New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222040 =1027 (5.180)2 (0.010) 13/162 18.5 0.00 coding (617/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222101 290 (1.180)coding (556/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2114 total aligned reads displayed.

TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGAT  >  NC_014034/221941‑222139
                                                                                                    |                                                                                                   
     cgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGT.GGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                               >  1:3504324‑M1/11‑101 (MQ=255)
     cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                               >  1:2730048/11‑101 (MQ=11)
     cggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                               <  1:1898878‑M1/91‑1 (MQ=255)
      gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                              <  2:1557544‑M1/92‑1 (MQ=255)
      ggatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                                                              >  1:2108416/4‑101 (MQ=1)
         tccgtcggAGCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           <  1:478423/98‑1 (MQ=11)
          ccggcggATCCGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                          <  2:4744983/97‑1 (MQ=11)
           cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                                                                         >  2:1376745‑M1/5‑96 (MQ=255)
            gtgggatgggtggggtgcgtggggtcggtcgggtccgt.gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                        <  1:3920132/98‑1 (MQ=11)
             ggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                       >  2:2426970‑M1/3‑101 (MQ=255)
               ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgt.gGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGTtcgggagg                                                                                     >  2:491795/1‑97 (MQ=11)
                 gtgtgtcgggtccgtggggtccgtcggttccgt.gggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                   <  1:1700593/97‑3 (MQ=11)
                 atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgc.gggAGCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCTGGTCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTAGGATCGGTCaggg                                                                                   >  1:1810722/1‑100 (MQ=11)
                 acgggttgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcggat                                                                                   <  2:3562458/98‑3 (MQ=11)
                  tcgttcgggtcggtgggatctgtcgggtccgg.gggaTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                  <  2:1178627/101‑1 (MQ=11)
                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc                                                                                  <  1:2578237/101‑1 (MQ=11)
                  gcgctgcgctccgtgtgatcggtcgggtccgt.ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                  <  2:3746411/92‑1 (MQ=14)
                  gccgccgggtccgtgggatcggtagggtccgt.cggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                  <  2:4823231/96‑1 (MQ=14)
                   cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                 <  1:759189/101‑1 (MQ=14)
                   cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                 >  1:1595654/1‑101 (MQ=11)
                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.ggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                >  2:3493360/1‑101 (MQ=11)
                    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTCGGGTCCg                                                                                >  2:1776999/1‑101 (MQ=11)
                     gtcgggtccgtggtatcggtcgggtccgg.gggatccGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                               <  2:2755405/101‑1 (MQ=11)
                     ggcggggccgtgggattggttgggttcgg.gggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                               <  1:228631/99‑1 (MQ=14)
                       cggttccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                             >  1:2637944‑M2/1‑99 (MQ=255)
                       cgggtccgtggggtccgtcggatccgt.gggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                             >  1:1429345/1‑99 (MQ=11)
                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGtgg                                                                             >  2:2034974/1‑99 (MQ=14)
                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCAGGTCCGTGGGGTCCTTCGGACCCGTGGGATCGGCCGGCTccctgg                                                                             >  1:4242450/1‑97 (MQ=14)
                       cggatccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTgg                                                                             <  2:4648249‑M2/101‑3 (MQ=255)
                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgt.ggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                            <  1:3652557‑M2/101‑4 (MQ=255)
                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                            >  2:4401227/1‑101 (MQ=11)
                          gtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGCGGGAt                                                                          >  2:747197/1‑101 (MQ=11)
                          gtccgtgggatcggtcgggtccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                          >  1:4862697‑M2/1‑96 (MQ=255)
                          atccgtgggatcggtcggatccgt.gggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGTgggat                                                                          <  2:3672313‑M2/100‑6 (MQ=255)
                              gtgggatcggtcggatccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                      <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
                               tgggatcggtcgggtccgt.ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                     <  1:1171437‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                gggatcggtcggatccgt.aggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGACCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtccgtgg                                                                    >  2:3287245/1‑99 (MQ=11)
                                 ggatcggtcgggtccgt.gggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                          >  1:4710059/1‑101 (MQ=11)
                                 ggatcgggcgggtccgt.gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgg                                                                   >  1:2190418‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                   atcggtcgggtccgt.ggtatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                                                 >  2:4544756‑M2/1‑87 (MQ=255)
                                   atcggtcgggtccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGAGGGAGCGgtagggt                                                                 >  2:4025208/1‑101 (MQ=11)
                                    tcggtcgggtccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatc                                                                >  1:3423366‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                     gggtggggtccgtcggggtc.gtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                               <  1:998666/100‑1 (MQ=11)
                                     cggtcgggtccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtcggatcg                                                               <  2:4303317‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                      ggtcgggtttgt.ggggtcggtcggGTCCGTGTGGTCCGTAGGGTCGGTGGGATCGGTCGGAACCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                                              <  1:2018410/101‑1 (MQ=11)
                                       gtcgggtccgt.gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCGGGGGGATCGATCGGGTCCGTGGGGTCGgccgggtcggt                                                             >  2:2193405/1‑101 (MQ=11)
                                        tcggatccgt.aggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                            <  2:2690088/101‑1 (MQ=11)
                                         ggggtcggt.gggatccgtgggATCGGTGGGATCCGTCGGGTCGGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtag                                                           <  1:1490606/100‑3 (MQ=11)
                                          gggtccgt.ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                          >  1:4347724/1‑101 (MQ=11)
                                          ggatccgt.gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggctccgtggg                                                          >  2:1069516/4‑101 (MQ=11)
                                          ggatccgt.gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                          >  1:548009/4‑101 (MQ=255)
                                           ggtccgt.cggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                                         <  1:4103659‑M2/101‑23 (MQ=255)
                                             tccgt.gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatc                                                       >  1:4922526‑M2/1‑77 (MQ=255)
                                              ccgt.ggggtccgccggCGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtgggatcg                                                      <  2:665582/101‑2 (MQ=14)
                                              ccgt.aggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                      <  1:4008036/101‑1 (MQ=11)
                                               cgt.ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                     >  1:673417/1‑101 (MQ=14)
                                                gt.gggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                    <  1:4427214‑M2/101‑28 (MQ=255)
                                                 t.gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcgttg                                                   <  2:3825202‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                  <  2:125797‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                  <  2:3925647‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggctcggtcg                                                  >  1:4602164/1‑99 (MQ=11)
                                                    ggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                 <  2:3174376‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                                    ggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                 <  2:2319669/101‑1 (MQ=14)
                                                     gatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                <  1:3226503/101‑1 (MQ=14)
                                                      atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggc                                               <  1:1067678‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                                       tccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtc                                              <  1:2819288/98‑1 (MQ=11)
                                                        cggtcggTTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                             >  2:2594739‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                                        ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                             <  1:3816764/99‑2 (MQ=11)
                                                          gtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgg                                           <  1:3150466‑M2/101‑37 (MQ=255)
                                                            ggggtCCGTAGGCTCGGTTGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                         <  1:859062/97‑1 (MQ=14)
                                                             ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                        >  2:2121645/1‑101 (MQ=11)
                                                             ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                        >  1:5006197/1‑101 (MQ=11)
                                                               aTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                      <  1:2933531/101‑1 (MQ=11)
                                                                 cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                    <  1:2392249/96‑1 (MQ=17)
                                                                 ccGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATcg                                    <  1:4165231/101‑2 (MQ=11)
                                                                  ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                   >  2:5030160/5‑101 (MQ=17)
                                                                  cGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcgg                                   <  2:903777‑M2/101‑45 (MQ=255)
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                                                                                                 ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTaggatcggtcgg    <  1:3339732/101‑10 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                   
TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGAT  >  NC_014034/221941‑222139

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG