Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,967 G→A 22.1% D230D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9670G→A22.1% 0.0 ‑0.2 ‑0.0558D230D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (60/63):  ref base (217/217):  total (277/281)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.39e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01

Only 100 of 1372 total aligned reads displayed.

CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221867‑222067
                                                                                                    |                                                                                                    
 cGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggt                                                                                                     >  1:2224625/1‑101 (MQ=255)
   cggtcggttccgggggaccggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                   >  1:626480‑M1/87‑101 (MQ=255)
   cggtcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc                                                                                                   >  1:2693209‑M1/87‑101 (MQ=255)
    ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                  <  1:3251374‑M1/16‑1 (MQ=255)
    ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtaga                                                                                                  <  1:4168775‑M1/16‑4 (MQ=255)
      tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtg                                                                                                <  2:3102697‑M1/18‑1 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                               <  1:3394986‑M1/19‑1 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgg                                                                                               <  2:3665753‑M1/19‑1 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                               <  1:1883820‑M1/19‑1 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcggg                                                                                              <  2:1979377‑M1/20‑1 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                              >  1:1317539‑M1/82‑101 (MQ=255)
        ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                              <  1:3427521‑M1/20‑1 (MQ=255)
              gtgggatcggtcggatccgtgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                        >  1:3553560‑M1/76‑101 (MQ=255)
               aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgggggctgggtc                                                                                       >  2:4091209/1‑101 (MQ=255)
                   atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggat                                                                                   <  1:20410‑M1/31‑3 (MQ=255)
                   atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgagggatcgggcgggg                                                                                   <  2:926618‑M1/31‑2 (MQ=255)
                      ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                <  1:3317557‑M1/34‑1 (MQ=255)
                      ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                >  1:294323/1‑101 (MQ=255)
                       gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                               >  2:2632406‑M1/67‑101 (MQ=255)
                        tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                              <  1:3486420‑M1/36‑1 (MQ=255)
                          gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                            <  1:66275‑M1/38‑1 (MQ=255)
                          ggatccgtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                            >  2:1226142‑M1/64‑101 (MQ=255)
                           ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                           >  2:3928895‑M1/63‑101 (MQ=255)
                             tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatc                                                                         <  1:2359469‑M1/41‑1 (MQ=255)
                              ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                        >  2:1353812‑M1/60‑101 (MQ=255)
                              ccggggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                        >  1:752468‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgt                                                                      <  1:2757560‑M1/44‑7 (MQ=255)
                                 tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                     >  2:3843852‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                    <  1:1537563‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                    ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                  <  1:1607099‑M1/48‑1 (MQ=255)
                                    gatcggtcgtgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                  >  2:1107477‑M1/54‑101 (MQ=255)
                                     gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                 >  2:812104‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                         gtggggtccgtgggattggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                             >  1:2418213‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                           cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                           <  2:2733061‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                           cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                           <  1:303028‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                            ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                          >  2:1453939/1‑101 (MQ=255)
                                             ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                         <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                             ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggt                                                         <  1:1941562‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                                 cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     <  2:2242944‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcggatccgtgggatctgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                   >  2:3468264‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                       atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                               >  1:2565790‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                                            tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                          >  1:2506977‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                            cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                          >  1:3625768/1‑101 (MQ=255)
                                                                 tccgtgggatcggtccggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtggggtc                                     >  2:361193‑M1/25‑98 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGGAtcg                                    <  2:1314567‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                     tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                 >  2:237415‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                      gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                >  1:991847‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                                         gtgggTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                             <  1:4081832/97‑1 (MQ=255)
                                                                           tcGTGGGCGCGGTCGGATGTGGGGGGTGCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                           <  1:1813002/100‑1 (MQ=14)
                                                                              tcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                        <  1:2891093‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                               cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                       <  2:1038503‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                                gggttggtcggGTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                      <  1:2621096/96‑1 (MQ=17)
                                                                                gggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      >  2:2307541‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      <  1:365302‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                ggCTCGGCAGGATGGGTCGGGCCCGTGGTAAGGGTCGGGTACGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      <  1:52978/101‑1 (MQ=14)
                                                                                 ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                     <  2:1833563‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                  cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                    >  1:1755928/1‑101 (MQ=255)
                                                                                    ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                  <  1:1388315‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                                    ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                  >  1:1149972‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                                     ggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcgg                 >  2:2894833/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     cgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                 <  2:1750911/100‑1 (MQ=11)
                                                                                      gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                <  2:520681‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                      gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggggtccgt                <  2:3053430‑M1/98‑7 (MQ=255)
                                                                                      gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGACCGTGGGCtcggt                >  1:1682077/1‑101 (MQ=11)
                                                                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGCGGGAtcggtc               >  2:209192/3‑101 (MQ=14)
                                                                                       tccgctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc               <  2:3987657/96‑1 (MQ=11)
                                                                                        ggggatcctcggatccgtggggtcgctctgcaccgtgggctccgTAGGTTCCGTCGGATGGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg              <  2:4196523/93‑1 (MQ=2)
                                                                                        gggctttgtcgtgtccgtgggatcggttgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg              <  2:644652/94‑1 (MQ=11)
                                                                                        gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg              <  1:3160219‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                        cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg              >  1:931682/1‑101 (MQ=255)
                                                                                        cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg              <  1:44538/101‑1 (MQ=11)
                                                                                        cggATCGGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg              >  1:2831246/1‑101 (MQ=11)
                                                                                         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg             <  2:2962493/101‑1 (MQ=11)
                                                                                          gctaggtcgggtccgttggaccggtccggtccgtgtgaccTGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg            <  2:2557258/97‑1 (MQ=11)
                                                                                          gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGAGCCGTGGGGTCGGGCCGGTCCGTGGGAACGGGCggg            >  2:1551034/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221867‑222067

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG