| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_014034 | 681,585 | C→G | 4.0% | A674A (GCG→AGG) | RCAP_rcc00630 ← | ice nucleation protein repeat family protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_014034 | 681,585 | 0 | C→G | 4.0% | 17.9 ‑0.6 ‑0.1 | 321 | A674A (GCG→GCC) | RCAP_rcc00630 | ice nucleation protein repeat family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/4): ref base (184/124): total (193/128) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.75e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.83e-01 | ||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGG > NC_014034/681485‑681685
|
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tGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGc > 2:5352765/1‑101 (MQ=255)
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cgcCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCg > 1:1180572/1‑101 (MQ=255)
gcCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGa > 1:3151372/1‑101 (MQ=255)
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aGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGcc > 1:2754991/1‑101 (MQ=255)
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cAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgcg > 2:5865375/1‑101 (MQ=255)
aCGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgccg > 2:4543121/1‑101 (MQ=255)
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cgcgCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgccgc > 2:2402952/1‑101 (MQ=255)
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tGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgcgc > 1:4226455/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGcc > 1:2443727/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGcc > 2:1929490/1‑101 (MQ=255)
cgtcgtCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGc > 2:8587670/1‑101 (MQ=255)
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gtcgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCt > 1:7192772/1‑101 (MQ=255)
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tcgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTc < 2:8888295/101‑1 (MQ=255)
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gtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAg > 1:7519098/1‑101 (MQ=255)
gtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAg < 2:9019940/101‑1 (MQ=255)
gtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAg < 1:1026726/101‑1 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 1:2367914/1‑101 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 1:5717314/1‑101 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 1:1673210/1‑101 (MQ=255)
aGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcgc > 1:1516016/1‑101 (MQ=255)
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cACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGCTCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgcca > 1:3540459/1‑100 (MQ=255)
aTGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTg > 2:2094633/1‑101 (MQ=255)
aTGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTg > 1:2408787/1‑101 (MQ=255)
aTGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTg > 1:6908111/1‑101 (MQ=255)
tGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGc > 1:2884478/1‑101 (MQ=255)
tGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGc > 2:5753960/1‑101 (MQ=255)
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gTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCa < 1:2124870/101‑1 (MQ=255)
gTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCa < 2:4947688/101‑1 (MQ=255)
tCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAc > 2:272559/1‑101 (MQ=255)
tCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAc > 2:7171573/1‑101 (MQ=255)
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cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg > 1:8365357/1‑101 (MQ=255)
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tGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCa > 1:3764640/1‑101 (MQ=255)
gCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCaa < 1:3833859/101‑1 (MQ=255)
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aaGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGccc > 2:1421926/1‑101 (MQ=255)
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ggATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAcc > 2:6280747/1‑101 (MQ=255)
ggATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAcc < 2:3078872/101‑1 (MQ=255)
gATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCg > 1:3008680/1‑101 (MQ=255)
tccccgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCa < 2:3900346/98‑1 (MQ=255)
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cgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGc < 2:8061695/101‑1 (MQ=255)
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gTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGga > 2:7499844/1‑101 (MQ=255)
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gCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgaga < 1:8665856/101‑1 (MQ=255)
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cccGTCGCCGAACCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTg < 1:2038678/100‑1 (MQ=255)
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ccGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTgc > 1:921161/1‑100 (MQ=255)
ccGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGa < 1:5754193/101‑1 (MQ=255)
cgccGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGAt < 1:7878070/98‑1 (MQ=255)
cGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCgg > 1:6239516/1‑101 (MQ=255)
|
TCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGG > NC_014034/681485‑681685
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|