New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 2219921024 (4.220)74 (0.310) 5/196 26.5 0.06 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 222020 = 1164 (4.750)coding (637/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2079 total aligned reads displayed.

TCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGG  >  NC_014034/221920‑222120
                                                                                                    |                                                                                                    
ggttcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      >  2:2001835‑M1/37‑101 (MQ=255)
ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      >  1:4682588‑M1/37‑101 (MQ=255)
ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      >  1:74347‑M1/37‑101 (MQ=255)
  atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGt                                                                                                    <  2:1042118‑M1/67‑1 (MQ=255)
    gcgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                  >  1:3755557‑M1/33‑101 (MQ=255)
    cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                  >  2:4447330/1‑101 (MQ=255)
      gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                                                                <  2:3165184‑M1/71‑2 (MQ=255)
         gggtccgtgtgatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                             >  2:1741296‑M1/28‑101 (MQ=255)
         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                             >  1:4914979‑M1/28‑101 (MQ=255)
            tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                          >  1:227420‑M1/25‑101 (MQ=255)
             ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                         <  1:3477608‑M1/78‑1 (MQ=255)
             ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                         >  1:2882660‑M1/24‑101 (MQ=255)
                      cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                <  1:2362864‑M1/87‑1 (MQ=255)
                            ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                          >  2:3370015‑M1/9‑101 (MQ=255)
                            ggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGa                                                                          >  1:2790264/6‑101 (MQ=11)
                            gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                          >  2:4824913/3‑101 (MQ=11)
                            gatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                          <  2:3446279‑M1/93‑1 (MQ=255)
                             tcccgtgggttcggtcgggtcccgcggatcgggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                         <  2:32685/91‑1 (MQ=11)
                             gctcgggggatctgtcggctccgtgggatcggtcgggcccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                         <  2:2460813/94‑1 (MQ=11)
                               cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                       <  1:2613285/101‑1 (MQ=255)
                               ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTGGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGCCGGTGGGAtcg                                                                       >  1:4452698/3‑101 (MQ=11)
                               ccggcggATCCGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                       <  2:4744983/97‑1 (MQ=11)
                               ccctcggcgcggtcggggcccttggagcggccgggcccctgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcc                                                                       <  2:836883/92‑2 (MQ=2)
                                 gtgggatcggtttcgttcgtgggctccgtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgt                                                                     <  2:1653886/98‑1 (MQ=11)
                                   gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                   <  1:2702909‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                   gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                   <  1:141266‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                    ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGGAGACCGGGCGGGCCCGTGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGAgcggtcgg                                                                  >  2:4182753/1‑101 (MQ=11)
                                        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                              >  2:583967/1‑101 (MQ=11)
                                        cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                              >  1:1595654/1‑101 (MQ=11)
                                        cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGGGGGGTGGGGCGGGTcg                                                              >  2:2566216/1‑100 (MQ=11)
                                         ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGTTCCg                                                             >  1:1888390/1‑101 (MQ=11)
                                         ggtcgggtccgtgggaccggccgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                                             <  2:4289157/101‑1 (MQ=11)
                                          gtggtggtcgttggatcggtggggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                            <  1:1990336/93‑1 (MQ=11)
                                           tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggTCGGGTCCGTGGGGAAGGGCGGGTCCGTGGGCTCGGGCGGGTTCGTGGGCTCGGTCGGTTTCGtg                                                           >  1:3523152/1‑100 (MQ=2)
                                           tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCGGCCGGCGCCGTGGGATCGGGCGGTCCCGtg                                                           >  1:836985/1‑100 (MQ=11)
                                            cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGAGTAGGTCGGGGCCGtgg                                                          >  2:4544528/1‑99 (MQ=11)
                                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                          <  2:141250/101‑3 (MQ=11)
                                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                          <  1:2563921‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                            cgggtcccggggatcggtcgggttcggggggtcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                          <  2:3891675/101‑3 (MQ=11)
                                            cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTgg                                                          <  2:4648249‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                              ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                                        <  2:3042456‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                              ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                                        <  2:4070371‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                               gtccgggggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                       <  1:1784591/101‑1 (MQ=11)
                                                tccgtgggattggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                      <  1:3687281/101‑1 (MQ=14)
                                                tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                      >  1:3083236/1‑101 (MQ=11)
                                                gccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                      >  1:2174554‑M2/2‑95 (MQ=255)
                                                 gggtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                     >  1:4980849‑M2/3‑94 (MQ=255)
                                                 ccgtgggataggtagggtccgtgggatcggtgggGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCTTTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                     <  1:1336410/101‑1 (MQ=14)
                                                  cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                    <  1:4768914‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                  cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGAttgg                                                    >  2:3707982/1‑101 (MQ=14)
                                                   gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggg                                                   <  1:955185‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                   gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                   <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                   gtgggatcgggcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                   <  1:1696728/101‑1 (MQ=11)
                                                    tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGACGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTTCGTGGGAtcgtac                                                  >  1:2460987/1‑98 (MQ=11)
                                                      ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCGGTGGGGtcgggcgg                                                >  2:2173396/1‑101 (MQ=14)
                                                      ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                <  2:2276556‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                                        gtcggtcgggtccgtgggatccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                              >  2:716621‑M2/2‑87 (MQ=255)
                                                        atcggtcggggccgtggggtccggcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                              <  2:3772001/101‑3 (MQ=11)
                                                          cggtggggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                            >  1:4061327‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                           ggtcttatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                           <  2:1502740/94‑1 (MQ=11)
                                                           ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccg                                           >  2:1222591/1‑101 (MQ=11)
                                                           ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                           <  1:4410211‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                                            gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                          >  1:608207/1‑101 (MQ=11)
                                                             gcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtg                                         <  1:4312772/100‑2 (MQ=11)
                                                              ggggtccgtgggatcggtgggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                                        <  2:3988071/100‑1 (MQ=11)
                                                              cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                                        >  1:1491952/1‑101 (MQ=11)
                                                              cggatgcgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGgtcgggtccgtag                                        <  1:4583912/95‑3 (MQ=11)
                                                               gggtccgtgggttcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtggg                                       >  2:3520725‑M2/1‑80 (MQ=255)
                                                               gggggcgtggggttcgtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                       <  1:3593690/96‑1 (MQ=11)
                                                               ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                       >  2:2940424/4‑101 (MQ=11)
                                                                 atcggtggggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggat                                     <  1:4828231/97‑3 (MQ=11)
                                                                 atccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggt                                     >  2:2363551/2‑101 (MQ=11)
                                                                  tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                    <  1:3192344/101‑1 (MQ=255)
                                                                   ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                   >  1:1160963/1‑100 (MQ=255)
                                                                    cgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                  <  2:649664/101‑1 (MQ=11)
                                                                     gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatccgt                                 <  1:3964101‑M2/101‑28 (MQ=255)
                                                                     gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                 >  2:1307959/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGG  >  NC_014034/221920‑222120

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG