Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,985 G→A 12.5% D224D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9850G→A12.5% 162.5 ‑3.5 0.0550D224D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (25/44):  ref base (242/239):  total (267/283)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.93e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1543 total aligned reads displayed.

CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221885‑222087
                                                                                                    |                                                                                                      
  tcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggcc                                                                                                      <  1:1615692‑M1/32‑3 (MQ=255)
  tCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtc                                                                                                      >  1:3529101/1‑101 (MQ=255)
   gggttgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                     >  1:3995505‑M1/69‑101 (MQ=255)
    ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                    >  1:4228742/1‑101 (MQ=255)
     gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                   >  2:3328580/1‑101 (MQ=255)
        ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggggg                                                                                                <  2:2494217‑M1/38‑1 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              >  1:916498‑M1/62‑101 (MQ=255)
          gtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              <  2:3604871‑M1/40‑1 (MQ=255)
           ggggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                             <  2:3416810/99‑1 (MQ=255)
            tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                            <  2:2328442/101‑1 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                                                            <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                           <  1:1115876‑M1/43‑1 (MQ=255)
              gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggt                                                                                          <  2:631788‑M1/44‑1 (MQ=255)
               cttccgatctcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                         >  2:291534‑M1/57‑101 (MQ=255)
                   atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                     <  1:1516481‑M1/49‑3 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                                                                                  <  1:3361774‑M1/52‑1 (MQ=255)
                      ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                  <  2:56062‑M1/52‑1 (MQ=255)
                      cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                  >  1:4322777/1‑101 (MQ=255)
                       gtcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                 >  1:2299270‑M1/49‑101 (MQ=255)
                       gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                                                 <  2:2669032‑M1/53‑2 (MQ=255)
                       gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaacggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                 >  1:3815086‑M1/49‑101 (MQ=255)
                        ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                >  2:3874188/1‑101 (MQ=255)
                              ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                                                                          >  1:2112108‑M1/42‑97 (MQ=255)
                                gtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggt                                                                        <  2:3119689‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                      >  2:4228481‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                        gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                <  2:4059339/101‑1 (MQ=255)
                                          tggggtctgtgggatcggtcgggtcggtgGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                              >  1:584891‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                           cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                             <  1:3445648‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                            gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTggg                                                            <  2:3691794‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                              atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                          <  2:1919591‑M1/76‑3 (MQ=255)
                                               tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCcgtggggga                                                         <  1:3289506‑M1/77‑4 (MQ=255)
                                               tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                         >  1:3950777‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                tggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcc                                                        <  1:4118884/99‑2 (MQ=11)
                                                gCGTCGGATGCGTGTGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                        <  2:3265993/101‑1 (MQ=255)
                                                gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                        <  1:2234615/101‑1 (MQ=255)
                                                cggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcc                                                        >  1:510706/3‑100 (MQ=11)
                                                ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                        >  1:1439793‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                 cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                       <  1:4434320‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                 cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                       <  2:945697‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                     <  1:980408‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                       atccGTGGGAACGGTCGGGTCCGTCGGGTCATTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgggt                                                 <  2:349534/98‑3 (MQ=1)
                                                        tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                >  2:1034967‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                          ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                              <  1:2940277‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                           gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                             <  1:3153483‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                           gTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTTGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                             <  2:704922/101‑1 (MQ=11)
                                                             cgtgtccgtccgATCGGTCGGCTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                           <  2:4311998/94‑1 (MQ=11)
                                                               ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                         <  1:2352430‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                               gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTCCGTCGGa                                         >  1:1784224/3‑101 (MQ=1)
                                                               gatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                         >  2:2278853‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                                gtcggtcggGTCCGTCGGATCCGGGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                        <  2:1101138/100‑1 (MQ=11)
                                                                gtccgtggggtcggtcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                        <  2:2563404/91‑1 (MQ=11)
                                                                 gccgccggATCTGTCGGGTCCGTGGGACCGGTACGGTCCGTTGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                       <  2:3942505/96‑1 (MQ=11)
                                                                   cgtggtatcggtcgggtccgtgggatcggtcgagtccgtgggGGCCGTCGGATGCGTTGGATCGGTCGGAGCCCTGGGATCAGTCCGATCCGCGGGAtcgt                                     >  1:307578/7‑100 (MQ=2)
                                                                   cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtccgtggggtccg                                     <  1:1312118‑M1/97‑6 (MQ=255)
                                                                    gtggggtccgtcaggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCGGGAGCCGTGGGAtcggc                                    >  1:2418537/10‑100 (MQ=11)
                                                                    ggcggATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                    <  1:3217596/99‑1 (MQ=255)
                                                                    cgcgggttggtcgggtcccgtggaacggtcggctccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                    <  2:1326639/93‑1 (MQ=11)
                                                                     tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTGGGGGCCGTGGGAtcgggg                                   >  2:1999071/9‑99 (MQ=11)
                                                                     tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                   <  2:3993080‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCGGTGGGGTCGGGCGGATGCGGGGGGtcgggcg                                  >  2:803499/2‑101 (MQ=11)
                                                                      gGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                  >  2:2745194‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                         atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCGGTGCGGTCCGTGGGAtccgtcggct                               >  1:2690905/1‑99 (MQ=11)
                                                                          gccgtcgggttcgtcggactcgtcggggcccgcggatcgGGCGGGTCCGTGGGATCGGTTGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                              <  2:1463511/98‑1 (MQ=2)
                                                                           cggtcgtggccgtgggatcggtcgggttcgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                             <  2:2166637/101‑1 (MQ=14)
                                                                           cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                             <  1:682210/101‑1 (MQ=14)
                                                                             gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                           >  2:1842659/1‑101 (MQ=11)
                                                                              tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                          <  1:3878177/101‑2 (MQ=11)
                                                                              gtgggtccgtgggatcggtcgggtgcgtggggtccttcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                          <  1:1957902/99‑2 (MQ=11)
                                                                               tgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                         >  1:2506151‑M2/2‑99 (MQ=255)
                                                                               cgggtcctggtgatccgtcggggccgcgggaccggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                         <  2:2418380/101‑3 (MQ=1)
                                                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                         <  2:1269919‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                               cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGGGGGATCCGtgg                         >  1:1004321/1‑99 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGCGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                        <  2:2836863/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                       >  2:4384852/1‑101 (MQ=11)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                       >  2:3778892‑M2/1‑97 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                      
CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221885‑222087

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG