Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,036 C→G 2.8% P207P (CCG→CCC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0360C→G 2.8% 62.8 ‑0.8 ‑0.41417P207P (CCG→CCC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (16/29):  ref base (570/799):  total (588/829)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.46e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.37e-01

Only 100 of 1878 total aligned reads displayed.

TCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGG  >  NC_014034/221936‑222136
                                                                                                    |                                                                                                    
tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                      >  2:237415‑M1/21‑101 (MQ=255)
 gggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  1:2140335‑M1/20‑101 (MQ=255)
   gATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGa                                                                                                   <  2:2622138/101‑1 (MQ=255)
         tcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                             <  1:2891093‑M1/90‑1 (MQ=255)
            gCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                          >  1:395282/1‑101 (MQ=255)
             gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                         >  2:583376‑M1/8‑101 (MQ=255)
             cTCGGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                         <  2:3763378/101‑1 (MQ=255)
              tccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                        >  1:2746966‑M1/7‑101 (MQ=255)
              tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                        >  2:101109‑M1/7‑101 (MQ=255)
              gcggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                        >  2:643213‑M1/7‑101 (MQ=255)
               ccgtgGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                       >  1:889202‑M1/6‑101 (MQ=255)
               ccggtggagcggtccggcccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                       <  2:1089267/96‑1 (MQ=11)
                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGACGGATCCGAGGGagagt                                                                                      >  1:2591777/5‑97 (MQ=11)
                cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                                                                      <  1:3615139‑M1/97‑6 (MQ=255)
                 gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                     >  1:237233‑M1/4‑101 (MQ=255)
                 gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGACCGTGGGCtcggt                                                                                     >  1:1682077/1‑101 (MQ=11)
                  tgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtgGGGTCCGTCGGATGCGGGGGATCGGTAGGAGCCGTGGGGTGGGTCGGGTCCGTGGGAacggag                                                                                    >  2:3987546/3‑99 (MQ=2)
                  gggggtcgggcgggtgcgggggatcggtcgggtccgtgggaGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                    <  1:309620/96‑1 (MQ=14)
                   ggggatcctcggatccgtggggtcgctctgcaccgtgggctccgTAGGTTCCGTCGGATGGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                   <  2:4196523/93‑1 (MQ=2)
                   gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGAtcggtcg                                                                                   >  2:1769895/2‑101 (MQ=14)
                    ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                                                                                  >  1:1069037/1‑101 (MQ=11)
                     ggtcgggcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggaTCGGGCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                                                 <  1:1979503/99‑2 (MQ=11)
                     gatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgga                                                                                 <  1:1371767/101‑2 (MQ=11)
                      gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                <  2:2171667/97‑1 (MQ=14)
                        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                              <  2:2475474/101‑1 (MQ=11)
                         cgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatagGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGGTcca                                                                             >  2:1350158/2‑100 (MQ=11)
                           tcgggtcggtgggatcggtcgggtcctagggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                           <  1:3549858/101‑2 (MQ=11)
                           tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                           >  1:1833683‑M2/1‑100 (MQ=255)
                           tcggatccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTACGTGGGAACGGTCGGGTCCGtg                                                                           >  1:3655980/1‑100 (MQ=11)
                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                          <  2:3833427/101‑3 (MQ=14)
                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                          >  2:3059587‑M2/1‑99 (MQ=255)
                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGCCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGATCGATCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                          >  1:293633/1‑99 (MQ=11)
                              ggtccgtgggatcggtcggttccgtgggctccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                        <  2:3616844/101‑1 (MQ=11)
                              gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCCGGTCCGTGGGa                                                                        >  2:2693003/3‑101 (MQ=11)
                               gtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggaa                                                                       <  1:3404635‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                tccgtgggttcgttcggatccgtgggctcggtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                      <  2:2560460/101‑1 (MQ=11)
                                tccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                      >  1:950765/1‑101 (MQ=11)
                                 ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                     <  2:2777897‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                 ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                     >  1:2457804‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                  cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGGAGGGTCGGTCGGGTCCGGAGGAtcgg                                                                    >  2:3207433/1‑101 (MQ=11)
                                  cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                    >  2:1168435/1‑101 (MQ=11)
                                    tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                  >  1:2831487‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                    tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                  <  1:2659910‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                    tgggatcggtcggatccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                  <  1:497986/101‑1 (MQ=14)
                                      ggagcgggggggtgcgtgggagcgggcggATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                <  1:421225/92‑1 (MQ=11)
                                       gatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTGGACCCgtgggg                                                               >  1:1298416/1‑101 (MQ=11)
                                       gatcggtcggatccgtaggatcgggcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtaggg                                                               <  1:3257051/101‑1 (MQ=11)
                                        gtcggtgggatcggtgcgttctgtgggATCGGTGGGATCCGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                              <  2:1684903/100‑1 (MQ=11)
                                        gtcggtcgcgtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                                              >  2:3284657‑M2/2‑87 (MQ=255)
                                         tcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGATGGgtgggatc                                                             >  2:687594/1‑101 (MQ=11)
                                          cggtcggtgccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                            <  2:1926810/101‑1 (MQ=11)
                                          cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                            <  1:1891154‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                           ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgttgggtccg                                                           >  2:3452863/1‑101 (MQ=14)
                                             tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                         >  2:2910087/1‑101 (MQ=11)
                                               ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                       >  1:1136406/4‑101 (MQ=11)
                                               ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                                       <  1:2528418/98‑1 (MQ=11)
                                                ggtcggtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                                      >  1:4015616‑M2/1‑79 (MQ=255)
                                                ggtccgtggggtcgggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggga                                                      <  1:2055037/101‑2 (MQ=11)
                                                   ccgtcgggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                   <  2:1626253/101‑2 (MQ=11)
                                                      tggggtccgtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                <  2:4072146/101‑2 (MQ=11)
                                                       cgggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgg                                               <  1:1213927/94‑1 (MQ=11)
                                                         gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggg                                             <  1:1454029‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                                            cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                          >  1:3816794‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                                            ccgtcggATCTGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                          <  2:1298320/99‑2 (MQ=11)
                                                            ccgtcggAGCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                          <  2:3679702/99‑2 (MQ=11)
                                                               tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtg                                       >  2:3921103/1‑100 (MQ=11)
                                                               tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       <  2:1537459/101‑1 (MQ=11)
                                                                cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtggggtccgtgggaccggtggggtccgtgg                                      <  2:2853191‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                                cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                      <  2:3117069‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                                 gggtcggTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                     <  1:3734451/95‑1 (MQ=11)
                                                                 ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                     >  1:3346899/1‑101 (MQ=11)
                                                                 ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                     <  1:3880842/101‑1 (MQ=11)
                                                                    tCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATc                                  <  2:1233640/101‑1 (MQ=11)
                                                                     cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                 >  1:4095445/6‑101 (MQ=17)
                                                                     ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggggtcg                                 <  1:3148560‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                                        tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                              <  2:2251938‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                                         gggctctctggggTCCGGCCGATCGGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGATCGGGAGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                             <  2:787418/91‑1 (MQ=1)
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                                                                                                    cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgg  <  2:3517865‑M2/101‑75 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
TCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGG  >  NC_014034/221936‑222136

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG