Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,991 G→C 6.1% P222P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9910G→C 6.1% 59.1 ‑1.0 ‑0.0544P222P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (19/14):  ref base (246/262):  total (265/279)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.70e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.71e-01

Only 100 of 1601 total aligned reads displayed.

TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091
                                                                                                    |                                                                                                    
tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                      >  2:3148172/1‑101 (MQ=255)
tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                      <  1:2484705‑M1/36‑1 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                                 >  2:327985‑M1/61‑101 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                                 >  2:221156‑M1/61‑101 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                                                                <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                >  1:2641719‑M1/60‑101 (MQ=255)
       cttgggatcgctcggatccgtgggatcggtcgcgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                               >  2:1296623‑M1/59‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgt                                                                                              <  1:877149‑M1/44‑7 (MQ=255)
        gtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                              <  1:3523987‑M1/44‑1 (MQ=255)
         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                             >  2:1147160‑M1/57‑101 (MQ=255)
         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                             >  1:803581‑M1/57‑101 (MQ=255)
           aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                           >  2:3802314/1‑101 (MQ=255)
             cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                                                                         >  2:3217367/1‑101 (MQ=255)
              tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                                                        >  1:2107359‑M1/52‑98 (MQ=255)
               cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                       >  1:3353720‑M1/51‑101 (MQ=255)
                cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGCTCCg                                                                                      >  1:440372/1‑101 (MQ=255)
                 gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaacggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                     >  1:3815086‑M1/49‑101 (MQ=255)
                     ggtccgtgtggtcggtcgggtccgtgggaccggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 >  2:1009113‑M1/45‑101 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtttgttccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  1:2337173‑M1/43‑101 (MQ=255)
                            gggatcggtcggatccgtgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          >  2:731549‑M1/38‑101 (MQ=255)
                               aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                       <  1:1586585/101‑1 (MQ=255)
                                tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                      >  2:4116470‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                 gggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     >  1:4012909‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                 cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     <  1:1209409‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                 cggtcggggccgtgggatcggtcgggtgcgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     >  1:221948‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    <  1:1348872‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    <  1:476525‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                    tgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                  >  1:3216202‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                    tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTccggg                                                                  <  2:1239703‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                     ggTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtcg                                                                 >  2:3999026/1‑99 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                <  2:2103896‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                      ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                <  2:1562723‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                        gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                              >  2:641449‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                        gtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                              >  1:3458379‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                         ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             <  2:1344618/101‑1 (MQ=255)
                                         gcgggggggtGCGTGGGGTCGGTGGGATCCGGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtc                                                             <  1:3148561/92‑1 (MQ=11)
                                           cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                           >  1:2925269‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                            gggggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                          >  1:255698‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                             tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:1116024/101‑1 (MQ=255)
                                              cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                        >  1:2752178/1‑101 (MQ=255)
                                                gATCCGTGGGATCGGTGGGTTCCGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                      <  2:4422411/101‑2 (MQ=11)
                                                 atccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggtcgggt                                                     >  2:4072354/4‑99 (MQ=11)
                                                  tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                    >  1:1512934‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                  <  2:3349846‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                       cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                               <  2:1422164‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                        gggttcgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                              <  2:818666/92‑1 (MQ=11)
                                                          ttccgtgggatcggtcgggtccgttggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                            <  2:2619677/94‑1 (MQ=11)
                                                          gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                            <  2:4325670‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                           tccgtgGGATCGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                           <  1:646359‑M1/95‑1 (MQ=255)
                                                           tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                           >  1:1860153‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                           tccgtcggATCGGTGGGATCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           <  2:3650785/98‑1 (MQ=11)
                                                            cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                          >  1:3949812/1‑101 (MQ=11)
                                                            cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                          >  1:1430906/1‑101 (MQ=11)
                                                            cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                          >  2:3434638/1‑101 (MQ=255)
                                                              gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                                        <  2:3877923‑M1/98‑2 (MQ=255)
                                                               tgggggcaggcggggccgtgggatcggtcggatccgtgggagcggtGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       <  1:547868/91‑1 (MQ=14)
                                                                tggagcggtaggatccgtgggctcggtcggctccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                      <  2:1858944/100‑1 (MQ=11)
                                                                ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg                                      >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                                                                cggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAgcggggg                                      >  2:1075154/1‑98 (MQ=11)
                                                                 gggtcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                     <  1:1942736/98‑1 (MQ=14)
                                                                  gatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGACCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTTCGTGGGATCGGTCagg                                    >  2:243133/1‑101 (MQ=11)
                                                                   gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGt                                   >  1:4245885/5‑101 (MQ=14)
                                                                    tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTc                                  >  2:1649993/1‑101 (MQ=11)
                                                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggggggGCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTTGGGTGGGTGGGGTCCGCGTGGtcggaggcgga                                  >  2:3050566/1‑94 (MQ=0)
                                                                    tccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                  >  1:4089349/4‑101 (MQ=14)
                                                                     cggtcgggtccgcgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                 >  1:2019675/1‑101 (MQ=11)
                                                                      ggtcgggtccgtggtatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                <  2:1941487/101‑1 (MQ=14)
                                                                      ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                >  2:3943035/1‑101 (MQ=11)
                                                                      gggcgggtgcgtggggtctgtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                <  1:1765835/98‑1 (MQ=11)
                                                                      cgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGGTGCGTGGGATCGGGAGGGTCCg                                >  2:94349/2‑101 (MQ=11)
                                                                       gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                               <  1:4337715/101‑1 (MQ=11)
                                                                        tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                              >  2:423797‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                        tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                              <  1:3878177/101‑2 (MQ=11)
                                                                        gcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                              >  2:495898‑M2/2‑100 (MQ=255)
                                                                        gcggatccgggggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                              <  2:1783745/100‑2 (MQ=11)
                                                                         cgggtgggttggatcggtcggggccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                             <  2:2772329/101‑3 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG