Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 678,553 | G→C | 2.7% | T1685S (ACC→AGC) | RCAP_rcc00630 ← | ice nucleation protein repeat family protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_014034 | 678,553 | 0 | G→C | 2.7% | 2.0 0.0 ‑0.0 | 162 | T1685S (ACC→AGC) | RCAP_rcc00630 | ice nucleation protein repeat family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/2): ref base (78/79): total (81/81) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TCCGCGCAGCGCCGCCGTGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCCGCGCGAT > NC_014034/678453‑678653
|
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ccgTGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTc < 1:265326/101‑1 (MQ=255)
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gTGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGa > 2:27946/1‑101 (MQ=255)
tGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGAc > 1:3831895/1‑101 (MQ=255)
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tGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGAc < 2:3985202/101‑1 (MQ=255)
ggTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGCTGACCGCCGCGCTCGACa > 2:1659322/1‑101 (MQ=255)
tCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAgc > 1:1991933/1‑101 (MQ=255)
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ccGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCcgcg < 1:3585777/101‑1 (MQ=255)
cGGAATGACCGCGCCGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGa > 2:1365768/1‑101 (MQ=255)
gAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGAcc > 1:567460/1‑101 (MQ=255)
aaTGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCt < 2:658935/101‑1 (MQ=255)
aTGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTg > 1:3114768/1‑101 (MQ=255)
tGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTgc < 2:564274/101‑1 (MQ=255)
gACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTgcg > 2:1307727/1‑101 (MQ=255)
cgcgCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCg < 1:3734388/101‑1 (MQ=255)
gcgcTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGt > 1:4008460/1‑101 (MQ=255)
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cTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCt < 2:480917/101‑1 (MQ=255)
tGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTc > 2:3301945/1‑101 (MQ=255)
tGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGGGCTc > 2:1120618/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCa > 2:475256/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCa < 1:1986399/101‑1 (MQ=255)
gCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCa < 1:3534065/101‑1 (MQ=255)
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gcaaccgccgcGATCTGCGCCGCGCTCAGCGCGTCGAGCTGCGCGGAGCCGAGCCCGCCGACCGCGGCACTGGCCAGCGCCGCGACCTGATCGGTGCCCAg < 1:3621716/96‑1 (MQ=2)
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ccAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTTCGCCGTGCTCAgc > 2:2174497/1‑101 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAgc > 2:787833/1‑101 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAgc < 1:1689131/101‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGACGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAgcg > 2:3657952/1‑101 (MQ=255)
cgccgcGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGcgccg > 1:2576188/1‑101 (MQ=255)
gccgcGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGcgccgc > 2:2682631/1‑101 (MQ=255)
ccgcGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCcgcg < 1:2137944/101‑1 (MQ=255)
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cgcgATCTGCGCCGCGCTCAGCGCCGCGATCTGCGCCGAGCCGAGCCCGCCGACCGCGGCACTGGCCAGCGCCGCGACCTGATCGGTGCCCAgactggcca > 2:2144532/1‑93 (MQ=2)
gcgATCTGCGCCGCGCTCAGCGCCGCGATCTGCGCCGAGCCGAGCCCGCCGACCGCGGCACTGGCCAGCGCCGCGACCTGATCGGTGCCCAgactggccag > 1:72198/1‑92 (MQ=2)
cgATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACt > 1:3068068/1‑101 (MQ=255)
cgATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACt > 2:3328231/1‑101 (MQ=255)
cgATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACt > 2:2236756/1‑101 (MQ=255)
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cGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGcgtcg > 2:3341533/1‑101 (MQ=255)
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ccAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCAGCGTCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAg > 1:3620357/1‑101 (MQ=255)
cAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGc > 2:1435199/1‑101 (MQ=255)
aaGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGccc < 1:3200722/101‑1 (MQ=255)
aGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGcccc > 2:827949/1‑101 (MQ=255)
ggCCGCGAGCCGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGAATTGCCGCGTCGTCAGCCCCg < 2:1991807/101‑1 (MQ=255)
ggCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCg < 1:310574/101‑1 (MQ=255)
ggCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCg < 2:1244031/101‑1 (MQ=255)
ggCCGCCAGCGGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCg < 2:1986595/101‑1 (MQ=255)
gccAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAAt < 1:257497/101‑1 (MQ=255)
aGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATcgc > 2:2490774/1‑101 (MQ=255)
tGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGTGTCGTCAGCCCCGCAATcgccgc < 2:4147759/101‑1 (MQ=255)
tGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATcgccgc > 2:1950936/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCcgcg > 2:980818/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCcgcg < 2:932003/101‑1 (MQ=255)
gccgagccgaGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGAGTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCt > 1:3651573/1‑101 (MQ=255)
gccgagccgaGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCt < 1:4008623/101‑1 (MQ=255)
ccgagccgagCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTg > 1:602925/1‑101 (MQ=255)
cgagccgagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTgg > 1:1520724/1‑101 (MQ=255)
gagccgagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGt > 2:3022026/1‑101 (MQ=255)
gagccgagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGt < 1:2584563/101‑1 (MQ=255)
gccgagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCa > 2:178510/1‑101 (MQ=255)
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gagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGcc < 1:2795922/101‑1 (MQ=255)
gagcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGcc > 2:2347774/1‑101 (MQ=255)
agcGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCcg < 2:3998505/101‑1 (MQ=255)
gcgcGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCcgc > 1:2973627/1‑101 (MQ=255)
gcgGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCcgcgc > 1:3822288/1‑101 (MQ=255)
gTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCCGCGCGAt < 1:316046/101‑1 (MQ=255)
|
TCCGCGCAGCGCCGCCGTGGTCAGCGCCGGAATGACCGCGCTGCCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCCAAAGGCCGCCAGCTGCGCCGAGCCGAGCGCGGTGACCGCCGCGCTCGACAGCGCCGCGACCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCGACTTGCCGCGTCGTCAGCCCCGCAATCGCCGCGCTGGTCAGCCGCGCGAT > NC_014034/678453‑678653
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|