Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,054 C→G 0.9% P201P (CCG→CCC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0540C→G 0.9% 7.2 0.0 ‑0.01256P201P (CCG→CCCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/9):  ref base (527/712):  total (535/721)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.95e-01

Only 100 of 1879 total aligned reads displayed.

TCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGT  >  NC_014034/221954‑222154
                                                                                                    |                                                                                                    
ggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                      >  1:2998140‑M1/3‑101 (MQ=255)
 ttgatcggtcgtacacgtgggatccgtcgcgtccgtggGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     <  2:3770413/99‑1 (MQ=11)
 gGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  1:455704‑M1/2‑101 (MQ=255)
 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  2:2753097‑M1/2‑101 (MQ=255)
 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     <  1:2480023‑M1/100‑1 (MQ=255)
 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  1:2066170‑M1/2‑101 (MQ=255)
  ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                    >  1:4451523/1‑101 (MQ=11)
  ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                    <  2:1585429/101‑1 (MQ=11)
  ggaacggccggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTGGGGGCCGGGGGGGCCGCCGGATCCGGGGGATCGGCCGGATCCGTGGGTtcggtcgg                                                                                                    >  2:3948389/1‑101 (MQ=2)
    atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGGTCGGTCGGGGCGGTGGGGTCGTTCtggg                                                                                                  >  2:4019025/1‑100 (MQ=11)
      cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGcc                                                                                                >  2:1657380/1‑101 (MQ=11)
       ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                               >  2:2611814/1‑101 (MQ=11)
       gggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                               <  1:3860295/98‑1 (MQ=11)
        gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTcggg                                                                                              >  2:441861/1‑98 (MQ=11)
         tggggtccgtgggatcgggcgggtccgtcggatcggtgGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                             <  2:4345865/99‑2 (MQ=11)
         tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGCTcaggg                                                                                             >  2:848481/1‑97 (MQ=14)
          cgggtcggtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtCCGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                            <  1:3990770/101‑3 (MQ=11)
           gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGgg                                                                                           >  2:1868266/1‑101 (MQ=11)
             gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                         >  2:3475470‑M2/1‑96 (MQ=255)
             gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGACGGGGCCGTGGGAt                                                                                         >  2:3879893/1‑101 (MQ=14)
             gtccgtgggagcggtcgggtccgtgggagcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                         >  1:1765620‑M2/1‑96 (MQ=255)
             atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggat                                                                                         >  1:824563‑M2/2‑96 (MQ=255)
             atccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                         >  1:2716335/2‑101 (MQ=11)
              tccgggggatcgggcgggtccgggggatcggtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                        <  1:4209479/101‑1 (MQ=14)
              ggcgtgggatgggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                        <  1:3682748/99‑1 (MQ=11)
               ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                       >  1:11739‑M2/1‑94 (MQ=255)
                  tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGAtgcggg                                                                                    >  2:2982680/1‑96 (MQ=11)
                   gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGtcggtgg                                                                                   >  2:3415217/1‑99 (MQ=11)
                   gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGTTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgggcg                                                                                   >  2:4150676/1‑101 (MQ=14)
                   gggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtgg                                                                                   >  2:2288897/1‑99 (MQ=11)
                    ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                                  >  1:2583395‑M2/1‑89 (MQ=255)
                    ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGGCGGTGGGAtcggtcgg                                                                                  >  1:4298041/1‑101 (MQ=11)
                       tcggtcgggtccgtggaatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                               <  1:4075399‑M2/101‑16 (MQ=255)
                        cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                              <  2:3053704/101‑1 (MQ=255)
                         ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtggggtacg                                                                             >  2:2821684/1‑101 (MQ=11)
                          gtcgactacgtggaataggtcggAGGCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGAGATCCGTCGTAACCGTGGGATCGgtcggatccgt                                                                            <  2:617351/93‑1 (MQ=0)
                           tcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTACGTGGGAGCGgtcggggccgtg                                                                           >  2:1735947/1‑100 (MQ=11)
                           tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTAGGATCGgtcgggtccgca                                                                           >  2:1185027/1‑99 (MQ=255)
                            cgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                                          <  1:4142196‑M2/101‑21 (MQ=255)
                            cgagtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGCTCGGCCGGGTCCGTGGGCTCGgtcgggtccgtgg                                                                          >  1:2655853/4‑99 (MQ=11)
                             gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                         <  2:3223194‑M2/101‑22 (MQ=255)
                              ggtccgttcgatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgga                                                                        <  2:2127917/101‑2 (MQ=11)
                              gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgga                                                                        >  2:4238997/3‑100 (MQ=255)
                              gatccgtaggatgggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                                                        <  1:1003866/99‑1 (MQ=11)
                              gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgccggg                                                                        >  2:4587036/3‑101 (MQ=11)
                               gtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                       >  2:1272040‑M2/1‑78 (MQ=255)
                                 ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGCTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                     <  2:4500952‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                 ccgtaggatcagtcggGTGTGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGTTCAGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                                     <  1:4643572/101‑1 (MQ=11)
                                  cgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                    <  2:3155331‑M2/101‑27 (MQ=255)
                                   gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                   >  2:2211451/1‑101 (MQ=14)
                                   gtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggatccgt                                                                   >  1:3194434/1‑101 (MQ=11)
                                    ttggagcggtccgGTCCGTGGGGTCGGTCCGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                  <  2:3666910/99‑2 (MQ=11)
                                     ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGCATCGgttgcatccgcggggtcgtgcg                                                                 >  1:2166368/1‑96 (MQ=0)
                                       ggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                               <  2:2896088/93‑1 (MQ=14)
                                        gtccgtgggATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                              <  1:1994970/94‑1 (MQ=17)
                                         gccgtgggATCTGTCCGATCCGTTGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             <  2:553149/95‑1 (MQ=14)
                                          cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                            >  1:659573‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                          cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgggtca                                                            <  1:1431530‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                           ggtcggATCCGTGTGATCGGTCGGGTCCTTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                           >  1:983917‑M2/1‑66 (MQ=255)
                                             tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGGGGGGtcggtc                                                         >  2:2685974/1‑101 (MQ=14)
                                               gggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                       <  1:2231590/98‑1 (MQ=11)
                                               gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                       >  1:1684105/4‑101 (MQ=14)
                                               ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                       >  2:4089403‑M2/1‑62 (MQ=255)
                                                 gtcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                     >  1:1321155‑M2/2‑60 (MQ=255)
                                                 gtcCGTGGGATCGGTCCGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                     >  2:1356802‑M2/2‑60 (MQ=255)
                                                   cggTGGGATCCGTGGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                   <  1:2776606/99‑1 (MQ=18)
                                                      taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                >  1:726659/3‑100 (MQ=14)
                                                        ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                              <  1:53311‑M2/101‑49 (MQ=255)
                                                           tccgcggggTCGGGGGGCTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                           <  1:2925101/95‑1 (MQ=18)
                                                            cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                          <  2:483292/101‑1 (MQ=14)
                                                            ccgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                          <  2:2362492/96‑1 (MQ=255)
                                                             ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                         <  2:2441830‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                ggggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                      >  1:904153‑M2/2‑45 (MQ=255)
                                                                ggggTCCTTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCTTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                      <  2:1089247/100‑1 (MQ=18)
                                                                cggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                                      >  1:3447050/1‑101 (MQ=17)
                                                                cggATCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                      >  1:3518898‑M2/1‑45 (MQ=255)
                                                                 gggTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                     >  2:1493871‑M2/1‑44 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGT  >  NC_014034/221954‑222154

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG