ=255)
                                             ccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtg                                                          <  2:5929336/99‑1 (MQ=255)
                                              ggtgggGTCCGGGGGGTCGGTGGGATCCTTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcgggtccg                                                         <  1:895935/101‑5 (MQ=14)
                                              ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtgg                                                         <  2:4808553/101‑1 (MQ=255)
                                              ggtcggGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTGCtgg                                                         <  2:181292/101‑1 (MQ=255)
                                               gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtggt                                                        <  2:2469236/101‑1 (MQ=255)
                                               gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtggt                                                        <  1:7743290/101‑1 (MQ=255)
                                                 cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                      >  1:8329116/1‑93 (MQ=11)
                                                 cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                      >  1:8028755/1‑93 (MQ=11)
                                                  ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                     >  2:3095904/1‑92 (MQ=11)
                                                  ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                     >  1:3457574/1‑92 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                     
CCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACC  >  NC_014034/221987‑222188

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG