Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,075 G→A 22.9% D194D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0750G→A22.9% 223.4 ‑1.7 0.0387D194D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (43/46):  ref base (168/130):  total (211/176)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.85e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 639 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCA  >  NC_014034/221975‑222175
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggcgggcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                                     <  1:1551528/99‑1 (MQ=11)
  tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                                    <  2:3535779/101‑1 (MQ=255)
   cggtcggttccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                                   <  2:2275065/101‑1 (MQ=11)
   cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                                   >  2:3948639/1‑101 (MQ=11)
   cggtcggatccgtgggatccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGCTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                                   <  1:2541651/101‑1 (MQ=11)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTTCgtcggatccg                                                                                                  >  2:322993/1‑101 (MQ=11)
     gtcggatcggtgggaccggtcggAT.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGTTCGgtcgggtccgtc                                                                                                <  2:4057686/101‑1 (MQ=14)
     gtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                                 >  2:2370078/1‑101 (MQ=11)
     gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgt                                                                                                 >  1:1343055/1‑101 (MQ=11)
     gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAACCgtggggtccgt                                                                                                 >  2:2821749/1‑101 (MQ=11)
      tcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                                <  1:1284586/101‑1 (MQ=11)
      tcgggtccggcggctcggtcggCGCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtccgtc                                                                                                <  2:201310/101‑1 (MQ=11)
        gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                              <  2:2555047/101‑1 (MQ=11)
        ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                              <  1:4433937/98‑1 (MQ=255)
        ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcggggccgtcgg                                                                                              >  2:3042264/4‑101 (MQ=11)
         ggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgggg                                                                                             >  1:3703656/1‑101 (MQ=11)
         gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcggggccgggggg                                                                                             >  2:868217/3‑96 (MQ=14)
         gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                                                                             >  1:2991610/3‑101 (MQ=11)
          gtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                            <  2:1924879/101‑3 (MQ=255)
          atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                            <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
           tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTCCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTCGGATCGgtcggatccgtagcatg                                                                                           >  2:1449480/1‑95 (MQ=11)
            tcgtgggatcgggcggGTCTGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcc                                                                                          <  1:2452500/100‑1 (MQ=11)
            ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCgtcggatccgagatcgga                                                                                          >  2:3880729/1‑93 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcgg                                                                                         >  2:1726511/1‑99 (MQ=11)
              gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcggggccgtcggatcggg                                                                                        >  1:1518380/1‑98 (MQ=14)
               tggggtccgtcggATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                       <  1:3930447/101‑2 (MQ=11)
               tgggatcggtcggGGCTGTGGGGGCGGTCGGGTCGGTGGGGTCTGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                       <  1:3028550/101‑2 (MQ=11)
               tcggatcggtcggGGCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                                       <  2:2462716/99‑1 (MQ=11)
               gaggcctggccggATCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                                                       <  2:261704/91‑1 (MQ=11)
                ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                                                      >  1:2385763/1‑99 (MQ=11)
                gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                                      >  1:2618002/1‑99 (MQ=11)
                gggatcggtcggATCCGTAGGTTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                      <  2:1255515/101‑1 (MQ=11)
                 ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcggtggggtcgggcgg                                                                                     >  2:4118624/1‑95 (MQ=11)
                   gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGac                                                                                   >  1:641517/5‑100 (MQ=14)
                   atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgggcc                                                                                   >  2:2748065/1‑99 (MQ=14)
                   atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                   >  2:3179818/1‑101 (MQ=14)
                    tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtc                                                                                  <  1:1181490/101‑1 (MQ=11)
                    tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGACCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtc                                                                                  >  1:1227944/1‑101 (MQ=11)
                     cggtcggATCCATGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtcc                                                                                 >  1:1385126/1‑100 (MQ=11)
                     ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                                 <  1:314889/99‑2 (MQ=11)
                      ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                <  1:1782474/101‑1 (MQ=11)
                      ggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                <  1:272395/101‑1 (MQ=11)
                      ggtcggCTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                <  2:3771587/101‑1 (MQ=11)
                      cgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                <  2:1805137/100‑3 (MQ=11)
                       gtcgggggcGTGGGATGGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                               <  1:3876448/93‑1 (MQ=11)
                       gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGTTCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGAGtcggc                                                                               >  1:711019/1‑100 (MQ=11)
                       gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgt                                                                               <  1:223626/101‑1 (MQ=11)
                        tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                              <  2:967360/101‑1 (MQ=14)
                        tcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTTGGGtcagtg                                                                              >  2:3325258/1‑100 (MQ=11)
                        tcggAGCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtg                                                                              <  2:611057/101‑2 (MQ=11)
                          ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATAGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                                                            >  1:4003287/1‑101 (MQ=11)
                           ggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCGGACGGa                                                                           >  1:2136532/3‑101 (MQ=14)
                            aTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGAtcggtcggga                                                                          >  2:1008447/1‑99 (MQ=17)
                            aTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAt                                                                          <  1:491034/101‑1 (MQ=11)
                            aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                          >  1:967445/1‑101 (MQ=11)
                               ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                       >  2:2960407/5‑101 (MQ=17)
                                gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                      <  1:1726622/98‑1 (MQ=14)
                                   ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                   >  1:4082981/1‑101 (MQ=255)
                                   ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                   >  2:3112359/1‑101 (MQ=255)
                                    gATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                                                  <  2:208795/101‑1 (MQ=14)
                                     aTCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                 <  2:1611669/101‑1 (MQ=255)
                                      tcggggtggaccGGGGGGTCGGGTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTATGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                <  2:1355744/91‑1 (MQ=18)
                                      tccgtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                <  2:2159293/98‑1 (MQ=14)
                                       tggtgggGTCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                               <  1:1919715/100‑1 (MQ=17)
                                       cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                               <  2:3443970/101‑1 (MQ=17)
                                           ggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                           >  1:1440037/2‑101 (MQ=255)
                                           cggTTCCGTGGGATGGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                           <  1:3393195/101‑1 (MQ=14)
                                            ggggcggTGGGGTGGGTCGGATGCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                          <  1:596042/95‑1 (MQ=14)
                                            gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                          >  1:1657094/1‑101 (MQ=17)
                                               tCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggggc                                                       >  2:491365/1‑99 (MQ=17)
                                                ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGAcc                                                      >  2:4403865/1‑101 (MQ=14)
                                                 cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                     >  2:1314438/1‑101 (MQ=255)
                                                 cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGCCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                     >  1:4382876/1‑101 (MQ=255)
                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                  >  2:4002343/1‑101 (MQ=255)
                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTGGAATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAAAGGTCGGGTCCGTgg                                                  >  2:29273/1‑101 (MQ=18)
                                                    gggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGCTCGGTCGGGGCCGtag                                                  >  2:3596055/1‑99 (MQ=17)
                                                    gggATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                  <  1:3975747/101‑1 (MQ=18)
                                                     ggATGGGTCGGGGTCGTGGGTTCGGTCGGATGCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                 <  1:1096717/101‑1 (MQ=11)
                                                       gtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTaggat                                               <  2:42591/100‑3 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG