Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,048 A→G 2.4% D203D (GAT→GAC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0480A→G 2.4% 50.8 ‑1.2 ‑1.41336D203D (GAT→GACRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (12/25):  ref base (539/759):  total (551/785)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.12e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.80e-02

Only 100 of 1759 total aligned reads displayed.

CTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGAC  >  NC_014034/221949‑222148
                                                                                                   |                                                                                                    
gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                     >  1:3634798‑M1/8‑101 (MQ=255)
   cgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                                                                  <  1:3141996/100‑1 (MQ=11)
    gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGtcggg                                                                                                 >  2:4250071/4‑100 (MQ=11)
     tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                >  2:2603267‑M1/3‑101 (MQ=255)
     gcgcataggtcggtcccctgggttccgccgagtgcggggcttcGGTCGAGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCCGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                <  2:3675387/94‑1 (MQ=2)
     gatgatcggtcgggtccgtgggatccgtcgggtctgtctGATCAGCGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                                                                <  2:1421449/98‑1 (MQ=11)
       gggtcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                              <  1:1942736/98‑1 (MQ=14)
       ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggccgg                                                                                              >  1:2509837/1‑101 (MQ=11)
        gatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGGCGGGTCCGGGGGATCGAGCggg                                                                                             >  2:2528472/1‑101 (MQ=11)
         gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                                                                                            <  2:3988733/100‑3 (MQ=11)
         atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCGGTGCGGTCCGTGGGAtccgtcggct                                                                                            >  1:2690905/1‑99 (MQ=11)
          tccgtcgcatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                           <  2:1004390/92‑1 (MQ=11)
           cggtcgggtccgcgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                          >  1:2019675/1‑101 (MQ=11)
            ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                         >  2:3943035/1‑101 (MQ=11)
            cgtcggggcggcgggctcgatcgggtctgttggctcgGGCGGGGTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                         <  1:326696/100‑1 (MQ=2)
            cgtcgggcccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                         <  2:3306880/100‑1 (MQ=14)
            cgtcggatccgtggggtccgtcgggtccgtggggtcgGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCTGTCGGATCGGGCGGGGCCg                                                                                         >  2:1906919/2‑101 (MQ=11)
              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                       >  1:2370228‑M2/1‑100 (MQ=255)
               gtgttccgtgggatcgggcgggtccggggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGGCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                      <  1:3888537/97‑3 (MQ=14)
               cgggtgggttggatcggtcggggccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                      <  2:2772329/101‑3 (MQ=11)
               cgggtcctggtgatccgtcggggccgcgggaccggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                      <  2:2418380/101‑3 (MQ=1)
               cgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                      >  1:1679246‑M2/1‑99 (MQ=255)
               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACgggcgcgtgg                                                                                      >  2:3172539/1‑94 (MQ=11)
               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgggtcggtGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCTGtgg                                                                                      <  2:3766932/101‑3 (MQ=11)
                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGAGGTGCGGTCGGGCCTGTAgg                                                                                     >  2:2251054/4‑101 (MQ=11)
                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtc                                                                                  >  1:129151‑M2/1‑95 (MQ=255)
                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                                  >  1:3990264‑M2/1‑95 (MQ=255)
                   tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                                  >  2:474261‑M2/1‑95 (MQ=255)
                     cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                <  1:2235577‑M2/101‑9 (MQ=255)
                      gtgggttctgtcgggcccgtgggatcggccggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                               <  2:4127018/101‑1 (MQ=11)
                      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggg                                                                               <  2:1139654‑M2/101‑10 (MQ=255)
                      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                               >  1:1351761/1‑101 (MQ=11)
                       tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtc                                                                              >  1:2593297/1‑101 (MQ=11)
                       tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCCGTACGGTCCGTGGGGtcggac                                                                              >  2:3402514/1‑99 (MQ=11)
                        gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                             <  1:583653‑M2/101‑12 (MQ=255)
                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                             <  1:1498729‑M2/101‑12 (MQ=255)
                          gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                           <  1:4170358‑M2/101‑14 (MQ=255)
                          gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                           <  2:164003‑M2/101‑14 (MQ=255)
                          gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggg                                                                  >  1:342811/1‑101 (MQ=11)
                          gatcggtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                           >  1:735768‑M2/1‑88 (MQ=255)
                           atcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggat                                                                          <  1:435797‑M2/101‑15 (MQ=255)
                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtcgggtcg                                                                        <  1:1570859‑M2/101‑17 (MQ=255)
                               gtcggatccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                      >  1:4270626/1‑101 (MQ=11)
                                tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                     >  1:2853147/1‑101 (MQ=255)
                                  ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                   <  1:4433937/98‑1 (MQ=255)
                                  cgtaccgtgggatctgtgggGCCCGTCGGGTGGTGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                                   <  2:1350833/97‑1 (MQ=2)
                                   gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTCGGATCGgtcggagccgtgggg                                                                  >  2:3253177/3‑101 (MQ=11)
                                    gtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                 <  1:3507950‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                    atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                 <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                        gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                             >  1:1820451‑M2/1‑74 (MQ=255)
                                         tgggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                            <  1:945782/101‑1 (MQ=14)
                                           ggatcggtcgtGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccggcgg                                                          <  2:2007070/101‑5 (MQ=11)
                                           ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTcgg                                                          >  1:3044360/1‑101 (MQ=11)
                                            ggtcgggcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGa                                                         <  1:334499/99‑1 (MQ=11)
                                            ggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCACGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgggg                                                         >  1:3737297/6‑100 (MQ=11)
                                            gatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCCGGGCCGTgggg                                                         >  2:3106460/1‑100 (MQ=11)
                                              tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                       <  2:3861452‑M2/101‑34 (MQ=255)
                                               cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggacgggtcg                                                      <  2:3011526‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                               cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                      <  1:2760080‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                               cagtgcgATGCGTCGGCTCCGTAGGATGCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGAtcg                                                      <  2:2153613/95‑1 (MQ=17)
                                                ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                     >  2:3585713/1‑99 (MQ=11)
                                                 gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGGACGTCGGGTCGGCGGGGtccct                                                    >  2:1551423/1‑98 (MQ=2)
                                                 gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgc                                                    <  1:818748‑M2/101‑37 (MQ=255)
                                                  tgggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtagggtccgtg                                                   <  2:2319248‑M2/99‑38 (MQ=255)
                                                  tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                   <  2:2704937/101‑1 (MQ=11)
                                                   cggATCCGACCGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                  <  1:3951593/101‑1 (MQ=17)
                                                    gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                 >  1:4103805/4‑101 (MQ=14)
                                                     ggtgggTGGGGTCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                <  1:664778/96‑1 (MQ=11)
                                                      aTCCGTGGGATCTGTCAGTTCCGTGGGATCGGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                               <  1:1759290/101‑1 (MQ=11)
                                                         ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                            >  1:1061773/5‑101 (MQ=17)
                                                          gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                           <  1:1422271/98‑1 (MQ=14)
                                                            tggATAGGTAGGGTCCCTTGGCTCGTTCGGGTCGGAGGGATCGGGCGGGTGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                         <  2:1790511/100‑1 (MQ=9)
                                                               aTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCAGGTCCGTGGGAt                                      <  1:2429005/101‑1 (MQ=14)
                                                                 cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                    <  2:2866006‑M2/101‑53 (MQ=255)
                                                                  ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCCTGGGAacgg                                   >  1:876502/1‑101 (MQ=14)
                                                                  ggtcggGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccg                                   <  2:4364531‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                   gtcggGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                  >  2:3483409‑M2/1‑47 (MQ=255)
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                                                                                                   |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG