New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221959 =415 (1.690)28 (0.110) 5/200 26.8 0.08 coding (698/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222129 238 (0.970)coding (528/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1310 total aligned reads displayed.

GCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTC  >  NC_014034/221859‑222059
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cccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggat                                                                                                      <  2:1457259/100‑1 (MQ=255)
atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgggggggtccgtgggat                                                                                                      <  2:3672313‑M1/4‑1 (MQ=255)
  tcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                    >  2:3767626‑M1/96‑101 (MQ=255)
  ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                    <  2:4117932‑M1/6‑1 (MQ=255)
  ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                    >  1:4006302‑M1/96‑101 (MQ=255)
   ggTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgg                                                                                                   <  2:2743458/101‑1 (MQ=255)
    gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                  <  1:1001112‑M1/8‑1 (MQ=255)
         gtcggtcgggtccgtgggatccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                             >  2:716621‑M1/89‑101 (MQ=255)
         atcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcgggcgggt                                                                                             <  1:1209194‑M1/13‑1 (MQ=255)
         atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                                                                             >  1:777200‑M1/89‑99 (MQ=255)
          tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                            >  1:530960‑M1/88‑101 (MQ=255)
          gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGGGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                                            >  2:4701216/1‑101 (MQ=255)
           cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                           >  2:3176530‑M1/87‑101 (MQ=255)
               cgggtccgtcggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcg                                                                                       >  2:4298121‑M1/83‑99 (MQ=255)
                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                  <  1:1778199‑M1/24‑1 (MQ=255)
                      gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                <  2:2657097/101‑1 (MQ=255)
                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcg                                                                              <  1:888517‑M1/28‑1 (MQ=255)
                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                                              <  2:824822‑M1/28‑1 (MQ=255)
                             cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                         >  1:1070937‑M1/69‑101 (MQ=255)
                             ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                         <  1:4995012‑M1/33‑1 (MQ=255)
                                 gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggaccggtcggggccgggg                                                                     >  1:691933/1‑101 (MQ=255)
                                 cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                     >  1:3771408‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                  ttGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                    >  1:4638630/1‑101 (MQ=255)
                                  ttGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                    >  1:2319833/1‑101 (MQ=255)
                                   tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggg                                                                   >  2:1784458/1‑100 (MQ=255)
                                    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                  <  1:2157469‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                      tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                >  2:121753/1‑101 (MQ=255)
                                      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                <  1:636257‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                       cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                               >  2:2197808‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                              <  2:2472893‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                        gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                              <  1:2568863‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                         tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                             >  2:4786908‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                          tgcatcggtcgggtccgtgggctcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                            >  2:3493264‑M1/56‑101 (MQ=255)
                                          cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                            <  1:4086794‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                           ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgg                                                           <  1:4245350‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                              tccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                        >  1:442939‑M1/52‑101 (MQ=255)
                                               cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                       >  1:957174‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                                  tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                    <  1:2971776‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                  gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                    >  1:3407357‑M1/48‑101 (MQ=255)
                                                    gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                  >  2:622741‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                  <  1:186593‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                                    ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                  <  2:4862370‑M1/56‑1 (MQ=255)
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                                                      aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                <  2:2002629/101‑1 (MQ=255)
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                                                              cATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCggg                                        >  2:1688485/1‑101 (MQ=255)
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                                                                     cgcgtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                 >  2:3869477‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                                        gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                              >  2:3558284‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                                         tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                             <  1:2448932‑M1/77‑1 (MQ=255)
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                                                                          ccGTTGGATCCGTGGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                            <  1:1554360/100‑1 (MQ=11)
                                                                           cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                           >  2:4590517‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                            gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGgtcggg                          <  1:3630236‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                            gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                          <  2:2846809‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                            gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                          >  1:1688614‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                               ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                       >  2:1120016/1‑101 (MQ=255)
                                                                               gcagtgtcgggATCCGTCGCAACGGTCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGATCGGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                       <  2:2284463/93‑1 (MQ=11)
                                                                                     gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                 <  1:3048097‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                                     gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                 >  1:3708418/1‑101 (MQ=1)
                                                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg              <  2:1557544‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg              <  2:240992‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                        ggCTGGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg              <  1:4805016/101‑1 (MQ=255)
                                                                                         gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa             >  1:1269367/3‑101 (MQ=11)
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                                                                                          gtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt            <  1:3530553/97‑1 (MQ=11)
                                                                                           tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc           >  2:3975310‑M1/7‑101 (MQ=255)
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                                                                                            cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGCCGGATCCGGGGGAtcg          >  1:3878873/1‑101 (MQ=255)
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                                                                                                gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg      <  2:4391606‑M1/100‑1 (MQ=255)
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                                                                                                 gggtcgttcggttccgtggggtgcttcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg     <  2:4436682/98‑1 (MQ=11)
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                                                                                                   atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGCCCCTGGGGtgggtgggac   >  1:2647458/1‑99 (MQ=11)
                                                                                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTc  >  1:4162409/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtccggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc  <  2:2568682/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc  <  1:3333373/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
GCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTC  >  NC_014034/221859‑222059

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG