Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,057 G→A 13.8% D200D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0570G→A13.8% 0.0 ‑0.1 0.01158D200D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (66/94):  ref base (416/580):  total (483/675)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.31e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1618 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157
                                                                                                    |                                                                                                    
 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGt                                                                                                     >  1:1185771/1‑101 (MQ=11)
  tccgtcgcatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                                    <  2:1004390/92‑1 (MQ=11)
   cggtcgtttgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                   <  2:3510910/101‑1 (MQ=11)
   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGGTCGGTGGGGTcc                                                                                                   >  2:77427/1‑101 (MQ=14)
   cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                   <  1:3081528/101‑1 (MQ=14)
    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGGGGGAGCGGTCGGGtggg                                                                                                  >  2:3737254/1‑98 (MQ=11)
     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGTTAGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGCCCgg                                                                                                 >  2:1051003/1‑100 (MQ=11)
     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGCGCGGGCgggggcgt                                                                                                 >  1:787776/1‑96 (MQ=14)
      tcgggttcgtgggatcgttcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                                                <  1:3687848/101‑2 (MQ=11)
      tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                                <  1:255270/101‑2 (MQ=11)
       cgggaccgtgggatgggtcgggtccgtgaggtcggtCCGATACGTGAGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                               <  2:4243589/101‑3 (MQ=11)
       cggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                                               <  1:953513/101‑3 (MQ=11)
        ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                              >  2:3458139/4‑101 (MQ=11)
        cgctccgcgggttctgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                              <  2:2854860/98‑1 (MQ=1)
         ggtccgggggagcggtcggatccgtgggatcgggcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                             <  1:386140/101‑1 (MQ=11)
         gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATACGTGGGATCGGTCGGGTCAGTGGGa                                                                                             >  2:3157913/3‑101 (MQ=11)
          ttccgtgggatcgggcggatccgtgggatctggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                            <  1:1767942/100‑1 (MQ=11)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                            >  1:1941616/1‑101 (MQ=11)
           tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           >  1:2027136/1‑101 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                                           >  1:4219789‑M2/1‑95 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcccagggctcg                                                                                          >  2:3380916/1‑92 (MQ=14)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                          >  1:280438‑M2/1‑94 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGTTCGGGAGGGGCCGTGGGAgcg                                                                                          >  2:93439/1‑101 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGGtcgg                                                                                         >  1:2118880/1‑101 (MQ=11)
              gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTgggatcgga                                                                                        <  2:1958730‑M2/101‑10 (MQ=255)
              gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggg                                                                                        <  2:1139654‑M2/101‑10 (MQ=255)
               tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                                       <  1:3467724‑M2/101‑11 (MQ=255)
               tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                       >  1:4018708/1‑101 (MQ=11)
                 ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggggg                                                                                     >  2:562725/1‑97 (MQ=11)
                 ggatcggtcgggtccggtggatcggttggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                     <  2:2241860/101‑1 (MQ=11)
                  gatcgctcgtatccgtgggatcggttggTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgga                                                                                    <  2:1649138/101‑2 (MQ=11)
                   gtggggcgggtccgggggatggggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                   <  1:1110619/95‑3 (MQ=11)
                   agcgcgcggttctgtggagtccgtcggATCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                   <  2:1853960/95‑1 (MQ=11)
                     cggtcgggtgcgtggggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                                 >  1:1701640‑M2/1‑85 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                                 >  2:3921392‑M2/1‑85 (MQ=255)
                     cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                 <  2:149307/101‑1 (MQ=255)
                      gggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                                >  1:1385484‑M2/1‑84 (MQ=255)
                       gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                               <  2:1355343/101‑1 (MQ=11)
                       gtcggatcggtgggaccggtcggAT.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGTTCGgtcgggtccgtc                                                                              <  2:4057686/101‑1 (MQ=14)
                         cggctccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGTGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                             <  2:2118822/101‑1 (MQ=14)
                            atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                          <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                            atccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggt                                                                          <  2:3655226/100‑1 (MQ=11)
                              ccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                        <  1:4116730‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                 tggggtccgtcggATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                     <  1:3930447/101‑2 (MQ=11)
                                   ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcggtggggtcgggcgg                                                                   >  2:4118624/1‑95 (MQ=11)
                                    ggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGa                                                                  >  2:2027708/6‑101 (MQ=11)
                                    gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgga                                                                  <  2:2641548‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                    gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                  <  2:2555514‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                     gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGac                                                                 >  1:641517/5‑100 (MQ=14)
                                        ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                                              >  1:3171573/1‑101 (MQ=11)
                                         gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGTTCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGAGtcggc                                                             >  1:711019/1‑100 (MQ=11)
                                         gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgt                                                             <  1:223626/101‑1 (MQ=11)
                                          tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                            >  2:661257/1‑101 (MQ=14)
                                             ggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                         >  1:1611775/3‑100 (MQ=11)
                                             gctCCGCGGGGTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                         <  2:1742818/99‑2 (MQ=14)
                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcg                                                      <  2:3842593‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                      <  2:1439686‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                   tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                   >  2:2999553/1‑101 (MQ=14)
                                                   tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggcg                                                   <  2:856543‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                  <  1:125925‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                  <  1:2635771‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                     ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                 <  2:3283479‑M2/101‑49 (MQ=255)
                                                     ggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                 <  1:1842783/101‑1 (MQ=14)
                                                     ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                 >  1:4082981/1‑101 (MQ=255)
                                                       ggcggtgggGTCCGTGGGAGCGGGCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                               <  1:2378715/99‑1 (MQ=18)
                                                       aTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                               >  2:4338766‑M2/1‑51 (MQ=255)
                                                        tccgtggggTCCGTTGGTTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                              <  2:2768983/95‑1 (MQ=18)
                                                         gggtgggGTCCGGGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                             <  1:875828/100‑1 (MQ=21)
                                                         cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGACCCGTGGGGCCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcg                                             >  1:3001006/1‑101 (MQ=14)
                                                          ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccg                                            <  2:3981596‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                          cgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggcatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                            <  1:1464940‑M2/100‑54 (MQ=255)
                                                           gtcggGTCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                           >  1:3261961‑M2/1‑47 (MQ=255)
                                                             ggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcggtcg                                         >  1:1327579/2‑101 (MQ=255)
                                                                gTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                      >  1:2875705‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                                atcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                      <  2:4429093‑M2/100‑60 (MQ=255)
                                                                   cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   >  2:1314438/1‑101 (MQ=255)
                                                                   cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGCCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   >  1:4382876/1‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG