Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,048 A→G 2.1% D203D (GAT→GAC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0480A→G 2.1% 44.0 ‑1.2 ‑0.81483D203D (GAT→GACRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (11/23):  ref base (609/837):  total (623/860)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.94e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.42e-01

Only 100 of 1935 total aligned reads displayed.

GCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGAC  >  NC_014034/221948‑222148
                                                                                                    |                                                                                                     
ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                       <  1:635630‑M1/93‑1 (MQ=255)
 gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                      >  2:2104035‑M1/8‑101 (MQ=255)
 gtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                      <  1:2118693/94‑1 (MQ=11)
  tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                     >  1:899814‑M1/7‑101 (MQ=255)
   ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                    >  2:3012361‑M1/6‑101 (MQ=255)
    cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATTGGTCGGATCCGGGGGagagg                                                                                                   >  2:615763/5‑97 (MQ=11)
    cgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                                   >  2:4397286‑M1/5‑101 (MQ=255)
    cgtcggGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                                                                   <  1:1964529/100‑1 (MQ=11)
     gtcgagaccctcggatcggtcggatcggtggggtcggtcgggtccgTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTTCGTCGGAtcggt                                                                                                  <  1:2530837/91‑1 (MQ=14)
      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                 >  2:3238669‑M1/3‑101 (MQ=255)
      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                 >  1:2187494‑M1/3‑101 (MQ=255)
      gcggATCGGTTGGGGCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                 <  2:2184309/100‑1 (MQ=11)
       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtcggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                <  1:236250/100‑1 (MQ=11)
       cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                                                                                                <  1:1327296/101‑1 (MQ=11)
        ggctccgtcgggtccgtcggatccgtcgggtccgtgggttcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                               <  2:3329374/95‑1 (MQ=11)
        ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGGtcggatgg                                                                                               >  2:1196290/1‑97 (MQ=11)
        ggagcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                               <  1:1184687/101‑1 (MQ=11)
        ggaacggccggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTGGGGGCCGGGGGGGCCGCCGGATCCGGGGGATCGGCCGGATCCGTGGGTtcggtcgg                                                                                               >  2:3948389/1‑101 (MQ=2)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                            <  1:3495103/101‑1 (MQ=11)
             ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCGGTCGGATCCGGGGGAgtggtcggatacg                                                                                          >  2:4209191/1‑96 (MQ=14)
             ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                          >  1:731980/1‑101 (MQ=11)
             ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                          >  1:1799815/1‑101 (MQ=11)
                cgggtccgtgggctcggtctggcgcgtcggctcggtCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                       <  2:4148905/101‑3 (MQ=11)
                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                      >  1:3422777‑M2/1‑98 (MQ=255)
                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                      <  1:3736979‑M2/101‑4 (MQ=255)
                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCCTGGGCTCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                      >  1:3319808/1‑101 (MQ=11)
                 ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                      >  2:2034314/4‑101 (MQ=11)
                 ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                      >  2:2783264/4‑101 (MQ=11)
                   gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAt                                                                                    >  2:2338885/1‑101 (MQ=11)
                    tgcgtgggaccggtcgcgtccctcggaccggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                   <  2:2474606/99‑1 (MQ=11)
                    gccgtggggtacgtgggatgcgtgggaacggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                   <  1:4447595/100‑1 (MQ=11)
                    gccgtgggatcgggcgggtccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                   <  1:2623748/100‑1 (MQ=11)
                     tcgtgggatcggtctggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                  <  2:2657142/100‑1 (MQ=11)
                     ccgggggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                  <  2:4308974/101‑1 (MQ=11)
                      cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                 <  1:3925535‑M2/101‑9 (MQ=255)
                      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                 <  1:3660596‑M2/101‑9 (MQ=255)
                      cggaggttcggtcgggtcggtcgggtcggtcggGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                 <  2:3620138/94‑1 (MQ=11)
                       gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                <  2:2409909/101‑1 (MQ=14)
                        tgggatcggtcgggtccgtcgggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                               <  1:2889614/101‑1 (MQ=11)
                         gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtgg                                                                              >  2:3502910/1‑99 (MQ=11)
                          ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                             >  1:2438239‑M2/1‑89 (MQ=255)
                          ggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGAGATCGGCCGGGTCCGTGGGAgcggccgg                                                                             >  2:3686392/1‑101 (MQ=14)
                             tcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                          <  2:284395/101‑1 (MQ=11)
                              cgggcggctccggaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtcc                                                                         <  2:1848073/101‑1 (MQ=11)
                                 tcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTACGTGGGAGCGgtcggggccgtg                                                                      >  2:1735947/1‑100 (MQ=11)
                                   gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGGCGGTGGGGTCGgtcgggtccgggtg                                                                    >  2:2714472/1‑97 (MQ=11)
                                   gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTAGGTCGGGCCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                    >  1:3971322/1‑101 (MQ=11)
                                   ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                    >  1:3034834/4‑101 (MQ=11)
                                    gatccgtaggatgggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                                                   <  1:1003866/99‑1 (MQ=11)
                                    gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgccggg                                                                   >  2:4587036/3‑101 (MQ=11)
                                     gtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                  <  1:2689583‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                     atccgtaggtgcggtcggGTCCGTAGTATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggt                                                                  <  2:1466833/100‑1 (MQ=11)
                                       ccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtc.c                                                               >  1:2753295/1‑101 (MQ=14)
                                        cgtggggtccgtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtc.cg                                                              <  2:538710/101‑1 (MQ=11)
                                          tgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTg                                                            >  2:481655/1‑101 (MQ=14)
                                          tgggagcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatc.ggtc                                                            <  2:1354084/101‑2 (MQ=11)
                                            gggtcggtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.GGTggg                                                          <  2:1267017/98‑1 (MQ=11)
                                            ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatgggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                           <  2:3426635‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                              gtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATAGGTCGGGTCCGTCGGGCT.CGTGGGAt                                                        >  2:722339/8‑101 (MQ=11)
                                              atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGGGGGGGCCGTCGGGTC.CGTgggcc                                                        >  1:4182674/1‑99 (MQ=14)
                                              atcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.CGTggggt                                                        >  1:2823377/1‑99 (MQ=11)
                                                ccgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                       <  1:2031803‑M2/99‑35 (MQ=255)
                                                 ggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGAtcgg                                                     >  1:2967106/1‑101 (MQ=11)
                                                 ggtcggATCCGTGTGATCGGTCGGGTCCTTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                      >  1:983917‑M2/1‑66 (MQ=255)
                                                  gtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGAtcggt                                                    <  1:1731346/98‑1 (MQ=14)
                                                    cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTC.CGTCGGAtccgggg                                                  >  1:4288646/1‑96 (MQ=11)
                                                      gATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCCGGGTCGCGTggagacgtcggc                                                 >  2:3174083/1‑91 (MQ=11)
                                                        gccGTGGGGTCCGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.GGTGGGATCCGTGGGATc                                              <  2:4489470/100‑1 (MQ=11)
                                                         ccGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                              <  2:2248259‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                         ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGCC.CGTGGGAGCGGCCGGGTcc                                             >  2:2916046/1‑101 (MQ=11)
                                                           gtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                           >  1:1560786/4‑101 (MQ=17)
                                                           gTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGGTGCGTGGGATC.GGGGGGGTGGGTGGGacaggg                                           >  2:1583326/1‑96 (MQ=0)
                                                            nggngtcggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                          <  1:4103683/96‑1 (MQ=14)
                                                              ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTC.CGTGGGCTCGGACGGGTCCGTtgg                                        >  2:3890946/1‑101 (MQ=11)
                                                              ggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                        >  1:4378585/1‑101 (MQ=14)
                                                               gagaggtcggGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATTGTTCGGGTTCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                       <  1:3845479/97‑1 (MQ=11)
                                                               gATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgga                                        <  1:4547994‑M2/101‑50 (MQ=255)
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                                                                                               gTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGGGGGAtcggt       >  1:1254336/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                  ggatcggtcgtgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg     >  2:924451‑M2/1‑17 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                     
GCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGAC  >  NC_014034/221948‑222148

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG