Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,985 G→A 9.8% D224D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9850G→A 9.8% 166.3 ‑1.0 ‑1.5713D224D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (38/32):  ref base (311/332):  total (349/364)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.79e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.23e-02

Only 100 of 1975 total aligned reads displayed.

CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221885‑222087
                                                                                                    |                                                                                                      
ggtcgggcggatccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                        >  1:4175608‑M1/72‑101 (MQ=255)
 ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggt                                                                                                       >  2:4884190/1‑101 (MQ=255)
      tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                  <  1:120866‑M1/36‑1 (MQ=255)
        ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcggg                                                                                                <  1:1862950‑M1/38‑1 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              >  1:3920531‑M1/62‑101 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              <  2:2718585‑M1/40‑1 (MQ=255)
          ggccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              >  2:3462879‑M1/62‑101 (MQ=255)
          atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                                              >  1:227573‑M1/62‑101 (MQ=255)
           tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                             <  1:4009974‑M1/41‑1 (MQ=255)
           tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                             >  2:1118319‑M1/61‑101 (MQ=255)
              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                          <  2:2144790‑M1/44‑1 (MQ=255)
                    tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                    >  2:3636683‑M1/52‑101 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                  <  1:4319621‑M1/52‑1 (MQ=255)
                      cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                                                                                  <  1:4618855‑M1/52‑1 (MQ=255)
                          gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                              <  2:4793466‑M1/56‑1 (MQ=255)
                          gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                              >  1:3692561‑M1/46‑101 (MQ=255)
                          ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                              >  1:5685184/1‑101 (MQ=255)
                            gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                            >  2:885214‑M1/44‑101 (MQ=255)
                             tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                           >  2:2992166‑M1/43‑101 (MQ=255)
                             tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                           <  2:1247729‑M1/59‑1 (MQ=255)
                             tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                           >  2:3966380‑M1/43‑101 (MQ=255)
                             tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                           <  1:108843‑M1/59‑1 (MQ=255)
                              cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                          <  1:3593976/101‑1 (MQ=255)
                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                         >  1:1455811‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                        <  1:972403‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                      <  2:1316853‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                  gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                      <  2:69032‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                      tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGggatcggtcggaga                                                                  <  2:5445887‑M1/68‑4 (MQ=255)
                                      tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGggatcggtcggatc                                                                  >  1:408396‑M1/34‑98 (MQ=255)
                                        gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                >  2:2542497/1‑101 (MQ=255)
                                         gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                               <  1:480998‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                         gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                               <  1:4515066‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                          tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                              >  2:2867353‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                           ggTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                             <  2:4110845/101‑1 (MQ=255)
                                           cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                             >  2:1415058‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                             ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                           >  1:5092939‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                  gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggg                                                      >  2:3353016/1‑100 (MQ=255)
                                                          cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                              >  1:1976387/1‑101 (MQ=11)
                                                            gcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                            >  1:516195‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                             tggatcggttggGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                           <  2:1535841/97‑3 (MQ=11)
                                                              ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                          >  1:1008891‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                               ggtgcttgtgatctgtcggatccgggggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                         <  2:2340733/92‑1 (MQ=11)
                                                               ggtcggtgggGTCGGTCGGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                         <  1:4908482/99‑1 (MQ=11)
                                                               ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggg                                         <  1:3311188‑M1/93‑2 (MQ=255)
                                                                tctcgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                        >  2:404505‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                 tccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                       >  2:5535222‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                  gcgtgGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                                      >  2:792939‑M1/6‑97 (MQ=255)
                                                                  ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAtcg                                      >  2:3089971/3‑101 (MQ=11)
                                                                   agccggATCGGGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                     <  1:888284/98‑1 (MQ=11)
                                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGtccgt                                    >  1:2051295/4‑101 (MQ=11)
                                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGCATCCGCGGGGtcggg                                    >  1:709519/4‑100 (MQ=11)
                                                                    gtcggTTCTGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                    <  2:4511478/101‑1 (MQ=11)
                                                                    ccgagctcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                    <  1:1748885/95‑1 (MQ=11)
                                                                     tggggcccgtcggatcctggggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                   <  2:1822579/93‑1 (MQ=14)
                                                                      gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcg                                  <  1:2878596‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                      gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                  >  2:4230764‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                      cggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGCtcggcgg                                  >  1:239313/1‑98 (MQ=11)
                                                                       gggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                 <  2:5076909/95‑1 (MQ=14)
                                                                          tgcgtcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc                              <  2:1607881/98‑1 (MQ=11)
                                                                          tcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                              <  1:3002706/101‑1 (MQ=14)
                                                                          tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgttggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                              <  1:3113823/101‑1 (MQ=11)
                                                                          gcggtgggggccgtgggagcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                              <  1:2529775/100‑1 (MQ=11)
                                                                           gggtcgggacgttgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                             <  1:3426315/100‑1 (MQ=1)
                                                                           cggtcgtgtccgtgcgatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                             <  2:3859105/101‑1 (MQ=11)
                                                                           cggtcgggtcggggggagcggtcgggccggtgggatCGGTCGGCCCGGTGGGAGCGGTCGGTCCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                             <  2:4979660/101‑1 (MQ=2)
                                                                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgt                           >  1:3795063‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                                              tcgggtccgggggatcggtgggttcggtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                          <  1:5270288/101‑2 (MQ=11)
                                                                              gcgggtgcgttggatcggtcgggtcggtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                          <  1:596434/100‑2 (MQ=11)
                                                                               cgggtccgttggatcggtcggggccgtgggatctgcCGGATGCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                         <  2:3256560/101‑3 (MQ=14)
                                                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgg                         >  1:3212361‑M2/1‑93 (MQ=255)
                                                                                aggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggg                        <  2:2022370‑M2/100‑10 (MQ=255)
                                                                                 ggtccgtggtagcggtcgggtccgttggatcggtcgGGTCCGTGGGGTCCGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCggtgga                       <  2:5339662/101‑6 (MQ=1)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                       >  1:4401161/1‑101 (MQ=14)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggga                       <  1:1549523‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggat                      <  1:1368218‑M2/101‑12 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                      
CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221885‑222087

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG