Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,027 G→C 11.4% P210P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0270G→C11.4% 0.0 ‑0.9 0.01632P210P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (92/96):  ref base (645/776):  total (753/879)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.92e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1957 total aligned reads displayed.

CGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221927‑222127
                                                                                                    |                                                                                                    
tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                                      >  1:3394024‑M1/30‑101 (MQ=255)
  ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                                    >  1:3801581‑M1/28‑101 (MQ=255)
   ggggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                   <  2:4357590/100‑1 (MQ=255)
   gatgcgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                   >  1:2230926‑M1/27‑101 (MQ=255)
   gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  1:3708043‑M1/75‑1 (MQ=255)
    atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  <  1:1336111‑M1/76‑1 (MQ=255)
      gCGTCGGAGGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                <  1:859486/101‑1 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  1:1467774‑M1/22‑101 (MQ=255)
         gcgggtccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccgtg                                                                                             <  1:4261977/94‑2 (MQ=11)
          ggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  1:4354485‑M1/20‑101 (MQ=255)
           ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcgg                                                                                           >  1:497183/1‑101 (MQ=255)
               gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGATcg                                                                                       >  2:2968869/1‑100 (MQ=255)
                cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                      <  1:2683422/101‑1 (MQ=255)
                    gggtccggctgatgggtggggtccgtggggtcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                  <  1:949254/91‑1 (MQ=11)
                        tcgtgggatcggtcgggcccgtggcatcggtcgggcccgtgGCATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcc                                                                              <  2:2816303/96‑2 (MQ=11)
                        gggtcggATGGGTGGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:3029638/100‑1 (MQ=255)
                        ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:3126734‑M1/96‑1 (MQ=255)
                         cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                             >  1:3131965‑M1/5‑101 (MQ=255)
                          gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                            <  1:4528735‑M1/98‑1 (MQ=255)
                           tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                           >  1:441898‑M1/3‑101 (MQ=255)
                           tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           >  2:10420‑M1/3‑101 (MQ=255)
                           tagagtcggtcggatcgttgggatcggtcgtgttcgtggtgTCGGGCTGATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgttc                                                                           <  2:584171/96‑1 (MQ=2)
                           gggtatcggtggcttccgtgtgatcggtcggttccgtgggATCGGTCGTTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           <  2:2434244/97‑1 (MQ=11)
                           gcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                                           <  1:2105205/100‑1 (MQ=11)
                            cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTACACTCGGTCGGGGCCGTGGGATGGGTCGGGTCAGTTGGAtcggtcg                                                                          >  2:746382/1‑101 (MQ=11)
                             ggatgggtcgggtccgtcggatcgctcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  2:2725756/101‑1 (MQ=14)
                             ggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGCCGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGCGCCGTGGGAtcggtagg                                                                         >  2:1732876/1‑101 (MQ=11)
                             ggatcggccggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  2:4547699/101‑1 (MQ=11)
                             ggagcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  1:1184687/101‑1 (MQ=11)
                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATGTGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                        >  1:4004923/1‑101 (MQ=14)
                               atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                                       >  1:1653854/1‑99 (MQ=11)
                                tccgtcgggtccgtgggatcggtcgcgtccgcgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                      <  2:1826932/98‑1 (MQ=11)
                                 cggtcggttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                     <  2:1575920/101‑1 (MQ=11)
                                  ggttgggggcgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    <  2:2118793/92‑1 (MQ=11)
                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgcggccCGTCGGATCCGTGGGATCGGTAGGATCCGTGGGATTGGTCGGATTGGTGGGTTGGGTCGGGTCCg                                                                    >  1:2621752/1‑101 (MQ=14)
                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    <  2:4098349/101‑1 (MQ=11)
                                  cggcgggtccgtgggatcggtcggggccgtcggatcggtGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    <  2:4182386/98‑1 (MQ=11)
                                   gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTcggg                                                                   >  2:441861/1‑98 (MQ=11)
                                      gggtccgtgggctcggtcgggtccgtggggtcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                >  2:2185914‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                <  2:2677862/101‑1 (MQ=11)
                                      ggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGATCGGGGGGGTCCGTGgg                                                                >  2:3693210/4‑101 (MQ=11)
                                      ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggTTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGCGGTCCGTCGGACCCTTGGGACCGGTCGGATCCGTGgg                                                                >  1:794657/4‑101 (MQ=11)
                                      ggatccgtgggatcggtcggatccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                <  2:3816393/98‑1 (MQ=11)
                                         tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                             >  1:3468339‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                         tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGCAtc                                                             <  2:3955194/101‑1 (MQ=11)
                                         tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                             <  2:836456/101‑1 (MQ=11)
                                          ccggggcatcggtcttgcccgttgggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                            <  2:2351254/101‑1 (MQ=11)
                                            gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                          >  1:3643432‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                            gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggg                                                          >  2:3896356/1‑100 (MQ=11)
                                            gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          >  1:2815577/1‑101 (MQ=11)
                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtc                                                         >  1:2336389‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcgggtccgtcgggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:2889614/101‑1 (MQ=11)
                                             tgggaccgggtgggtcggtcggatctgtctgGTCCGTGAGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:1719247/101‑1 (MQ=11)
                                                 atcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTTCGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggat                                                     >  1:4150929‑M2/1‑87 (MQ=255)
                                                   cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                   >  1:3867011/1‑101 (MQ=14)
                                                     gtgtgatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtcggatccgt                                                 <  1:4626990/95‑1 (MQ=11)
                                                     gtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                 <  1:3936528/101‑1 (MQ=14)
                                                      tcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtc                                                <  1:125622/101‑1 (MQ=11)
                                                       cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGTGCGgtcgggcccgtgg                                               >  2:3636970/1‑99 (MQ=11)
                                                        gggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                              >  2:3435741‑M2/1‑80 (MQ=255)
                                                        gggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtgggatccgtggg                                              >  2:3342603/1‑101 (MQ=11)
                                                        gggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcgggtccggggg                                              <  2:1257511‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                        ggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                              <  2:3283357‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                         gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtcggtgggg                                             >  2:1463039/3‑101 (MQ=11)
                                                         gatccgtaggatgggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                             <  1:1003866/99‑1 (MQ=11)
                                                          gtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggcg                                            <  2:1972797‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                                           tccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtc                                           <  1:2740636‑M2/101‑25 (MQ=255)
                                                             cgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtccg                                         <  2:518522‑M2/101‑27 (MQ=255)
                                                                gggctcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                      <  1:201320/101‑1 (MQ=11)
                                                                 ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                     >  2:2264653‑M2/1‑71 (MQ=255)
                                                                 ggacccctgcgATCCTTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                                     <  2:654023/91‑1 (MQ=1)
                                                                  ggtccgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggg                                    <  1:1084193‑M2/99‑32 (MQ=255)
                                                                  ggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGCGGGa                                    >  1:2499852/6‑101 (MQ=11)
                                                                  gatcgggcggATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGTATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGa                                    <  2:2604901/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                 <  1:706315/96‑1 (MQ=14)
                                                                      ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                >  2:2522445/1‑101 (MQ=11)
                                                                      ggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                >  1:2967106/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                 cGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg     <  2:4030125/101‑1 (MQ=17)
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                                                                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg    >  1:3216504/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                    gggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg  <  1:3300458‑M2/101‑66 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221927‑222127

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG