Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,051 G→C 0.9% T202T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0510G→C 0.9% 8.8 ‑2.5 ‑1.51245T202T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/10):  ref base (538/695):  total (540/705)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.92e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.42e-02

Only 100 of 1862 total aligned reads displayed.

CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151
                                                                                                    |                                                                                                    
 cgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                                     >  2:2122250/2‑101 (MQ=11)
  gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                                    >  1:2053915/1‑101 (MQ=255)
   tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  1:274216‑M1/99‑1 (MQ=255)
   ggggtttgttcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  2:239941/92‑1 (MQ=11)
   ggggagcggtcgggtccgtcggatcggtcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  1:1761330/99‑1 (MQ=11)
   ggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  2:3404582‑M1/3‑101 (MQ=255)
    gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  1:3160219‑M1/100‑1 (MQ=255)
    gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  >  1:4104686‑M1/2‑101 (MQ=255)
    cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  >  1:931682/1‑101 (MQ=255)
    cggATCGGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                                                                                                  >  1:2831246/1‑101 (MQ=11)
     ggttcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 <  2:1713610/98‑1 (MQ=11)
     gggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgg                                                                                                 <  2:776309/98‑1 (MQ=11)
     ggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 <  2:2909522/101‑1 (MQ=11)
     ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGAGAGAacggccgg                                                                                                 >  2:2336746/1‑101 (MQ=11)
     ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtggg                                                                                                 >  2:1149878/1‑101 (MQ=11)
     ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 >  1:3484173/1‑101 (MQ=11)
      ggtcgggcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggaTCGGGCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                                                                <  1:1979503/99‑2 (MQ=11)
      gatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggga                                                                                                <  2:1005111/101‑2 (MQ=11)
       atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGt                                                                                               >  2:3549605/1‑101 (MQ=11)
        tgggtcgggtccgggggttctgtgggttccgtgggatcGGTCGGGTCGGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                              <  1:857441/99‑1 (MQ=11)
          ggttggatccgtgggatttgtggttttcgtgggatcTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGTTCCg                                                                                            <  2:1343024/101‑1 (MQ=2)
          ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGCCCGTGGGATCGGGCGGGGCCg                                                                                            >  1:1212568/1‑101 (MQ=11)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGCCCg                                                                                            >  1:2309912/1‑101 (MQ=11)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTAGGTCGGGTCCGtg                                                                                          >  2:2183499/1‑100 (MQ=14)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCggggctgtg                                                                                          >  2:3044153/1‑95 (MQ=11)
             cgggtccgtgggatgggtggggtccgtcggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                         <  1:214119/101‑3 (MQ=11)
             cgggtccgtgggatcggtcggttccgtgggatcggtCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGtgg                                                                                         <  2:2964316/101‑3 (MQ=11)
             cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                         <  2:3833427/101‑3 (MQ=14)
              ggggccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                        <  2:187965/101‑1 (MQ=11)
              ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                        <  2:868614‑M2/101‑4 (MQ=255)
               ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                                                       <  1:559383‑M2/101‑5 (MQ=255)
               gagccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                       <  1:2583916/98‑1 (MQ=11)
                gtctgttggatcgttctggtccgtttggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtggtat                                                                                      <  2:3470222/101‑6 (MQ=11)
                gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATGGGTCGGATCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                      >  1:3352419/1‑101 (MQ=14)
                 tccgtggggtccgtcggctccgtgggatcggccggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGAATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                     <  2:681565/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:2578779/101‑1 (MQ=11)
                   cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                   >  2:576749/1‑101 (MQ=11)
                   cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcgg                                                                                   >  1:3617097/1‑101 (MQ=14)
                     taggaacggtcgggtccggggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  1:3956909/99‑1 (MQ=11)
                       ggatcggtgggatccggcgggtcggtgggATCCGTGGGATCGGTGGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCCGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcgg                                                                               <  1:3763214/101‑1 (MQ=14)
                       ggagcgggggggtgcgtgggagcgggcggATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                               <  1:421225/92‑1 (MQ=11)
                         tctggtcggatccgtgggatgggtcggatcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                                                             >  2:4168513‑M2/4‑87 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGTTCAgtctggtgg                                                                           >  2:1448711/1‑99 (MQ=11)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatcc                                                                           <  2:1628831‑M2/101‑17 (MQ=255)
                             ggggggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                         <  1:1069575/98‑1 (MQ=11)
                                ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                      >  1:1136406/4‑101 (MQ=11)
                                     cgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcgggcgggtccgtgggatggg                                                                 <  2:3762957‑M2/101‑27 (MQ=255)
                                       tggggtcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                               <  1:4023238/101‑2 (MQ=11)
                                       tggggtccgtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                               <  2:4072146/101‑2 (MQ=11)
                                       tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                                               >  2:1957752/1‑100 (MQ=11)
                                        cggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                              >  1:36726‑M2/2‑72 (MQ=255)
                                         gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                             >  1:1295882/10‑101 (MQ=11)
                                          ggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccggcgga                                                            >  1:2943596/6‑96 (MQ=11)
                                          gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                            <  2:203557‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                          gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggg                                                            <  1:1454029‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                           gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                                           <  2:3917151/97‑1 (MQ=11)
                                           atcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggc                                                           >  2:3976285/1‑99 (MQ=11)
                                             ccgtcggATCTGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                         <  2:1298320/99‑2 (MQ=11)
                                                tcggTTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                      <  2:1219327/101‑1 (MQ=14)
                                                tccggtCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGGTCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                      <  2:2808390/96‑1 (MQ=11)
                                                 cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                     <  2:3117069‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                    gtcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggat                                                  >  1:1837309‑M2/2‑60 (MQ=255)
                                                      cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATcc                                                >  2:495153/6‑101 (MQ=17)
                                                      ccGGGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                >  1:752468‑M2/1‑58 (MQ=255)
                                                        gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGt                                              >  1:3272533/4‑101 (MQ=14)
                                                        gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                              <  2:36711‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                         tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                             <  1:2366470‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                         tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                             >  1:3406698‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                         tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtc                                             <  1:2228343‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                         tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtc                                             <  2:330856‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                          gggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                            <  1:1537563‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                           ggAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                           >  1:2895052‑M2/1‑53 (MQ=255)
                                                            ggtccgttgggTCCGTCGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                          <  2:1804883/93‑1 (MQ=18)
                                                             aTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                         <  2:2491489‑M2/101‑51 (MQ=255)
                                                               cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                       >  1:3043504/1‑101 (MQ=14)
                                                                ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                      <  1:3549974‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                 gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     >  1:491470/4‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG