Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0570G→A12.1% 282.3 ‑9.9 ‑0.0983D200D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (31/89):  ref base (389/473):  total (420/563)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.94e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1337 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157
                                                                                                    |                                                                                                    
  tccgtcgcgtccgtgggaccggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                                    <  2:3607744/98‑1 (MQ=14)
   ggggcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                   <  1:4298196/97‑1 (MQ=11)
   ctggcgtatccgtgggatcggtcgggtccgttggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                   <  1:1305871/93‑1 (MQ=11)
   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGCCGGGCGCGGGGGATCGGTCGGGCCCGGGGGCTCGGTCGGGGcc                                                                                                   >  1:4885343/1‑101 (MQ=11)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCCg                                                                                                  >  2:1371855/1‑101 (MQ=11)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatgGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGGGGGACTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                                  >  1:341041/1‑101 (MQ=11)
     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                 >  1:834492/1‑101 (MQ=14)
     gtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTcctg                                                                                                 >  2:4917700/1‑99 (MQ=11)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTACGTGGGATCGGACGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATAGGTCGGGTCGGtgg                                                                                               >  2:1914837/1‑99 (MQ=11)
       cgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGAGGGATCGGTCGGGGccaagg                                                                                               >  2:82249/1‑97 (MQ=11)
       cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGtgg                                                                                               >  2:3515628/1‑99 (MQ=11)
       cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATAGGGCGGGTcggggg                                                                                               >  1:2340859/1‑96 (MQ=11)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                              <  1:1126833/101‑1 (MQ=14)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGACGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                              >  2:3872353/1‑101 (MQ=14)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGGGTcggccgg                                                                                              >  1:1964455/1‑95 (MQ=11)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                              >  2:2606577/1‑101 (MQ=11)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                             >  1:4401161/1‑101 (MQ=14)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                             <  2:3943671/101‑1 (MQ=11)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                             >  2:4804714/1‑101 (MQ=14)
          tcttccgatctcggtcggagccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  1:4113566/91‑1 (MQ=14)
          tctcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  2:4665892/98‑1 (MQ=11)
          ggccgtggggtggggcggctccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  1:5354774/99‑1 (MQ=11)
          gcccggaggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCCTGCGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  1:4777011/94‑1 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGGTCGGTCGGGTCCggggggtg                                                                                           >  2:4339911/1‑94 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtc                                                                                           >  2:1838335/1‑101 (MQ=14)
           tacgtgtgatcgctcgggtccgtcgggtcggtgggTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           <  2:4282727/99‑1 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTTGGGTCCGTGGGGtcag                                                                                         >  2:2086487/1‑99 (MQ=11)
              gtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTGCGGGCCGGGGGATCGGGGGGGTCACTAGGGTCGGTGGGGGGCGTAGGAtacgc                                                                                        >  2:888208/1‑97 (MQ=2)
              gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                        <  1:1223071/101‑1 (MQ=11)
               tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGtgggtg                                                                                       >  2:5657249/1‑100 (MQ=11)
               tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgggc                                                                                       >  1:3952069/1‑99 (MQ=11)
                gggatcggttggatccgggggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                      <  1:5237514/101‑1 (MQ=11)
                gggatcggtggggtccgtgggatcggtcgtGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                      <  1:2206783/101‑1 (MQ=11)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGAGGGGTGCGTGGGGtcggacg                                                                                      >  2:5388840/1‑101 (MQ=11)
                    ccagccgcgtccgtgggacctgtcggATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                  <  2:735775/93‑1 (MQ=11)
                     cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcgggtcc                                                                                 >  2:1082918/1‑101 (MQ=11)
                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCgtcgggtcgg                                                                                >  2:3066645/1‑99 (MQ=11)
                      ggtcgggtccgcggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                                                                >  2:3212298/1‑101 (MQ=11)
                      ggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                                >  1:1505642/1‑101 (MQ=11)
                       gtctgatcggtgggaccggtcggATCCGTTGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                               <  2:658607/92‑1 (MQ=11)
                       gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                               <  2:3770902/101‑1 (MQ=11)
                       gtcggatccgtgggatcngtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgt                                                                               <  2:2395371/101‑1 (MQ=255)
                        tcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtc                                                                              <  2:3114884/101‑1 (MQ=11)
                         cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                             <  2:4537699/101‑1 (MQ=11)
                          gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                                            >  1:94991/1‑101 (MQ=11)
                          gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGCTCGgtcggggccgtggg                                                                            >  1:2905057/1‑101 (MQ=11)
                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCAGTGGGATCGgcggggtccgtggg                                                                            >  2:3360319/4‑101 (MQ=11)
                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGGGGGATCGGTCGGAGCCGTAGGGTGGGCCGGGACCGTAGGATCGgtcgggtccggcgc                                                                            >  1:5537581/4‑100 (MQ=14)
                              cgttcgggtcgatcggGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTCGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATTCgtggggtacgtcgggtcc                                                                        <  2:175109/93‑1 (MQ=0)
                              ccgtgggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                                        <  1:100380/101‑1 (MQ=14)
                               cgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGtggggtccggcgggtccg                                                                       >  2:118550/1‑101 (MQ=11)
                                gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                      >  1:4224916/4‑101 (MQ=14)
                                   gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                   >  2:271014/10‑101 (MQ=11)
                                   gggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATTCGTGGGATCTGTCGGGTCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcgg                                                                   >  1:5782523/7‑101 (MQ=11)
                                       cggtcggGTCCGTGGGATCGTGTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcg                                                               <  1:2506777/101‑1 (MQ=11)
                                        cgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                              <  2:2482203/97‑1 (MQ=14)
                                         gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTcgggtccgtggggtccgttgtagcggg                                                             >  2:5201495/1‑92 (MQ=11)
                                         gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                             <  1:1712459/101‑1 (MQ=14)
                                          cgatctCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                            <  2:1667551/96‑1 (MQ=11)
                                           gggttgggggggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCCTGGGAtcggtcg                                                           <  1:3129650/92‑1 (MQ=17)
                                            ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                                          >  1:5689654/1‑101 (MQ=1)
                                             ggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                         >  1:3825396/3‑100 (MQ=11)
                                              aTCCGTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                        <  2:1273984/101‑1 (MQ=11)
                                               tcggTGGGTTCGTTCGGGTCCTTGGGATCTGTCGGGTCCGGGGTGGCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                       <  2:1979854/98‑1 (MQ=9)
                                                ccGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATcg                                                      <  2:4463927/101‑2 (MQ=11)
                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                      >  2:1583958/1‑101 (MQ=14)
                                                   tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggtgggggccggg                                                   >  2:5586102/1‑94 (MQ=11)
                                                   ggggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                   <  1:4541385/100‑1 (MQ=14)
                                                    gggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCgg                                                  <  1:3295013/101‑1 (MQ=18)
                                                    cggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                  >  2:285289/2‑101 (MQ=255)
                                                     ggATGGGTGGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                 <  1:2029625/101‑1 (MQ=14)
                                                     ggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTagg                                                 >  2:5145008/1‑101 (MQ=14)
                                                     ggAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                 <  1:4637239/101‑1 (MQ=14)
                                                      gATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                <  2:2239603/101‑1 (MQ=255)
                                                      gATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                >  1:4027943/1‑101 (MQ=17)
                                                         cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                             <  2:4158521/101‑1 (MQ=14)
                                                           gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                           >  2:2153388/4‑101 (MQ=255)
                                                            tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGAtcggtg                                          >  1:2613154/1‑100 (MQ=14)
                                                             ggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                         >  1:4957986/2‑101 (MQ=255)
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                                                                                             cggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCg         >  1:1627923/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG