Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,000 C→G 3.2% P219P (CCG→CCC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0000C→G 3.2% 49.8 0.0 ‑0.11024P219P (CCG→CCCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (18/16):  ref base (511/477):  total (531/493)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.27e-01

Only 100 of 2152 total aligned reads displayed.

TCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221900‑222100
                                                                                                    |                                                                                                    
 gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGgatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                     <  1:3157222‑M1/46‑1 (MQ=255)
 gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcg                                                                                                     <  1:4353032‑M1/46‑1 (MQ=255)
 cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                     >  1:4111094/1‑101 (MQ=255)
  aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                    <  1:4209440/101‑1 (MQ=255)
  aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                    >  1:2579486/1‑101 (MQ=255)
       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                               <  2:2132546‑M1/52‑1 (MQ=255)
       cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                               <  2:5448511‑M1/52‑1 (MQ=255)
         tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                             <  1:1999128‑M1/54‑1 (MQ=255)
         tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                             >  2:672410‑M1/48‑101 (MQ=255)
            ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                          <  1:2690830‑M1/57‑1 (MQ=255)
            gATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                          >  2:5112689/1‑101 (MQ=255)
                 gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                     <  1:2802719‑M1/62‑1 (MQ=255)
                  tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                    <  2:5762968‑M1/63‑1 (MQ=255)
                   cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                   <  1:3248499/101‑1 (MQ=255)
                     gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCggg                                                                                 <  1:2921368‑M1/66‑1 (MQ=255)
                     gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                                 <  2:2708879‑M1/66‑1 (MQ=255)
                          agggTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                            <  1:2222117/99‑1 (MQ=255)
                           tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                           <  1:5376408‑M1/72‑1 (MQ=255)
                           tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                           <  1:4434923‑M1/72‑1 (MQ=255)
                              gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                        >  1:9122‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggaca                                                                      <  2:2025023‑M1/77‑3 (MQ=255)
                                 ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcg                                                                     <  2:472415‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                      ggatcggtggggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                >  1:1095037‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                      ggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                <  2:5011694‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                          gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                            <  2:5241640/101‑1 (MQ=255)
                                           ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                           >  1:1922898‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                              cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTgg                                                        <  2:2850036‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                              cggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                        <  1:1195999‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                ggtgcttgtgatctgtcggatccgggggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                      <  2:2340733/92‑1 (MQ=11)
                                                 gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                     <  2:773823/97‑1 (MQ=11)
                                                  tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                    >  1:4981202‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                  gccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                    >  1:23198‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                   cggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                   >  2:1657280‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                   cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTGTGGTCAGTGGGCTCGGCCGGATCAGTGGTAtcg                                                   >  2:4815772/1‑101 (MQ=14)
                                                    cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                  >  1:372721/5‑101 (MQ=11)
                                                     gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGCATCCGCGGGGtcggg                                                 >  1:709519/4‑100 (MQ=11)
                                                     gtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                 >  1:4035672‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                     gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                 <  1:4643782‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgGGACCGGTCGGGGCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTGGGGCCCGTCGGTTCCGCGGGAtcggtc                                                >  1:1604895/3‑101 (MQ=11)
                                                      tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGgggggcgggc                                                >  1:584099/3‑94 (MQ=11)
                                                      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                <  1:2452913‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                >  2:1543541‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                      tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                <  1:1349727/101‑1 (MQ=255)
                                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCCTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                               >  1:383898/2‑101 (MQ=14)
                                                       gGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                               >  1:5049644‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                       gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                               <  2:1430731‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                           tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggaTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTc                                           >  1:3370985/1‑101 (MQ=11)
                                                           tccgtcgcgtccgtgggaccggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                           <  2:3607744/98‑1 (MQ=14)
                                                            cggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                          >  2:3082057/1‑101 (MQ=11)
                                                            cggtcgtgtccgtgcgatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                          <  2:3859105/101‑1 (MQ=11)
                                                             ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCg                                         >  2:4396743/1‑101 (MQ=14)
                                                             ggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                         <  1:2100573/101‑1 (MQ=14)
                                                             ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                         >  2:251845/1‑101 (MQ=11)
                                                             cgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                         <  1:3065639/100‑1 (MQ=14)
                                                              gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                        >  1:834492/1‑101 (MQ=14)
                                                               tcgggtccgggggatcggtgggttcggtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                       <  1:5270288/101‑2 (MQ=11)
                                                               tcggatccgtgggatcagtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtg                                       <  2:1742390‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                                               gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtg                                       >  2:3323867‑M2/2‑94 (MQ=255)
                                                                cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgg                                      <  1:5663247‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                                cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtag                                      <  1:4789636‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                     <  2:4618579/101‑1 (MQ=14)
                                                                 gggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGGGGGtggggagg                                     >  2:1255982/1‑94 (MQ=11)
                                                                 gggcccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATGGGCCGGGTGCGGGGGAAGGGTCGCGGCCTTGGCGTGGGCCGGGTCCGtgga                                     >  2:344689/1‑98 (MQ=2)
                                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcagtcgGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGTAGGATCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTTGGa                                    >  1:5157758/1‑101 (MQ=14)
                                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                    <  2:3943671/101‑1 (MQ=11)
                                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGggg                                    >  2:1014466/1‑100 (MQ=11)
                                                                     tcgtgggatcggtggggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                 <  1:4549242/100‑1 (MQ=11)
                                                                      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGGAggggagg                                >  1:1699686/1‑96 (MQ=11)
                                                                      cgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtccg                                >  2:1332928/1‑99 (MQ=11)
                                                                       gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGAgcggg                               >  2:4910932/1‑100 (MQ=11)
                                                                       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGGTCCGTCGGAtcggt                               >  1:5578389/1‑101 (MQ=11)
                                                                       gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                               <  2:4244898/101‑1 (MQ=11)
                                                                        tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtg                              >  2:3128614/1‑100 (MQ=11)
                                                                         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcg                             >  2:195937‑M2/1‑84 (MQ=255)
                                                                         gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGACCGGTGGAtttttag                             >  2:2957013/1‑95 (MQ=1)
                                                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcgg                            >  2:1154561‑M2/1‑83 (MQ=255)
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                                                                                                  gtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt    >  2:3739442‑M2/1‑59 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
TCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221900‑222100

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG