New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 2219921024 (4.220)74 (0.310) 5/196 26.5 0.06 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 222020 = 1164 (4.750)coding (637/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1900 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     <  2:2594445‑M1/38‑1 (MQ=255)
  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcggga                                                                                                    <  2:228891‑M1/39‑1 (MQ=255)
   atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                                                   <  2:2699550‑M1/40‑1 (MQ=255)
   atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggat                                                                                                   <  2:3785789‑M1/40‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatacgtgggatcgat                                                                                               <  2:1239001‑M1/44‑3 (MQ=255)
       gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               >  2:251537‑M1/58‑101 (MQ=255)
        tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              <  1:4433456‑M1/45‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgg                                                                                            <  1:4245350‑M1/47‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            <  2:4033623‑M1/47‑1 (MQ=255)
          aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            >  1:4614581/1‑101 (MQ=255)
              cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                        <  1:4473983‑M1/51‑1 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                                      <  1:2356988‑M1/53‑1 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                      >  1:1249286‑M1/49‑101 (MQ=255)
                 gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                                                     >  1:3407357‑M1/48‑101 (MQ=255)
                 ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                     >  2:169117/1‑101 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                    >  2:920139‑M1/47‑101 (MQ=255)
                   ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                   <  2:4862370‑M1/56‑1 (MQ=255)
                       cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                               >  1:3199065/1‑101 (MQ=255)
                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                             >  1:903882‑M1/40‑101 (MQ=255)
                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                             <  1:3613150‑M1/62‑1 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                            <  1:979512‑M1/63‑1 (MQ=255)
                          tgggatcggtccgatccgtgggatcggtcgtgtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                            >  2:841143‑M1/39‑101 (MQ=255)
                             gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                                         <  2:4689814‑M1/66‑2 (MQ=255)
                              atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggg                                                                        <  2:2029485‑M1/67‑2 (MQ=255)
                                   tcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                   >  1:491860‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                    gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGtccgggg                                                                  <  2:392777‑M1/73‑4 (MQ=255)
                                    cggttccgtgggatcggtcggttccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                  >  2:1780607‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                       ggccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                               >  1:477224‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                         gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                             <  1:1895603/101‑1 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggg                                                           <  2:442874‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                           <  2:3407094‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:4860652‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                              ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                                                        >  2:1120016/1‑101 (MQ=255)
                                                 tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                                                     >  2:2774649‑M1/16‑98 (MQ=255)
                                                 ggCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                     <  2:4343170/100‑1 (MQ=255)
                                                  cggtcgttccggtgggATCGGTCGGGCCCTTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    <  2:748397/92‑1 (MQ=11)
                                                  cggtcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  1:2978705‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                  cggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                    <  1:2609599‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                               <  2:240992‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                       gggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCGGTggg                                               >  2:3640827/7‑101 (MQ=11)
                                                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgagGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCCGAAGCCAACGTGGTATCGGACGGTTCGGTGGGa                                              >  1:409787/9‑101 (MQ=2)
                                                         ggtggggggatgggtcggggccggggggtccgtcgtgcacgggGGGCCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                             <  1:149672/94‑1 (MQ=2)
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                                                            cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                          >  1:3701608‑M1/5‑96 (MQ=255)
                                                            cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                          >  1:4165110‑M1/5‑101 (MQ=255)
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                                                                  atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggaa                                    >  2:613107/1‑99 (MQ=11)
                                                                  atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgcgggAGCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCTGGTCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTAGGATCGGTCaggg                                    >  1:1810722/1‑100 (MQ=11)
                                                                   tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                   <  2:3311430/101‑1 (MQ=11)
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                                                                       tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                               >  2:1431502/1‑100 (MQ=11)
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                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                             >  1:1431629‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                             >  1:348084/1‑101 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                             <  1:3125997/101‑1 (MQ=11)
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                                                                         ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                             <  2:1902265/98‑1 (MQ=11)
                                                                          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                            >  2:478162/1‑101 (MQ=11)
                                                                          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                            >  1:2451204/1‑101 (MQ=11)
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                                                                             ccgtgggttcgttcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         <  2:3477343/101‑1 (MQ=14)
                                                                             ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                         >  1:4006302‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                                                             ccgtgggatcggtcggatccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                         <  2:5054321/101‑1 (MQ=14)
                                                                             ccgtgggatcggtcgcgtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                         >  2:4473664‑M2/1‑94 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG