pssm.py - cMonkey pssm module
 
This file is part of cMonkey Python. Please see README and LICENSE for
more information and licensing details.

Modules
		math

Classes
		__builtin__.object Pssm   class Pssm(__builtin__.object)     A PSSM class to interface with Weeder     Methods defined here: __getitem__(self, row) accesses the row at the specified index __init__(self, name, values=None, e_value=None, sites=None) Create a PSSM object consensus_motif(self, limit1=0.6, limit2=0.8, three=True) returns the consensus motif sequence_length(self) returns the sequence length this PSSM is based on to_logodds_string(self, at_freq=0.25, cg_freq=0.25) returns a motif representation in log-odds format Data descriptors defined here: e_value name sites values

Functions
		read_fasta(infile) creates a list of Pssm objects from a FASTA file

Data
		THREE_BASE_LETTERS = ['V', 'H', 'D', 'B'] TWO_BASE_LETTERS = ['Y', 'R', 'W', 'S', 'K', 'M']