New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_014034	= 744791	76 (0.170)	73 (0.160)	5/198	39.0	0.40	intergenic (+176/+36)	idi2/bchO	isopentenyl‑diphosphate delta‑isomerase/magnesium‑chelatase BchO
	?	NC_014034	= 2330174	143 (0.310)					intergenic (+149/+163)	RCAP_rcc02161/mrcA	hypothetical protein/penicillin‑binding protein 1A
Rejected: Position hash score below cutoff.

GGGGGTGCGGGGGGCGGA.G.CCCC.....................................................................................................  >  NC_014034/744769‑744791 ........................CG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCCG  <  NC_014034/2330174‑2330075                                                                                                                                GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        >  2:1944844/1‑101 (MQ=1) GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        >  1:9201157/1‑101 (MQ=1) GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        >  2:2222644/1‑101 (MQ=1) GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        >  2:8294654/1‑101 (MQ=1) GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        >  1:6341308/1‑101 (MQ=1) GGGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCC                        <  2:4802253/101‑1 (MQ=1)  GGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCG                       >  2:8025779/1‑101 (MQ=1)  GGGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCG                       <  1:4576514/101‑1 (MQ=1)   GGGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGC                      >  1:2634872/1‑101 (MQ=1)    GGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCC                     >  2:1120287/1‑101 (MQ=1)    GGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCC                     >  2:286078/1‑101 (MQ=1)    GGTGC.GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCC                     >  1:5686942/1‑101 (MQ=1)       tgcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCT                   <  1:3020050/98‑1 (MQ=1)       ggcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCT                   <  1:1704152/98‑1 (MQ=1)       ggGGGGGGGGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCT                   <  1:3512954/99‑1 (MQ=0)        gcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTT                  >  2:1814656/3‑101 (MQ=1)        gcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTT                  >  2:282209/3‑101 (MQ=1)        gcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTT                  <  2:2876583/99‑1 (MQ=1)        gcGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTT                  <  1:4097857/99‑1 (MQ=1)         cGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTG                 >  1:3379124/2‑101 (MQ=1)         GGGGGGCGGA.GCCCCCG.CCGGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTG                 <  2:7866671/101‑1 (MQ=1)          GGGGGCGGACC.CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGG                <  2:4844510/101‑1 (MQ=1)          GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGG                >  1:2828120/1‑101 (MQ=1)          GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGG                >  2:4970720/1‑101 (MQ=1)          GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGG                >  2:3396214/1‑101 (MQ=1)          GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGG                >  1:6383029/1‑101 (MQ=1)          GGGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTCGCCGCCCTTGG                >  2:5068086/1‑101 (MQ=1)           GGGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGC               >  2:6895057/1‑101 (MQ=1)            GGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCG              >  2:3628182/1‑101 (MQ=1)            GGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCG              >  2:1407642/1‑101 (MQ=1)            GGGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCG              >  1:4900272/1‑101 (MQ=1)             GGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGG             >  1:2389370/1‑101 (MQ=1)             GGCGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGG             >  1:9048058/1‑101 (MQ=1)              gggggcgcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGG             <  1:4104406/93‑1 (MQ=11)              gggggcccCCCGG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGG             <  1:8197810/93‑1 (MQ=0)               CGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAG           >  2:6472398/1‑101 (MQ=1)               CGGA.GCCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAG           <  1:7282681/101‑1 (MQ=1)                 ggcccCCCCGCCCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAG           <  2:2377915/96‑1 (MQ=0)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  1:9024108/6‑101 (MQ=1)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  1:2251815/6‑101 (MQ=1)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  2:1165417/6‑101 (MQ=1)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  1:7270785/6‑101 (MQ=1)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  2:3619556/6‑101 (MQ=1)                 ggagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGG          >  1:3034954/6‑101 (MQ=1)                  gagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGC         >  2:7075133/5‑101 (MQ=1)                  gagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGC         >  2:8853512/5‑101 (MQ=1)                  gagcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGC         >  1:4140367/5‑101 (MQ=1)                  ccccCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGC         <  1:678824/97‑1 (MQ=1)                   gccCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        <  1:2819837/98‑1 (MQ=1)                   cccCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        <  1:8501442/98‑1 (MQ=1)                   cccCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        <  1:4350971/98‑1 (MQ=1)                   agcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        >  2:7077336/4‑101 (MQ=1)                   agcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        >  1:8442233/4‑101 (MQ=1)                   agcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        >  1:8159284/4‑101 (MQ=1)                   agcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        >  1:44964/4‑101 (MQ=1)                   agcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCC        >  1:595490/4‑101 (MQ=1)                    gcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCA       >  1:3210535/3‑101 (MQ=1)                    gcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCA       <  1:5414946/99‑1 (MQ=1)                    gcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCA       >  2:411591/3‑101 (MQ=1)                    gcCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCA       >  2:8317481/3‑101 (MQ=1)                     cCCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAA      >  1:6332450/2‑101 (MQ=1)                      CCCCG.CCGGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAG     <  2:7128781/101‑1 (MQ=1)                      CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAc     >  2:8223328/1‑100 (MQ=1)                      CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAG     >  1:6937821/1‑101 (MQ=1)                      CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAG     <  2:331285/101‑1 (MQ=1)                      CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGACAAG     >  2:2397268/1‑101 (MQ=1)                      CCCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGAGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAG     >  1:9054214/1‑101 (MQ=1)                       CCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGC    <  1:3547814/101‑1 (MQ=1)                       CCCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGC    <  1:1800644/101‑1 (MQ=1)                        CCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCC   <  2:7910902/101‑1 (MQ=1)                        CCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCC   >  1:4525600/1‑101 (MQ=1)                        CCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCC   <  1:6659054/101‑1 (MQ=1)                        CCG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCC   <  1:8081452/101‑1 (MQ=1)                                                                                                                                GGGGGTGCGGGGGGCGGA.G.CCCC.....................................................................................................  >  NC_014034/744769‑744791 ........................CG.CCCGGGTCGCCGCGCCTGCGCGGCGAAATTCCTCTCCGCCATCGGCCGATCCGTGCGGCGCTCTGCGCGCCGTTGCCGCCCTTGGCGGAGGCCAAGCCG  <  NC_014034/2330174‑2330075 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 39 ≤  ATCG