Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 531,029 | 2 bp→GC | 100% | intergenic (+107/+33) | valS → / ← RCAP_rcc00497 | valyl‑tRNA synthetase/UbiA prenyltransferase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_014034 | 531,029 | 0 | C→G | 100.0% | 564.2 | 165 | intergenic (+107/+34) | valS/RCAP_rcc00497 | valyl‑tRNA synthetase/UbiA prenyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (100/65): ref base (0/0): total (100/65) | ||||||||||
* | NC_014034 | 531,030 | 0 | G→C | 100.0% | 555.4 | 165 | intergenic (+108/+33) | valS/RCAP_rcc00497 | valyl‑tRNA synthetase/UbiA prenyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (99/62): ref base (1/3): total (100/65) |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGCTTGTCGGCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTCGGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCTCAGCGTCAT > NC_014034/530943‑531128
||
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cccgcttcgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAAcc < 1:3692305/93‑1 (MQ=25)
cgcttcgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAAcccc < 2:4024446/95‑1 (MQ=25)
cgcttcccccccccgGGGATATTTTGGGCAAGATAAAGCCCCGAAAGCCTCCTTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAAcccc < 1:2987538/92‑1 (MQ=18)
gcttcgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAAccccc < 1:1753945/96‑1 (MQ=25)
cttcgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccg < 1:994243/97‑1 (MQ=25)
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tcgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgcc < 2:3445327/99‑1 (MQ=255)
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cgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccg > 1:3664351/2‑101 (MQ=255)
cgCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccg < 1:135018/100‑1 (MQ=255)
gCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgc < 1:2000142/101‑1 (MQ=255)
gCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgc > 1:565606/1‑101 (MQ=255)
gCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgc > 1:2797307/1‑101 (MQ=255)
tCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgccg < 1:678094/101‑1 (MQ=255)
ccccccGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgccgc > 1:2672230/1‑101 (MQ=255)
cccccGGGATATTTTCGGCAAGATAAGGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgccgcc < 2:565542/101‑1 (MQ=255)
ccccGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgccgccg < 1:2575598/101‑1 (MQ=255)
ccccGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGGGTGAAACCCccgccgccgccg > 2:2558906/1‑101 (MQ=255)
cccGGGATATTTACGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCccgccgccgccgc > 1:3021437/1‑101 (MQ=255)
ccGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGGGGGAAACCCccgccgccgccccc > 1:3857968/1‑101 (MQ=25)
tatTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCa > 2:526599/1‑101 (MQ=255)
atTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAg > 1:3705516/1‑101 (MQ=255)
atTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAg > 1:1022617/1‑101 (MQ=255)
tttCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAATCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAgcc < 1:1283458/101‑1 (MQ=255)
tttCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAgcc < 2:2383125/101‑1 (MQ=255)
tCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAgccgc > 2:4000472/1‑101 (MQ=255)
cGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAgccgcc > 2:2480654/1‑101 (MQ=255)
gCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCa > 2:2823961/1‑101 (MQ=255)
gCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCa > 2:160976/1‑101 (MQ=255)
cAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCAt > 1:3934713/1‑101 (MQ=255)
aaGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATc > 2:3146862/1‑101 (MQ=255)
aGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATcc < 1:466255/101‑1 (MQ=255)
aGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATcc > 1:2207103/1‑101 (MQ=255)
tAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGa > 2:1534547/1‑101 (MQ=255)
aaaGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGaa > 2:312882/1‑101 (MQ=255)
aaGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAAc > 2:420433/1‑101 (MQ=255)
ggCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCa > 2:4154871/1‑101 (MQ=255)
ggCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCa > 2:2764103/1‑101 (MQ=255)
ggCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCa > 2:1115879/1‑101 (MQ=255)
ggCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCACGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCa > 1:2947559/1‑101 (MQ=255)
ggCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGAGCGGGGGTGTGAAACCACCGCCGCAGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCa > 1:1999529/1‑101 (MQ=25)
gCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCAt < 1:274262/101‑1 (MQ=255)
ccGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCGGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCCttc > 2:2833786/1‑100 (MQ=25)
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cGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTgc > 2:3556414/1‑101 (MQ=255)
ggAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTgcg > 2:4107408/1‑101 (MQ=255)
ggAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTgcg > 2:4236130/1‑101 (MQ=255)
gAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTgcgc < 2:503603/101‑1 (MQ=255)
gAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTgcgc > 1:1411015/1‑101 (MQ=255)
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aaGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGcc > 2:756600/1‑101 (MQ=255)
aaGCCCCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGcc < 1:1313057/101‑1 (MQ=255)
aGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGccc < 1:2321073/101‑1 (MQ=255)
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ccTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCaa < 1:2173970/101‑1 (MQ=255)
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aTCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGGGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCACCCAAAGGAcggcc > 1:1056602/1‑101 (MQ=25)
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cTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCcgccgc > 2:968247/1‑101 (MQ=255)
ttGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCgccgcc > 2:2031733/1‑101 (MQ=255)
ttGCCGGAAAAACCCCGAG.GGGGGGGGGGGGGTGGAAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCcgccgc < 2:2206944/101‑1 (MQ=255)
gCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCa > 2:1210153/1‑101 (MQ=255)
gCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCa < 2:1522398/101‑1 (MQ=255)
ccgatctatatCCC.AG.GGGGGGGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCa < 2:1801441/94‑1 (MQ=255)
ccGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAg < 2:3176280/101‑1 (MQ=255)
ccGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAg > 2:1875198/1‑101 (MQ=255)
ccGAAAAGACCCC.AG.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAg < 2:3021212/101‑1 (MQ=37)
cGGAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGa > 1:1553745/1‑101 (MQ=255)
ggAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGaa > 2:2137371/1‑101 (MQ=255)
ggAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGaa > 1:3555116/1‑101 (MQ=255)
gaaaaTATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGaa < 2:3763146/99‑1 (MQ=255)
gaaaagaccc.AAGGGGGGTGGGGGGGTGGAAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGaa < 2:3934453/94‑1 (MQ=255)
gAAATATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAAc > 1:52591/1‑101 (MQ=255)
aaaTATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACa < 2:3605261/101‑1 (MQ=255)
aaTATCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACAt < 2:3389880/101‑1 (MQ=255)
atatCCC.AG.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATc < 2:494078/101‑1 (MQ=37)
tatCCC.AG.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCa < 2:2903608/101‑1 (MQ=255)
tatCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCa > 2:3691341/1‑101 (MQ=255)
atCCC.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAg < 1:1601877/101‑1 (MQ=255)
cccc.AG.GGGGGTGCGGGGGTGTGAACCCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAgg < 1:4152412/100‑1 (MQ=38)
cc.AA.GGGGGTGCGGGGGTGTGGAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGCTCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCt > 1:2408688/1‑101 (MQ=38)
aa.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCTCa > 2:4059098/1‑101 (MQ=255)
a.GGGGGTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCTCAg > 2:872192/1‑101 (MQ=255)
gggggTGCGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCTCAGc < 1:266086/101‑1 (MQ=255)
||
CGCTTGTCGGCTCCCCCCGGGATATTTTCGGCAAGATAAAGGCCCGGAAGCCTCCCTTTATCTTGCCGGAAATATCCC.AA.GGGGGTCGGGGGGTGTGAAACCCCCGCCGCCGCCGCCGGATCAGCCGCCCATCCCGAACCATTGCGCCCAAAGGCCCGCCGCCCAGAACATCAGGCTCAGCGTCAT > NC_014034/530943‑531128
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|