Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,057 G→A 14.5% D200D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0570G→A14.5% 0.0 ‑2.8 ‑0.01238D200D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (66/114):  ref base (469/587):  total (536/702)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.10e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.59e-01

Only 100 of 1724 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCG  >  NC_014034/221957‑222156
                                                                                                    |                                                                                                   
 gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                                    <  2:2171667/97‑1 (MQ=14)
  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTc                                                                                                   >  1:3818718/1‑101 (MQ=11)
  tcggtcgggtccgggggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                                   <  2:1338843/101‑1 (MQ=11)
  tccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                                   <  1:2327748/98‑1 (MQ=14)
   gggtcggaaccgtgggaccggtcgggtgcgcgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                  <  1:1919240/100‑1 (MQ=11)
   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                  <  1:1132639/101‑1 (MQ=14)
   ccctcgggtccttagggtcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                  <  2:3133027/98‑1 (MQ=14)
    ggtcgggtccgtaggatgcgtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                 <  2:3237510/101‑1 (MQ=11)
    ggtcggggccgtgggctcggtcgggtccgtgggctcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                 <  2:2586203/101‑1 (MQ=14)
     gtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                >  1:3935893/1‑101 (MQ=11)
     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCCCGTAGGATCCGTGGGCTCGGTCGGATCCgg                                                                                                >  2:2815186/1‑100 (MQ=14)
      tgggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                               <  2:1136312/96‑2 (MQ=11)
      tcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                               >  1:3490550‑M2/1‑100 (MQ=255)
      tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                               >  2:2640394/1‑100 (MQ=11)
       cgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                              >  1:464736‑M2/1‑99 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                              >  1:3421742/1‑99 (MQ=11)
       cgggtccgtgggatcggtaggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGAg                                                                                              >  2:2934031/1‑101 (MQ=11)
        gggtccgtgggatcgggcgggtgcgtggggcccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                             <  1:253816/101‑1 (MQ=11)
        ggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTACGGCGGAGCGGTCGGGGCCGTGgg                                                                                             >  2:2395689/4‑101 (MQ=2)
        ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                             <  2:868614‑M2/101‑4 (MQ=255)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCgcggga                                                                                            >  2:341558/1‑96 (MQ=11)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                           >  1:3867628‑M2/1‑96 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                           <  1:3048018/101‑1 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATTCGTGGGATCGGCCGGATTCGTGGGGTCGGTCGGGTTCGTGggttt                                                                                          >  1:3282285/1‑98 (MQ=14)
            ccgttggatcggtcgggtccgcgggatcggtcggGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                         <  2:3740911/101‑1 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                        <  1:1685018‑M2/101‑9 (MQ=255)
              gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAgcggt                                                                                       >  1:2058500/1‑101 (MQ=11)
              gtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                       <  2:3317316/101‑1 (MQ=14)
              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggg                                                                                       <  1:809076‑M2/101‑10 (MQ=255)
              gtgggatcggtcggatccgtaggatcagtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtccgt                                                                                       <  2:564113/101‑1 (MQ=11)
               tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                                      >  1:2390415‑M2/1‑91 (MQ=255)
               tgggatgggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                      <  2:3070975/101‑1 (MQ=11)
               tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                                      >  1:2831487‑M2/1‑91 (MQ=255)
                ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgggcg                                                                                     >  2:3963704/1‑101 (MQ=11)
                gggatcggtcgggtccgtggggtccgtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGGGGGGTCCGTCgggttcgggg                                                                                     >  2:1431424/1‑93 (MQ=14)
                gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGCtcgggcg                                                                                     >  2:1294357/1‑101 (MQ=11)
                 ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                                    <  1:2648460‑M2/101‑13 (MQ=255)
                 ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                                    >  1:4080863‑M2/1‑89 (MQ=255)
                   gtcggtgggatcggtgcgttctgtgggATCGGTGGGATCCGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                                                  <  2:1684903/100‑1 (MQ=11)
                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                                <  1:997243‑M2/101‑17 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatcc                                                                                >  2:2879017‑M2/1‑85 (MQ=255)
                     cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                <  2:1527113/101‑1 (MQ=255)
                      ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcgggtaga                                                                               <  1:4168775‑M2/101‑18 (MQ=255)
                       gtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgt                                                                              >  2:1055683‑M2/1‑83 (MQ=255)
                       ggggggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                              <  1:1069575/98‑1 (MQ=11)
                         cgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtggggtccgtgg                                                                            >  2:3830879/1‑99 (MQ=11)
                         cggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                                                            >  2:668972/1‑101 (MQ=11)
                          gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccggggg                                                                           >  1:1599752/1‑97 (MQ=11)
                              cggtcggtccggtgggGTCGGTCGGACCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgggtcc                                                                       <  2:2726285/92‑1 (MQ=11)
                              ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                       <  2:1797649‑M2/101‑26 (MQ=255)
                              ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGTATCTGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                       <  1:3617974/101‑2 (MQ=14)
                                gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                     >  1:3553560‑M2/1‑74 (MQ=255)
                                 tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGGCGGTGGGGGCGGTGGGGTCGGTg                                                                    >  2:774778/1‑101 (MQ=11)
                                  cgggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgg                                                                   <  1:1213927/94‑1 (MQ=11)
                                   gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                  >  1:1295882/10‑101 (MQ=11)
                                   ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTcgg                                                                  >  1:55848/1‑101 (MQ=11)
                                    ggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccggcgga                                                                 >  1:2943596/6‑96 (MQ=11)
                                     gtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                >  2:2268108/8‑101 (MQ=11)
                                       cggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                              <  1:1767034/101‑1 (MQ=14)
                                        ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                             >  1:2005904‑M2/1‑66 (MQ=255)
                                               tcggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                      <  2:3886002/95‑1 (MQ=17)
                                               tCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgcggggatc                                                      >  2:2016302/1‑93 (MQ=14)
                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                   <  2:4156354‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                       aTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggggggt                                              <  1:2153985‑M2/101‑51 (MQ=255)
                                                        tccgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                             <  2:3655727/95‑1 (MQ=18)
                                                         ccgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                            >  2:2492135/6‑101 (MQ=255)
                                                           gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgt                                          <  2:618801‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                            gcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                         <  1:1467812/100‑1 (MQ=17)
                                                              gggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                       <  2:93981‑M2/101‑58 (MQ=255)
                                                               ggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtggga                                      <  1:1005158‑M2/101‑59 (MQ=255)
                                                                gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggt                                     <  1:2475658‑M2/101‑60 (MQ=255)
                                                                 tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtc                                    <  2:4058641‑M2/101‑61 (MQ=255)
                                                                  ccGTGGGGTCGGTCGCGGCCGTGGGCTCCGTCCGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTcc                                   <  2:2335073/101‑1 (MQ=2)
                                                                  ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                   <  2:2081049‑M2/101‑62 (MQ=255)
                                                                  ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                   >  2:3480643/1‑101 (MQ=11)
                                                                     tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtc                                >  2:3553382‑M2/1‑37 (MQ=255)
                                                                     tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                <  1:3357925‑M2/101‑65 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                   
GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCG  >  NC_014034/221957‑222156

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG