New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222049 =1564 (4.860)0 (0.000) 2/180 38.4 0.00 coding (608/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222119 363 (1.010)coding (538/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 3059 total aligned reads displayed.

CTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACC  >  NC_014034/221949‑222149
                                                                                                     |                                                                                                    
gttcgcgggctcgggcgggtccgcgggatcggtcggggccgggggaTCGGGCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                      <  1:5325521/91‑1 (MQ=11)
gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                      >  2:3203599‑M1/8‑101 (MQ=255)
gtccgtgGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                      >  1:7025990‑M1/8‑101 (MQ=255)
ggccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                      <  1:4760019/91‑1 (MQ=11)
 tcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                                                     <  1:3397289/101‑1 (MQ=11)
  ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                    >  2:3909200‑M1/6‑101 (MQ=255)
   cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGAGGGTCGGCGGGAccgg                                                                                                   >  2:6656204/5‑101 (MQ=11)
   cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                                   <  2:5728254‑M1/97‑1 (MQ=255)
    gtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                                  >  1:4073777‑M1/4‑101 (MQ=255)
    ggggggctggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                                  <  2:707204/93‑1 (MQ=11)
     tgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                 >  1:3730593‑M1/3‑101 (MQ=255)
     gcggCTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                 <  1:1579835/100‑1 (MQ=11)
      gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                >  2:5871042/2‑101 (MQ=11)
       gggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                               <  1:2202433/98‑1 (MQ=11)
       ggatcggtcgggtacgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGGCGGGCCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                               <  1:6196868/101‑1 (MQ=14)
          tcggtgcgatccgttggctcggtcgggtgcgggggatctgtcggGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                            <  2:3312059/92‑1 (MQ=11)
          tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                            <  2:4278654/101‑1 (MQ=11)
           cggtcgggtccttgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                           <  2:6383973/101‑1 (MQ=11)
            ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAgcggtcggagccg                                                                                          >  2:2066941/1‑96 (MQ=11)
             gtcgggtgcgtgggctgggtcggttccgtgggatcgGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                         <  2:5198566/101‑1 (MQ=11)
             gacaggtccgtgtgatcggtcggttccgtgggatcggtcgGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                         <  2:30885/97‑1 (MQ=11)
               tgggtccgttgggtcggtcgggtccgtgggatctgtcGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                       <  1:2666806/100‑3 (MQ=11)
               cgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTC.CGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtcg                                                                                       >  2:345610/1‑99 (MQ=11)
                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTC.CGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgcggg                                                                                      >  2:1850570/1‑97 (MQ=11)
                 tgcacgtgggagctggcggggccgtgtgaccgggcggCTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                     <  2:892073/97‑1 (MQ=11)
                 gctccgtgagatcgggcggctccctgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                     <  2:1401139/99‑1 (MQ=14)
                  gtccgtgggaacggtcgggcgcgtggcgtcgg.cggcGCTCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                    <  2:4377718/101‑1 (MQ=2)
                  atccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGAt                                                                                    >  1:882625/2‑101 (MQ=11)
                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                  >  1:6768999‑M2/1‑94 (MQ=255)
                     cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggcggg                                                                                 >  1:1000254/1‑96 (MQ=11)
                     cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                 <  1:2439602‑M2/101‑9 (MQ=255)
                      gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggt                                                                                >  2:3673694/1‑101 (MQ=11)
                      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggt                                                                                <  1:5805553‑M2/101‑10 (MQ=255)
                      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGAGGGATCGAGCGGCACCGTGGGAtcggc                                                                                >  2:265031/1‑100 (MQ=11)
                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtc                                                                               >  2:5042297‑M2/1‑91 (MQ=255)
                       tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGATCCGGGGGGTCGGTCGGTTCCGTGGGGtcggtg                                                                               >  2:2526282/1‑100 (MQ=11)
                       gtgggtcggttggatccgtgggatcgggcgtATC.CGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtc                                                                               <  1:517652/96‑1 (MQ=11)
                        gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTAGGGTCGGTAGGGACAGTGGGAccagtcg                                                                              >  2:2853491/1‑101 (MQ=11)
                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                              >  2:1117862/1‑101 (MQ=14)
                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCgggctcggtgg                                                                              <  1:2886008‑M2/101‑12 (MQ=255)
                         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                             <  1:1391421/101‑1 (MQ=14)
                         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtcgg                                                                             >  1:3157317/1‑101 (MQ=11)
                             ccgtcggatccgtgggatcggtcggatC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatcc                                                                         <  1:5440553‑M2/99‑17 (MQ=255)
                              ggtcggatccgtagcatcgggcggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                        <  2:6239883/101‑1 (MQ=11)
                               gtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGggcgggtcggt                                                                       >  1:4206814/1‑101 (MQ=11)
                                 cgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                                     <  1:3489933‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                  gggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGGGCCGTCGGATCCGGGGGATAGGTCGGGTCCGGGGGACCGggcgggaccggggg                                                                    >  1:3947655/1‑97 (MQ=2)
                                    gtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                  <  2:5959791/101‑3 (MQ=255)
                                      ccgtggggtccgtcggCTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcc                                                                <  2:4621057/101‑1 (MQ=11)
                                       cgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                               >  1:5941189/1‑101 (MQ=14)
                                         tgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggacgggtccgtgggctcggtc                                                             <  1:2790249‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                         ggggatctgtcggGGC.CGTGGCTTCCGCCGGGTCCGTGGGACCGGCCGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcggatccgtgggatcggtc                                                             <  2:4157346/100‑2 (MQ=2)
                                          gggatcggtcggATC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                            >  1:1106838/1‑101 (MQ=11)
                                            ggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGa                                                          <  1:5676192/96‑1 (MQ=11)
                                            gatcggtcggGTC.CGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                          >  1:6656532‑M2/1‑70 (MQ=255)
                                            gatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTtggatcggtcggatccgtgggatcggtcgcg                                                          <  2:1271235‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                            gatcggtcggATC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgggg                                                          >  1:729491/1‑100 (MQ=11)
                                              tcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                        <  1:6375283‑M2/101‑34 (MQ=255)
                                               cggtgggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                       >  1:4348489‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                               cggtcggGTC.CGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                       >  2:3795990‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                               ccgtgggATC.GGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                       <  2:4908699/96‑1 (MQ=14)
                                                  tcggGGC.CGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                    <  1:6870001‑M2/101‑38 (MQ=255)
                                                  gcggGTC.CGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                    <  1:1947874/100‑1 (MQ=11)
                                                    gggtC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccttggg                                                  <  2:2403456/98‑7 (MQ=11)
                                                    ggATC.CGTGGGTTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                                  <  2:6788854/101‑1 (MQ=1)
                                                        tgggtcggATCGGTGGGGTACGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                               <  1:4636627/95‑1 (MQ=17)
                                                              tgctccgtccgGCCCGTGCGCTCGGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                         <  2:2748015/95‑1 (MQ=11)
                                                              ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         >  1:3588077/1‑101 (MQ=14)
                                                              ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                         <  1:4931227/101‑1 (MQ=255)
                                                               ggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                        <  1:2063368/99‑1 (MQ=17)
                                                               ggtccgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                        >  1:5558894‑M2/3‑52 (MQ=255)
                                                                   ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                    <  1:6537726/101‑1 (MQ=14)
                                                                   ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcgg                                    >  2:4759779/1‑101 (MQ=14)
                                                                   ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGGGAGATCGGGCGGGGCCGTcgggtggg                                    >  2:2975731/1‑96 (MQ=9)
                                                                   ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                    <  2:5584499‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                    gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                   <  1:3262130‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                                      cggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                 >  1:1738973/1‑101 (MQ=17)
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                                                                                                    atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggatgcgtgggatcggtcggat   <  2:760718‑M2/101‑87 (MQ=255)
                                                                                                     |                                                                                                    
CTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACC  >  NC_014034/221949‑222149

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG