Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_014034 | 1,951,208 | G→C | 90.6% | A129G (GCG→GGG) | ssb1 ← | single‑stranded DNA‑binding protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_014034 | 1,951,208 | 0 | G→C | 90.6% | 30.8 ‑1.8 0.0 | 149 | A129G (GCG→GGG) | ssb1 | single‑stranded DNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (85/50): ref base (6/8): total (91/58) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.59e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CCCGACGAGGGGGCCGA.GGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951115‑1951299
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ga.ggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 1:1540337/1‑101 (MQ=255)
ga.ggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 2:4054947/1‑101 (MQ=255)
ga.ggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 1:1058996/1‑101 (MQ=255)
gggacCCGCCGCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAg < 1:1523344/100‑1 (MQ=255)
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cgccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCa > 2:4076109/1‑101 (MQ=255)
accaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCAt > 1:4463879/2‑101 (MQ=255)
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caccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATcc > 2:1428176/1‑101 (MQ=255)
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ccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgcc > 1:884767/1‑101 (MQ=255)
cgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccg > 2:2488935/1‑101 (MQ=255)
gccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccgc > 1:610626/1‑101 (MQ=255)
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ccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccgcc > 1:3110762/1‑101 (MQ=255)
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tAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAag > 2:590337/1‑101 (MQ=255)
tAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAag > 1:2412746/1‑101 (MQ=255)
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aGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagc > 1:783578/1‑101 (MQ=255)
aGCCCGGGCCGTCATCGTACCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagc < 1:1694357/101‑1 (MQ=255)
gCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagca > 1:3538032/1‑101 (MQ=255)
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ccggggcCGCCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagcag < 2:4239677/96‑1 (MQ=255)
cccGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagcag > 2:1967390/1‑101 (MQ=255)
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gggcCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCACGCAGCGt > 2:2006466/3‑101 (MQ=255)
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gTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGt > 2:3573613/1‑101 (MQ=255)
gTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGt > 1:953198/1‑101 (MQ=255)
gTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGt > 1:1352557/1‑101 (MQ=255)
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tggcccccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGt < 1:3183152/99‑1 (MQ=255)
tggcccccgccATAGCCCCCCCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGt < 1:2131101/99‑1 (MQ=255)
tAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGt > 1:876298/1‑101 (MQ=255)
aGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCACGCAGCGTCAGGTTGCCCGta > 2:3386427/1‑101 (MQ=255)
ccgcctccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGtata < 2:4613141/101‑1 (MQ=255)
ccccccccATACCCGCCGCCCGGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCCCCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGtata < 1:888520/95‑1 (MQ=255)
gccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAgg > 1:1580829/1‑101 (MQ=255)
cccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAgg < 1:65503/100‑1 (MQ=255)
ccccccATAGCCGCCGCCCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAgg < 2:928441/97‑1 (MQ=255)
cccccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAggg < 1:4076395/98‑1 (MQ=255)
ccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgcg > 2:1368674/1‑101 (MQ=255)
aTAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgca > 1:3106060/1‑101 (MQ=255)
aGCCGCCGCCCTGCGACCCCCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagc < 1:1428271/101‑1 (MQ=255)
aGCCGCCGCCCTGCGAACCGC.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagc > 1:3819944/1‑101 (MQ=255)
gccgccgccCGGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagca < 1:3643274/101‑1 (MQ=255)
cgccgccCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGACGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGaacc > 2:4598944/1‑101 (MQ=255)
cccgccCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacca < 2:4402675/100‑1 (MQ=255)
ccgccCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacaac > 2:656574/1‑101 (MQ=255)
ccgccCTGCGAACCGC.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcaccac > 2:1762933/1‑101 (MQ=255)
cccTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCCCCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:1263588/101‑1 (MQ=255)
cccTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:1809761/101‑1 (MQ=255)
cccTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:656636/101‑1 (MQ=255)
cccTGCCACCCGCCGC.CGTAATTGCCCCCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:2243458/101‑1 (MQ=255)
cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:3672393/1‑101 (MQ=255)
cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:1112200/1‑101 (MQ=255)
gCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTc > 1:2131854/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 2:2013334/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 1:2216622/1‑101 (MQ=255)
gAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCgt > 1:188447/1‑101 (MQ=255)
gAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCgt > 2:2658289/1‑101 (MQ=255)
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CCCGACGAGGGGGCCGA.GGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951115‑1951299
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|