Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 681,593 | C→T | 2.3% | A672T (GCT→ACT) | RCAP_rcc00630 ← | ice nucleation protein repeat family protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_014034 | 681,593 | 0 | C→T | 2.3% | 2.4 ‑0.5 ‑0.1 | 173 | A672T (GCT→ACT) | RCAP_rcc00630 | ice nucleation protein repeat family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/1): ref base (96/73): total (99/74) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.36e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.68e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAGC > NC_014034/681493‑681693
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aGCCCAGCCGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGTCACCGTCGCCGAAGcc < 2:1190596/101‑1 (MQ=255)
aGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGcc > 2:2520217/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCa > 1:4521414/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCAACGGTGCCAAAGCCGCGGATTGCTGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCa > 1:3989073/1‑101 (MQ=255)
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ccAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgc > 2:1883472/1‑101 (MQ=255)
ccAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgc < 1:2337569/101‑1 (MQ=255)
aGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgcgc > 2:2181343/1‑101 (MQ=255)
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gACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgcc > 1:3471400/1‑101 (MQ=255)
ccgcgCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgccg < 2:424728/100‑1 (MQ=255)
aCGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgccg < 1:418095/101‑1 (MQ=255)
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ccTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTgc > 2:596007/1‑101 (MQ=37)
cTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgcg > 1:339343/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGcc < 2:3879537/101‑1 (MQ=255)
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cgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCa < 1:2981997/101‑1 (MQ=255)
gtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAg > 2:1328006/1‑101 (MQ=255)
gtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAg > 2:3611504/1‑101 (MQ=255)
tcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgc < 1:678275/101‑1 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 1:2080701/1‑101 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 2:1023701/1‑101 (MQ=255)
aGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcgc > 1:1005434/1‑101 (MQ=255)
cgcCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccg > 2:4397808/1‑101 (MQ=255)
ccccACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccg < 1:883841/99‑1 (MQ=255)
ccACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgcc > 2:3977187/1‑101 (MQ=255)
ccACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgcc > 1:2811131/1‑101 (MQ=255)
ccACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgcc < 2:3226469/101‑1 (MQ=255)
aCGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgccgc > 1:4598540/1‑101 (MQ=255)
cGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCgccgccgcc < 2:458640/101‑1 (MQ=255)
cGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCgccgccgcc > 1:2910457/1‑101 (MQ=255)
cATCGGTGCAAAACCGGCGGGTCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAcc < 2:1769797/101‑1 (MQ=37)
ttCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCg < 2:2890795/100‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg < 2:2072426/101‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg > 2:2255771/1‑101 (MQ=255)
cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg > 1:2563994/1‑101 (MQ=255)
ggTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGc > 2:3649712/1‑101 (MQ=255)
gCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCaa > 1:1815900/1‑101 (MQ=255)
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aaGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGccc < 1:3343873/101‑1 (MQ=255)
aaGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGccc > 2:3410692/1‑101 (MQ=255)
aGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCg < 1:3852501/101‑1 (MQ=255)
aGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCg > 2:1449248/1‑101 (MQ=255)
gCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCgg < 2:4192798/101‑1 (MQ=255)
gCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCgg < 1:288188/101‑1 (MQ=255)
ccGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGc > 2:1526876/1‑101 (MQ=255)
cgcgGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGcc > 1:4136544/1‑101 (MQ=255)
gcgGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCa < 1:2761611/101‑1 (MQ=255)
ggATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCCCCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAcc < 1:1483706/101‑1 (MQ=255)
ggATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAcc > 1:776805/1‑101 (MQ=255)
gATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCg > 2:1638509/1‑101 (MQ=255)
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cgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGc > 1:183340/1‑101 (MQ=255)
cgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGc < 2:3471142/101‑1 (MQ=255)
cgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGACGCCTGCACCGATCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGc > 2:768827/1‑101 (MQ=255)
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tGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgag > 2:3697236/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgaga > 1:2273336/1‑101 (MQ=255)
gCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCCAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCCCCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgaga < 2:2328373/101‑1 (MQ=255)
gCCCAGCACCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgaga > 2:3737557/1‑101 (MQ=255)
ccAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAgc < 1:3611772/101‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAgcg < 1:3649980/101‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAgcgc < 1:983521/101‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAgcgc > 2:115583/1‑101 (MQ=255)
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ccgccACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCg > 2:1819719/1‑101 (MQ=255)
cgccACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGa < 1:1270101/101‑1 (MQ=255)
gccACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGAc > 1:2152962/1‑101 (MQ=255)
gccACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGAc > 2:3524556/1‑101 (MQ=255)
ccACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGAcc < 1:3242083/101‑1 (MQ=255)
cACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGGGAGCGCGCCGACCt > 1:4028398/1‑101 (MQ=255)
aCCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTg < 1:3768763/101‑1 (MQ=255)
aCCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTg > 1:510826/1‑101 (MQ=255)
gTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATc < 1:1023784/101‑1 (MQ=255)
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tCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCg > 2:3171159/1‑101 (MQ=255)
tCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCg < 2:4553139/101‑1 (MQ=255)
gCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGt < 2:2239686/101‑1 (MQ=255)
cGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGc > 2:4327049/1‑101 (MQ=255)
cGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGc > 1:3705223/1‑101 (MQ=255)
cGAACCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGc < 1:4398100/101‑1 (MQ=255)
aaGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTc > 2:4016245/1‑101 (MQ=255)
gCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAg < 2:42222/101‑1 (MQ=255)
gCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAg < 1:1997451/101‑1 (MQ=255)
gCCACCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAg < 2:2114199/101‑1 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCCGc > 2:3799106/1‑101 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAGc > 1:4231961/1‑101 (MQ=255)
|
GAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGCGCGCCGACCTGATCGGTGCTCAGC > NC_014034/681493‑681693
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|