| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_014034 | 3,504,124 | +C | 1.6% | intergenic (‑17/+66) | recO ← / ← RCAP_rcc03309 | DNA repair protein RecO/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_014034 | 3,504,124 | 1 | .→C | 1.6% | 2.5 ‑3.3 ‑0.0 | 191 | intergenic (‑17/+66) | recO/RCAP_rcc03309 | DNA repair protein RecO/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/0): ref base (61/127): total (64/127) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.64e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.63e-01 | ||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
CGTGGCCGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGTG > NC_014034/3504024‑3504223
|
cGTGGCCGTGAACGCCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.gg < 2:3363509/101‑1 (MQ=255)
tGGCCGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.cc > 1:17391/1‑101 (MQ=255)
ggCCGTGAACCCCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...g < 1:2044483/101‑1 (MQ=255)
ggCCGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.GC...g > 2:1116791/1‑101 (MQ=255)
gCCGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...gg < 2:837188/101‑1 (MQ=255)
cGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.GC...cggg > 1:936873/1‑101 (MQ=255)
cGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CG...gggg > 2:1369809/1‑101 (MQ=255)
cGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...gggg < 2:1520195/101‑1 (MQ=255)
gTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.GC...ggggg > 1:2680237/1‑101 (MQ=255)
gTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.GC...cgggg > 2:2897982/1‑101 (MQ=255)
gTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...ggggg < 2:3494807/101‑1 (MQ=255)
aaCACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGgtt > 1:1926161/1‑101 (MQ=255)
acccctgACAATCGCCGAGCTTTCGCCGGGGAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTg < 1:1772828/95‑1 (MQ=255)
ccTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGGGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCa > 2:709814/1‑101 (MQ=255)
tCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGAGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCAcc > 2:4133117/1‑101 (MQ=255)
cGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGCGCCGCTGTCTTGCCAGTCAATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...cggggggttttcccc > 1:616837/1‑91 (MQ=255)
aCAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCAccccc > 2:2792388/1‑101 (MQ=255)
cAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCg < 2:1297789/101‑1 (MQ=255)
cAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCg < 2:505390/101‑1 (MQ=255)
aTCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.GC...GGGGGGTTTGGACCCCCcgg > 2:3686260/1‑101 (MQ=255)
aTCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCggg < 1:1421938/101‑1 (MQ=255)
tCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGc < 1:3916594/101‑1 (MQ=255)
gAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGGTTGGCACCCCGGGcccccc > 2:4024522/1‑100 (MQ=255)
gCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCa < 2:3875593/101‑1 (MQ=255)
cTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAg < 1:3831690/101‑1 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAAGGG.CCGG.GGGGGTTTTGC.CCCCCGGCcccccccg > 1:2168037/1‑98 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAAGGG.CC...GGGGGTTTTTCCCCCCCGGGccccccccg > 1:307031/1‑97 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CCCGGGGGGGTTTTCCCCCCCCGCCCCCCCgg > 1:2147812/1‑100 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAgg < 1:574435/101‑1 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAgg < 1:3031568/101‑1 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAgg < 1:2792607/101‑1 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGGCCCCCCAgg > 2:2005742/1‑101 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCCGGCCCCCGCAgg > 2:624975/1‑101 (MQ=255)
tttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...CGGGGGTTTGCACCCCCCGGccccccccgg > 1:697409/1‑96 (MQ=255)
ttCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGa < 1:436550/101‑1 (MQ=255)
tCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGat < 1:3545870/101‑1 (MQ=255)
tCGCCCTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGat < 2:115479/101‑1 (MQ=255)
gCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGatat < 1:1018732/101‑1 (MQ=255)
ccGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAtt < 2:1282396/101‑1 (MQ=255)
ccGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAtt < 2:2680031/101‑1 (MQ=255)
ccGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAtt < 1:4074324/101‑1 (MQ=255)
cGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAAGGG.CC...GGGGGGTTTGACCCCCCGGGcccccccggggactt > 2:2327550/1‑91 (MQ=255)
cGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAttt < 1:1897336/101‑1 (MQ=255)
cGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAttt < 1:3356867/101‑1 (MQ=255)
cGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATAttt < 1:2889836/101‑1 (MQ=255)
tGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGa < 1:2742954/101‑1 (MQ=255)
gCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAg < 1:3107969/101‑1 (MQ=255)
aGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGc < 1:4197411/101‑1 (MQ=255)
aGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTTGACCCCCAGGCCCCCGCCGGGTTttttatgc > 2:1115108/1‑96 (MQ=255)
gggTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGa > 1:2734677/1‑101 (MQ=255)
ggTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAt > 2:1739379/1‑101 (MQ=255)
ggTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAt < 1:226352/101‑1 (MQ=255)
gTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.a < 1:2491224/101‑1 (MQ=255)
tCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CA...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.aa < 1:170302/101‑1 (MQ=255)
gAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.aaaa < 2:2829588/101‑1 (MQ=255)
gAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.aaaa < 1:4036696/101‑1 (MQ=255)
gAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTTAGGCAAGAT.aaaa > 2:3204277/1‑101 (MQ=255)
aaaGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CCG..GGGGGTTTTTACCCCCCGGGCCCCCCCGGGAGATTTG.GGGAAGAG.aaaaa > 1:3847951/1‑100 (MQ=255)
aaGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAA.AAAAGc > 1:2011075/1‑101 (MQ=255)
aGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCg < 2:2638828/101‑1 (MQ=255)
aGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...CGGGGGTTTTCACCCCCCGGCCCCCCCCGGGTATTTTAGGGAAGAT.aaaaagg > 2:3577481/1‑98 (MQ=255)
aTGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGaaa < 2:1733834/101‑1 (MQ=255)
tGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CCG..GGGGGGTTTTAACCCCCCGCCCCCCCCCGGGGATTTGTGGCAAAAA.aaaaagaaaa > 2:1557462/1‑95 (MQ=255)
ggTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGc < 2:253199/101‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGcc < 1:3877895/101‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCg < 1:3923689/101‑1 (MQ=255)
gCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCgg > 2:3992311/1‑101 (MQ=255)
gCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCgg < 1:3487641/101‑1 (MQ=255)
gCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCGGGGTATTTGGGGGAAGGT.AAAAGCGAAAGCCgg > 2:3432827/1‑101 (MQ=255)
gCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGt < 1:3686514/101‑1 (MQ=255)
cTGTCTTGCCAGTCCATGGAGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTc < 1:4133379/101‑1 (MQ=255)
tGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCa < 1:540680/101‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAg < 2:2061667/101‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTTCACCCCCGGGCCCCCCCAGGATATTTGAGGGAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGGCAg > 2:906624/1‑101 (MQ=38)
gTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTTCACCCCCCGGCCCCCCCCGGATATTTTAGGCAAGAA.AAAAACGAAAACCggggggag > 2:1032745/1‑97 (MQ=255)
ttGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCt > 1:1373601/1‑101 (MQ=255)
ttGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGGTATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCt > 2:3952272/1‑101 (MQ=255)
tGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GGCCC...GGGGGTTTTTACCCCCCCGGCCCCCCCGGGA.ATTTTTGGGGAGATAAAAAGGGAAACCCggggcaggctt > 2:139002/1‑94 (MQ=255)
tGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCCGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAACGAAAACCCGGGGCAGTCtt > 2:3058370/1‑101 (MQ=37)
tGCCAGTCCATGGTGCCCGTAACGAA.CG.CG...GGGGGTTTTGAGCCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCtt < 2:731253/101‑1 (MQ=37)
gCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCttt < 2:2648856/101‑1 (MQ=255)
cAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCa < 1:1290501/101‑1 (MQ=255)
tCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTc < 1:2965962/101‑1 (MQ=255)
tCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTc < 1:264586/101‑1 (MQ=255)
gcATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTcc < 2:2363004/100‑1 (MQ=255)
ccATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCGCCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTcc < 1:1186780/101‑1 (MQ=255)
ggTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCt < 1:379645/101‑1 (MQ=255)
gTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCtt < 2:3830672/101‑1 (MQ=255)
tGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCCCCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTc < 1:1122896/101‑1 (MQ=255)
ccGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATc < 2:915283/101‑1 (MQ=255)
gTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCa < 2:1926035/101‑1 (MQ=255)
tGACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAg > 2:3253972/1‑101 (MQ=255)
gACGAA.GG.CC...GGGGGGTTTGCACCCCCGGGGCCCCCCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAACGAAAGCCGGGGGCAGTCTTTTCGTCCGTCTTCATCCCGa > 2:1127157/1‑101 (MQ=37)
gAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGc < 1:2898201/101‑1 (MQ=255)
aa.GG.CC...GGGGGTTTTTCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCAGTCTTCATCCAGAAGCg > 2:2478780/1‑101 (MQ=255)
a.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGt > 2:439847/1‑101 (MQ=255)
a.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGt < 2:564382/101‑1 (MQ=255)
gg.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCgcg > 2:1201381/1‑99 (MQ=255)
gg.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGTg < 1:1083635/101‑1 (MQ=255)
gg.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGTg > 1:1043227/1‑101 (MQ=255)
|
CGTGGCCGTGAACACCTCGACAATCGCCGAGCTTTCGCCGTGCAGGCGGGTCGAAAGGATGGTGCCGCTGTCTTGCCAGTCCATGGTGCCCGTGACGAA.GG.CC...GGGGGTTTTGCACCCCCGGGCCCCCGCAGGATATTTGAGGCAAGAT.AAAAGCGAAAGCCGGGGTCAGTCTTTCAGTCCGTCTTCATCCAGAAGCGTG > NC_014034/3504024‑3504223
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 25 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|