Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,994 A→G 15.6% D221D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9940A→G15.6% 251.9 ‑0.1 ‑1.7698D221D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (58/52):  ref base (313/273):  total (372/326)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.17e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.05e-02

Only 100 of 1734 total aligned reads displayed.

TGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAT  >  NC_014034/221894‑222094
                                                                                                    |                                                                                                    
ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggga                                                                                                      >  1:2929153‑M1/63‑101 (MQ=255)
  tccgtaggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                    >  1:795188‑M1/61‑101 (MQ=255)
   tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                   >  2:2641024/1‑101 (MQ=255)
     gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcaga                                                                                                 <  1:2225481‑M1/44‑4 (MQ=255)
      ttaGCGGCGCCGGATCTCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                <  2:910496/99‑1 (MQ=255)
       ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                               <  1:3300458‑M1/46‑1 (MQ=255)
         gatcggtgggttccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                             >  2:1324330‑M1/54‑100 (MQ=255)
         gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgca                                                                                             <  1:1239578‑M1/48‑3 (MQ=255)
         gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggg                                                                                             <  2:3789472‑M1/48‑2 (MQ=255)
         gCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                             >  1:1699744/1‑101 (MQ=255)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                           <  2:824487‑M1/50‑4 (MQ=255)
            tggtcggatccgtggggtcggtcgggtccgtgggatgggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                          >  2:748541‑M1/51‑101 (MQ=255)
                cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTGGGATCCGTgg                                                                                      >  2:201296/1‑101 (MQ=255)
                 ggATCGCGCTCATCGACGGTGGTCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                     <  2:2223724/101‑1 (MQ=255)
                  gATCGCGCTCAGCGACGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                    <  2:3883950/101‑1 (MQ=255)
                     ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                 >  2:2313‑M1/42‑101 (MQ=255)
                       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggc                                                                               <  2:2768152‑M1/62‑2 (MQ=255)
                          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAccggtcgg                                                                            <  2:2840721‑M1/65‑1 (MQ=255)
                            gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                                          >  2:2923169‑M1/35‑99 (MQ=255)
                            gtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                          >  2:1530704‑M1/35‑101 (MQ=255)
                            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGggtccgtcggat                                                                          <  1:1070100‑M1/67‑3 (MQ=255)
                             tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                         >  1:1175066‑M1/34‑101 (MQ=255)
                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                        <  1:1433819‑M1/69‑1 (MQ=255)
                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                        >  2:4427076‑M1/33‑101 (MQ=255)
                               ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                       <  1:3726309‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                 tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                     >  1:2364286‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                 tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                     >  2:124652‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                 tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                     <  1:1643044‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                     gttcgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                 >  2:3289672‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                      tccgggggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                >  1:2452675‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                       gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                               <  2:2157761/101‑1 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                               >  1:59160‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                          gggggtcggtggggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                            >  1:1882576‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTgggatcggtcggggcc                                                      <  2:3643164‑M1/87‑5 (MQ=255)
                                                 ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                     <  1:2143941‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                  gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                    >  1:485415‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                   tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtc                                                   >  2:346192‑M1/12‑100 (MQ=255)
                                                   gcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                   >  1:4609309‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                       ggccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                               <  2:3019469/97‑1 (MQ=11)
                                                       atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                               <  1:2858679‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggaccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCCGTCGGACCCTTGGGAtg                                              >  2:1765501/7‑100 (MQ=11)
                                                          cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                            <  1:3649362‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                           gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggc                                           <  1:2004004‑M1/98‑2 (MQ=255)
                                                           ggggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggt                                           <  2:3554467/92‑1 (MQ=14)
                                                            tgggatcggtcgtgtccttgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGAGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                          <  2:4101904/99‑1 (MQ=14)
                                                            tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                          >  1:441898‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                            tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                          <  1:1308284‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                            tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                          >  2:10420‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                             gggatcggtcgggtcggtggggtctgtcgggtccgtgGGTTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                         <  2:508319/100‑1 (MQ=11)
                                                             gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                         >  2:395109/2‑101 (MQ=11)
                                                             ggcatccgtcgggtccgtgggttcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                         <  2:3362098/98‑1 (MQ=11)
                                                             ggagtcggtcggtttcgtggggtccgtcgggtccgggggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                         <  2:1431435/97‑1 (MQ=14)
                                                             gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                         >  1:2066170‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                             gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                         <  1:537301‑M1/100‑9 (MQ=255)
                                                              ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                        <  1:1553295/101‑1 (MQ=11)
                                                              ggatcggccggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                        <  2:4547699/101‑1 (MQ=11)
                                                               gatcggtcgggtccggggggtccgtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                       <  1:335744/101‑1 (MQ=11)
                                                                atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                      >  1:3798115/1‑99 (MQ=11)
                                                                atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCCGATCCGTGGGAtcggtcggat                                      <  1:2647775/101‑3 (MQ=11)
                                                                  cggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    <  2:4288358/101‑1 (MQ=14)
                                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                   <  1:3095396/101‑1 (MQ=14)
                                                                     tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                 >  2:1923776‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                     tcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                 >  2:660527/1‑100 (MQ=11)
                                                                     tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                 >  2:4370969/1‑100 (MQ=11)
                                                                     gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                 >  1:4371261‑M2/2‑100 (MQ=255)
                                                                      cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGTCCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcggaaccgcgg                                >  1:3858599/1‑93 (MQ=11)
                                                                      cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                >  1:4502417‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                      cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCgcgg                                >  1:4149193/1‑98 (MQ=11)
                                                                      cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                >  1:2572288/1‑99 (MQ=11)
                                                                      cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                >  1:4081523/1‑99 (MQ=11)
                                                                       gggtccgtgggatcggtcgggcccgctgggtccgtcGGCGCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCCGTGCGGTGGGGTGGGCCGGGTGCGTGgg                               >  2:2372894/1‑101 (MQ=2)
                                                                        gatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtggca                              >  2:4625577/3‑97 (MQ=11)
                                                                          tccgttgcatcggtccggtgcgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                            <  2:1148564/101‑1 (MQ=11)
                                                                           ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                           <  1:3028825/101‑1 (MQ=11)
                                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcg                           <  1:960087‑M2/101‑8 (MQ=255)
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                                                                                                    atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt  >  2:4041780/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
TGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAT  >  NC_014034/221894‑222094

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG