New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221953 =272 (1.130)39 (0.160) 16/196 19.6 0.07 coding (704/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222060 847 (3.460)coding (597/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1898 total aligned reads displayed.

CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGC  >  NC_014034/221960‑222160
                                                                                                    |                                                                                                    
cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                      <  1:3477296/101‑1 (MQ=11)
  ggcggggccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                    <  1:4452379/99‑1 (MQ=14)
    cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGAGTAGGTCGGGGCCGtgg                                                                                                  >  2:4544528/1‑99 (MQ=11)
    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGtgg                                                                                                  >  2:2034974/1‑99 (MQ=14)
    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                                  <  1:1960936‑M2/101‑3 (MQ=255)
    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCGGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGCCGGGCGGGTCCgggg                                                                                                  >  2:3706913/1‑98 (MQ=11)
    cgcgccagtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                                  <  2:3498232/94‑3 (MQ=11)
     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                                 >  1:4628767‑M2/1‑98 (MQ=255)
     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                                 <  1:2594626/101‑1 (MQ=11)
     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                 >  1:1872938‑M2/1‑98 (MQ=255)
     ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                                 <  2:1902265/98‑1 (MQ=11)
     ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGgg                                                                                                 >  2:3423102/4‑101 (MQ=14)
      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGggt                                                                                                >  2:4935444/1‑100 (MQ=14)
      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                                                                                <  2:4070371‑M2/101‑5 (MQ=255)
       gtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGac                                                                                               >  1:520011/1‑100 (MQ=11)
       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                               >  2:1160846‑M2/1‑96 (MQ=255)
       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGCGGGAt                                                                                               >  2:747197/1‑101 (MQ=11)
       acccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtctgGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                               <  2:1432790/99‑1 (MQ=11)
        tgcgtgcggtcggtcgggcccgtgggatccgccggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                              <  2:2764922/99‑1 (MQ=11)
        tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                              <  1:1473594/101‑1 (MQ=14)
         ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                             >  2:2604969/1‑101 (MQ=11)
         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                             <  1:3529717‑M2/101‑8 (MQ=255)
          cgtggggccgttcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGAGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                            <  2:3612879/101‑1 (MQ=11)
          cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtccg                                                                                            >  1:2970609‑M2/1‑93 (MQ=255)
          cgggggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                            <  1:4862407/98‑1 (MQ=11)
           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                                           <  1:3622829‑M2/101‑10 (MQ=255)
           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                                           <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
            ttggatctgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtc                                                                                          <  2:1364439/99‑1 (MQ=14)
            tgggatgggtgtggtccgtggggtccgtcggATCGGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                          <  1:2145985/101‑1 (MQ=14)
            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                 <  1:138569/101‑1 (MQ=11)
             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                >  2:2953171/1‑101 (MQ=11)
             gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                                         <  1:2054153‑M2/101‑12 (MQ=255)
              ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                                        <  1:89966‑M2/101‑13 (MQ=255)
                atcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGAAGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCTGTGGGAtcgttcggct                                                                                      >  1:837688/1‑99 (MQ=11)
                  cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGgtcggggcc                                                                                    >  1:3891967/1‑101 (MQ=11)
                   ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTCGGATCGGTCGGATCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGCTCGgtcggggcag                                                                                   >  1:4401737/1‑97 (MQ=11)
                    gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCGGGGGGATCGATCGGGTCCGTGGGGTCGgccgggtcggt                                                                                  >  2:2193405/1‑101 (MQ=11)
                    gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                  >  1:608207/1‑101 (MQ=11)
                      cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcg                                                                                <  2:4286105‑M2/101‑21 (MQ=255)
                       ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                                                               >  2:4646560/4‑101 (MQ=11)
                        ggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgggt                                                                              >  1:2414122/1‑100 (MQ=11)
                        gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                                                              >  1:672499/3‑101 (MQ=11)
                         atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                             >  1:276401/2‑99 (MQ=255)
                           ccgtgggtttggccggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtggggtcc                                                                           <  2:1778069/101‑1 (MQ=11)
                           ccgtggggtccgccggCGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtgggatcg                                                                           <  2:665582/101‑2 (MQ=14)
                           ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                           <  2:1679913‑M2/101‑26 (MQ=255)
                               gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                                       >  1:4720679‑M2/1‑72 (MQ=255)
                                gggttcctgggATCGGCGGGATCCCTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                      <  2:2854840/92‑1 (MQ=17)
                                gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                      <  1:1308080/95‑1 (MQ=11)
                                   tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                                   >  1:250161‑M2/1‑68 (MQ=255)
                                    cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                  >  2:4756924‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                    ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                  <  2:89956/99‑2 (MQ=11)
                                      gtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGAtcggt                                                                >  2:4363048/4‑101 (MQ=14)
                                         gggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGGCCCGTGGGAtcggccgg                                                             >  1:4793292/4‑101 (MQ=11)
                                         ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                             >  2:2121645/1‑101 (MQ=11)
                                         ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                             >  2:1047356/1‑101 (MQ=11)
                                           aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                           <  2:2699550‑M2/101‑42 (MQ=255)
                                             ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                         <  2:3195479‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                      cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                >  1:957174‑M2/1‑49 (MQ=255)
                                                      cggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc                                                >  1:4066612‑M2/1‑49 (MQ=255)
                                                        gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                              >  2:3068166/4‑101 (MQ=255)
                                                        gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgt                                              <  1:3077796‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                          cggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                            <  1:4205932‑M2/101‑57 (MQ=255)
                                                          cggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                            <  2:3783041‑M2/101‑57 (MQ=255)
                                                           gggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                           <  1:2297750‑M2/101‑58 (MQ=255)
                                                           gggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                           >  1:3177803‑M2/1‑44 (MQ=255)
                                                           ggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                           <  2:4862370‑M2/101‑58 (MQ=255)
                                                            ggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                          <  2:2319962‑M2/101‑59 (MQ=255)
                                                               ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       <  1:3987975/101‑1 (MQ=255)
                                                               ccGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGcc                                       >  1:4289474/1‑101 (MQ=17)
                                                                cgtcggaggggtcggATGCGTGGGATNNNNNGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTGCGGCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                      <  1:3271574/92‑1 (MQ=2)
                                                                cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTAGGATCGGTCGGGTCCg                                      >  2:2530639/1‑101 (MQ=11)
                                                                  tGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                    >  2:417689‑M2/1‑37 (MQ=255)
                                                                    ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCGGTggg                                  >  2:1568466/1‑101 (MQ=17)
                                                                       gcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                               >  1:1055934‑M2/2‑32 (MQ=255)
                                                                        cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                              <  2:1252936‑M2/101‑71 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGC  >  NC_014034/221960‑222160

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG