Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,973 G→A 3.9% P228P (CCC→CCT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9730G→A 3.9% 48.1 ‑0.2 ‑0.0699P228P (CCC→CCT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (12/15):  ref base (322/344):  total (339/360)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.45e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.83e-01

Only 100 of 1858 total aligned reads displayed.

CCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCG  >  NC_014034/221873‑222073
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                     >  2:1361520‑M1/83‑101 (MQ=255)
   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                   >  2:3943540‑M1/81‑101 (MQ=255)
    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggat                                                                                                  <  2:1302413‑M1/22‑1 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                 >  2:5165441‑M1/79‑101 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                                 >  2:549890‑M1/79‑101 (MQ=255)
     gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                 >  1:5636289‑M1/79‑101 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcg                                                                                                <  2:3836816‑M1/24‑1 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggt                                                                                              <  2:4296573‑M1/26‑1 (MQ=255)
            gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                          >  1:3810069‑M1/72‑101 (MQ=255)
            gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcgggtccgtaggatcggtcggg                                                                                          >  1:2674109‑M1/72‑101 (MQ=255)
             atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                         >  1:4332252‑M1/71‑101 (MQ=255)
               cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcg                                                                                       <  2:4207124‑M1/33‑2 (MQ=255)
               cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                       <  2:1797298/101‑1 (MQ=255)
                  tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                    <  2:532207/101‑1 (MQ=255)
                   cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggcggggg                                                                                   <  1:860038‑M1/37‑8 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                               >  1:767576‑M1/61‑101 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                               >  1:932886‑M1/61‑101 (MQ=255)
                        tcgggggatcgggcgggtacgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                              >  2:2765883‑M1/60‑101 (MQ=255)
                        ccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcc                                                                              >  1:2107078‑M1/60‑97 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                              >  1:4105015‑M1/60‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcc                                                                              <  2:3717102‑M1/42‑5 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTcgggtccgtgggatcggtcgggtcggtgggatcggt                                                                            <  2:4013265‑M1/44‑1 (MQ=255)
                            gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                          >  2:2310361‑M1/56‑101 (MQ=255)
                              ggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                        >  2:2690681‑M1/54‑100 (MQ=255)
                                gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                      <  2:765062/101‑1 (MQ=255)
                                 tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                     >  2:5750087/1‑101 (MQ=255)
                                     cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                 <  2:878358‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                <  1:2561302‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                       gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                               >  1:3170348‑M1/45‑101 (MQ=255)
                                         tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             >  1:4013512‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                           gcgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                           <  1:5045283/101‑1 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                         >  2:4947479‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:3497527‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtctgtc                                                         <  1:3608573‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                         >  1:2017581‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                              gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGggtcggtgg                                                        <  1:2246451‑M1/64‑3 (MQ=255)
                                               tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                       <  1:648204/101‑1 (MQ=255)
                                               gggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                       >  1:4548581‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                      <  1:3385236‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                                 aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                     >  1:3722078/1‑101 (MQ=255)
                                                   ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                   >  2:4354365‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  2:4434651‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  1:5332616‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                    gggcggatccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  1:1541927‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                        gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                              <  1:3083631/101‑1 (MQ=255)
                                                             cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGggatagg                                         <  1:1704853‑M1/79‑4 (MQ=255)
                                                             cGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                         >  2:1587167/1‑101 (MQ=255)
                                                               tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgggc                                       >  2:2926200/1‑99 (MQ=255)
                                                                 ggatcggtggggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                     >  1:1095037‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                 ggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                     <  2:5045259‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                  gatcggtgggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcggg                                    <  1:5439725‑M1/84‑2 (MQ=255)
                                                                   atcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                   <  2:1077825‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                                                    tccgtcgcgtcggtgggGTCGGTCCCGTCCCTGGGATTCGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                  <  2:4875189/92‑1 (MQ=2)
                                                                     gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                 <  1:1202738/101‑1 (MQ=255)
                                                                      ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                >  1:1922898‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                                                       gtcggatcggtcggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGt                               <  1:5142570/95‑1 (MQ=11)
                                                                        tGGGGTTGGTCGGGTCCGTGTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGTATCGGTCGGGTCCTTAGGATCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGtc                              <  2:3310988/101‑2 (MQ=17)
                                                                         cgggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGGCCGTgg                             >  1:3256760/8‑101 (MQ=11)
                                                                          ggatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                            <  1:1628645/98‑1 (MQ=11)
                                                                          ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                            >  1:1008891‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                             tgcgtcggATCGGTCGGGTCCTTTGGGTCCTTCGGATCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                         <  2:340997/98‑1 (MQ=11)
                                                                              ccttcggATGGGTCGGGGGCGTAGTATGGGTCGGGTCCGTGCGATCCGTTGGGTTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                        <  2:3108571/98‑1 (MQ=2)
                                                                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGATCGGATCCGTGGAGTCGGTCGGATCCGCGGGATCAATCGGATCCGTGGGAtcgg                       >  2:649835/5‑101 (MQ=11)
                                                                               cgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAtcgg                       >  1:5749712/2‑101 (MQ=11)
                                                                                gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                      <  1:4643782‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGGTCGGGGGGATCCTTGGGAGCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGAtgcgg                      >  2:4776730/1‑97 (MQ=11)
                                                                                 tgggatcggtcgggtccgtggtatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggtg                     >  1:4282210/3‑100 (MQ=11)
                                                                                 tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                     <  1:1361608‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                                 ggggaggggtcggttctgtgggatcggtcggggccgtgggatcGGTCGGGTCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                     <  1:1824375/94‑1 (MQ=14)
                                                                                  gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGCGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTCGGGTTCGGGGGAtcggtcg                    >  2:199373/2‑101 (MQ=11)
                                                                                  cggATCGGTAGGATCCGTGTGATCGGTAGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                    <  1:5513998/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   ggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtggg                   >  2:1187665/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat                 >  2:4091498‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                                       gggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggtgtcTGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc               <  1:4946686/100‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    gggataggtcgaatccgtgggaacggtcggGTCCGTGGGTTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg  <  2:3204053/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
CCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCG  >  NC_014034/221873‑222073

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG