New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222040 =866 (5.050)32 (0.190) 9/162 22.9 0.05 coding (617/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222101 290 (1.370)coding (556/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1882 total aligned reads displayed.

TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATC  >  NC_014034/221941‑222140
                                                                                                   |                                                                                                    
   gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                  <  1:2138935‑M1/89‑1 (MQ=255)
    tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                                                 <  2:3926693/101‑2 (MQ=11)
     cgggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCGGTGGGGTCGGTCGGGCCGGTGGGATCGGTCGGGTGCGTgg                                                                                                >  2:2390239/8‑101 (MQ=11)
       gCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                              >  1:395282/1‑101 (MQ=255)
        cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                             >  1:1755928/1‑101 (MQ=255)
         tccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                            >  1:2746966‑M1/7‑101 (MQ=255)
         tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                            <  1:2892559‑M1/95‑1 (MQ=255)
         tccgcgggatcggtcgggtccgcgcgatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                            <  2:1696178/95‑1 (MQ=11)
          ccgttgagtcggtcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                           <  2:1453927/93‑1 (MQ=14)
          ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGAtcg                                                                                           >  1:2939370/6‑101 (MQ=11)
            gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                         >  2:2831027‑M1/4‑101 (MQ=255)
            gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGACCGTGGGCtcggt                                                                                         >  1:1682077/1‑101 (MQ=11)
            gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                         >  1:2053915/1‑101 (MQ=255)
             tggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgtgaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                        <  1:3159312/96‑1 (MQ=11)
             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGCGGGAtcggtc                                                                                        >  2:209192/3‑101 (MQ=14)
             tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                        >  1:1888505‑M1/3‑101 (MQ=255)
             tccgctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc                                                                                        <  2:3987657/96‑1 (MQ=11)
              cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg                                                                                       >  2:2479920/1‑101 (MQ=11)
              cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGAgcggccg                                                                                       >  2:3066799/1‑101 (MQ=14)
               ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                                                                                      >  1:1069037/1‑101 (MQ=11)
                gatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgga                                                                                     <  1:1371767/101‑2 (MQ=11)
                 gtcggtcgggtccgtgggatcgttcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                    <  2:2875437/100‑3 (MQ=11)
                 gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                    <  2:2171667/97‑1 (MQ=14)
                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTc                                                                                   >  1:3818718/1‑101 (MQ=11)
                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                   >  2:1785381/1‑101 (MQ=14)
                   gggtggggtccgtgggagtggtcgggtccgtgggggcAGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                  <  1:1448813/100‑1 (MQ=14)
                    ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGCCCGTGGGATCGGGCGGGGCCg                                                                                 >  1:1212568/1‑101 (MQ=11)
                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGCATCCGGGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                 >  1:787496/1‑101 (MQ=11)
                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGACGGTCGGGTTCg                                                                                 >  2:421174/1‑101 (MQ=11)
                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGCCCg                                                                                 >  1:2309912/1‑101 (MQ=11)
                    cgtgggactcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                 <  2:3699258/92‑1 (MQ=11)
                      tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                               >  1:1833683‑M2/1‑100 (MQ=255)
                      tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                               >  2:2640394/1‑100 (MQ=11)
                       cgggtccgtgggatgggtgggctgcgtggggtcggtCGGCTCCGTGGGGTCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                              <  2:3628858/101‑3 (MQ=11)
                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                             >  2:1869665/1‑101 (MQ=11)
                         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                                            <  1:559383‑M2/101‑5 (MQ=255)
                         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgGGTCCGTGGGATCGGTCGCGTCCGAGGGGTCGGTCGGGTACGCGGGTTCGGTCGCGTCCGtggac                                                                            >  1:1974556/1‑97 (MQ=11)
                         gagccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                            <  1:2583916/98‑1 (MQ=11)
                          gttcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                           <  2:2249804/98‑1 (MQ=11)
                          gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATGGGTCGGATCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                           >  1:3352419/1‑101 (MQ=14)
                          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATTGGTCGGCTCCggggggc                                                                           >  1:3273331/1‑95 (MQ=11)
                           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                          <  2:3855465‑M2/101‑7 (MQ=255)
                           tccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                          >  1:950765/1‑101 (MQ=11)
                            ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                         <  2:2578779/101‑1 (MQ=11)
                            ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                         <  1:1530441‑M2/101‑8 (MQ=255)
                             cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcgg                                                                        >  1:3617097/1‑101 (MQ=14)
                               tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                      >  1:2831487‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                 ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                    <  1:2648460‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                 ggagggggcgggtccgtgggatcgggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtcgg                                                                    <  1:3735978/93‑1 (MQ=14)
                                 ggagcgggggggtgcgtgggagcgggcggATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                    <  1:421225/92‑1 (MQ=11)
                                   gtcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggat                                                                  >  1:883102‑M2/2‑87 (MQ=255)
                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                 >  1:3035439‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                     cggtcggttccgggggaccggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                >  1:626480‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                      ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggggggtacg                                                               >  1:67816/1‑101 (MQ=11)
                                       gtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGgttggatccgt                                                              >  2:683040/1‑101 (MQ=1)
                                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                           >  1:1136406/4‑101 (MQ=11)
                                              ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggaccggtcgggtccgtggggtcg                                                       <  2:3777439‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                                gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                     >  1:3553560‑M2/1‑74 (MQ=255)
                                                 ttgtctcggtcggatcggTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                    >  2:1928618‑M2/6‑73 (MQ=255)
                                                  gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggagcggtcg                                                   <  2:635753‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                  gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                   >  2:102097‑M2/1‑72 (MQ=255)
                                                   gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                  >  1:1295882/10‑101 (MQ=11)
                                                     gtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGCTCCGGGGGag                                                >  1:4016582/5‑100 (MQ=11)
                                                     atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggat                                                <  1:2512305‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                                         gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGtccgt                                            >  2:1626917/1‑101 (MQ=11)
                                                          tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                           <  2:1537459/101‑1 (MQ=11)
                                                          tcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                           <  1:3486420‑M2/101‑38 (MQ=255)
                                                           cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                          <  2:1236556/101‑3 (MQ=11)
                                                               tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                      <  1:3878367‑M2/101‑43 (MQ=255)
                                                               tCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgcggggatc                                      >  2:2016302/1‑93 (MQ=14)
                                                                cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                     >  1:4095445/6‑101 (MQ=17)
                                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                     <  2:3407852‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                     >  2:1353812‑M2/1‑58 (MQ=255)
                                                                   tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                  <  1:2366470‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                                   tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtc                                  <  2:330856‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                                    gggctctctggggTCCGGCCGATCGGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGATCGGGAGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                 <  2:787418/91‑1 (MQ=1)
                                                                    gggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                 <  2:944451‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                                    gggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                 <  2:1173274‑M2/101‑48 (MQ=255)
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                                                                                           cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc          <  2:1308818‑M2/101‑71 (MQ=255)
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                                                                                                   |                                                                                                    
TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATC  >  NC_014034/221941‑222140

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG