Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,976 A→G 9.0% D227D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9760A→G 9.0% 109.2 ‑0.7 ‑1.0612D227D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (33/24):  ref base (291/263):  total (324/288)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.87e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.12e-01

Only 100 of 1617 total aligned reads displayed.

CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTC  >  NC_014034/221877‑222081
                                                                                                   |                                                                                                         
 tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                         >  1:2913349‑M1/79‑101 (MQ=255)
   cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                       <  1:750597‑M1/25‑1 (MQ=255)
   cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                       <  1:1551524/101‑1 (MQ=255)
     tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                     <  1:266493‑M1/27‑1 (MQ=255)
      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                                                                    >  2:2259689‑M1/74‑101 (MQ=255)
      cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                    <  1:142061‑M1/28‑1 (MQ=255)
       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                   <  1:53311‑M1/29‑1 (MQ=255)
           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggttcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                               >  2:3095667‑M1/69‑101 (MQ=255)
            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatgggtcgggtccg                                                                                              <  2:4575003‑M1/34‑1 (MQ=255)
            ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                              <  2:3495903‑M1/34‑1 (MQ=255)
            ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                              <  1:3490558/101‑1 (MQ=255)
                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                          <  2:3843646‑M1/38‑1 (MQ=255)
                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                          <  2:476528‑M1/38‑1 (MQ=255)
                     cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgggggatcgg                                                                                     <  2:2536948‑M1/43‑1 (MQ=255)
                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtg                                                                                   <  1:4522559‑M1/45‑2 (MQ=255)
                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcg                                                                                  <  1:3004810‑M1/46‑1 (MQ=255)
                        cggatcggtgggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                  >  1:928878‑M1/56‑101 (MQ=255)
                         ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgg                                                                                 <  1:2351416‑M1/47‑1 (MQ=255)
                           cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                               <  1:3072951/101‑1 (MQ=255)
                            tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                              <  2:824487‑M1/50‑4 (MQ=255)
                             cggtcggacccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                             >  2:3672301‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                 cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                         <  2:1669997‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                 cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                         <  1:3819727/101‑1 (MQ=255)
                                    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                      >  2:3576817‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                    atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                      >  1:125383‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                     tccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                     >  1:2434746‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                     tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                     <  1:3286763/101‑1 (MQ=255)
                                      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                    <  2:3238019‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc                                                                 >  2:2346640‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                          cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcggtcg                                                                >  1:4382828/1‑101 (MQ=255)
                                           tCAGCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATTGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                               <  2:4257170/101‑1 (MQ=255)
                                           ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                               >  2:1737545‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                          <  2:2112417‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                      >  1:1755168‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                      >  1:1683106‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                     ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                     <  1:3673870‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                    >  1:4296279‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                      atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                    <  1:4189603‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                  >  1:1968992‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                <  1:3189997‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                            gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                              <  1:1009700‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                          >  1:4436180/1‑101 (MQ=255)
                                                                ccgttccggccggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                          <  2:3323039/91‑1 (MQ=1)
                                                                   gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                       >  1:485415‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                                    tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                      <  2:4073741/101‑2 (MQ=11)
                                                                    gcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                      >  1:4609309‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                                       ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                   <  1:635630‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                        gtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                  <  1:2605548‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                        ggccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                  <  2:3019469/97‑1 (MQ=11)
                                                                         ttcgccttatcggttgggtccgtgttattggtctggtccgtgcgATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                 <  2:1217993/93‑1 (MQ=11)
                                                                         tcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                 <  1:4099140/101‑1 (MQ=11)
                                                                         tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                 <  1:3347650/101‑1 (MQ=255)
                                                                          ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                <  2:1415952‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                          ccggcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                <  2:2040325/97‑1 (MQ=11)
                                                                           cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                               >  2:1284320‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                                                           cgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                               >  2:4397286‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                                                            gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                              >  1:2039349‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                             ttcgagcggtcgggcccgtgggttcggtcgggtccgtgcgatCGGTTGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                             <  2:2196106/95‑1 (MQ=11)
                                                                             tgggatcgtccggctccttgggctctgtggggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                             <  2:3928055/99‑1 (MQ=11)
                                                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGCCCGAGGGAtcttcc                             >  1:3428774/3‑97 (MQ=11)
                                                                             tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                             <  1:1089336‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                             gggtatcggtggcttccgtgtgatcggtcggttccgtgggATCGGTCGTTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                             <  2:2434244/97‑1 (MQ=11)
                                                                              gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                            >  2:551473‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                              gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                            <  1:2504958‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                              cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTACACTCGGTCGGGGCCGTGGGATGGGTCGGGTCAGTTGGAtcggtcg                            >  2:746382/1‑101 (MQ=11)
                                                                               ggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                           <  2:1982681/101‑1 (MQ=11)
                                                                               ggagcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                           <  1:1184687/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                         >  1:3886356/1‑99 (MQ=11)
                                                                                  tcgggcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtggggTCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGATc                        <  2:1522001/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  tccgtcgggtccgtgggatcggtcgcgtccgcgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                        <  2:1826932/98‑1 (MQ=11)
                                                                                   cgctcggatccgtcagatgggtcggattagtgggatcggCCGGGTACGTGGCATCGGTCGTCTCCGTGAGGTCAGTCGGATCCGTGGGATCGGTCAGATcc                       <  2:3407370/98‑1 (MQ=2)
                                                                                   ccgtccgccccgtgcgatcggtcgggtccgtggcatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                       <  1:4026774/92‑1 (MQ=11)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTGGGGTCCGCGGGATCGGTGGGGACCCGGGGACCGGTGGGAGCGGGCGGCTCGGTGGGGTcgg                      >  2:2621969/1‑99 (MQ=2)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGTTGGGTCGGGTcct                      >  2:1111961/1‑100 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                         
CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTC  >  NC_014034/221877‑222081

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG