New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221977 =695 (5.470)18 (0.140) 9/120 18.0 0.04 coding (680/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222089 157 (0.740)coding (568/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1501 total aligned reads displayed.

CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGG  >  NC_014034/221877‑222084
                                                                                                    |                                                                                                           
cGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                             <  2:125353/101‑1 (MQ=255)
 gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                            <  2:435943/101‑1 (MQ=255)
   cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgggaggggacgtgggatcgg                                                                                                          >  1:1077975/1‑101 (MQ=255)
    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                         <  1:306192‑M1/26‑1 (MQ=255)
    gtgggatcggtcggatccgtgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                                         >  1:3553560‑M1/76‑101 (MQ=255)
     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                                        >  2:909301‑M1/75‑101 (MQ=255)
       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                      <  2:1505725‑M1/29‑1 (MQ=255)
         atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggat                                                                                                    <  1:2512305‑M1/31‑3 (MQ=255)
                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                            <  1:2906970‑M1/39‑1 (MQ=255)
                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                           >  1:1837309‑M1/62‑101 (MQ=255)
                       tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                      >  2:3843852‑M1/57‑101 (MQ=255)
                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                      <  1:2366470‑M1/45‑1 (MQ=255)
                          ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                   <  1:3284898‑M1/48‑1 (MQ=255)
                          gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                   >  1:435040‑M1/54‑101 (MQ=255)
                             gggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                >  1:1324002‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                 gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                            <  1:2154302‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                          <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                       >  1:3660115‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                       cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                      <  1:2266379‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                         tgggatcggtcggatccgtgggatctgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                    >  2:3468264‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                    <  1:2441029‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                           ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                  >  1:2839694‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                             gtcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                >  1:338305‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                             aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                <  1:1413711/101‑1 (MQ=255)
                                               cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                              <  1:114800‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                               ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                              >  1:2758927‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                  tgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                           >  1:2314384‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                  cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                           >  1:3625768/1‑101 (MQ=255)
                                                  cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                           <  1:3130509/101‑1 (MQ=255)
                                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                          <  1:4044190‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                       tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                      >  1:189487‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                        ccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                                     >  2:659226‑M1/24‑97 (MQ=255)
                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                    <  1:902159‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcgg                                                    <  2:290866‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                         cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                                                    <  1:4131656‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                           ggggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                  >  1:3207672‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                            tggatcgggcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                 >  2:2662828‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                                tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                             >  1:3959863‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                                tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                             >  1:2116154‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                                  ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGAGCCg                                           <  2:1329742‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                  cctGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCATGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATTGGGTGGGTCCg                                           >  2:52963/3‑101 (MQ=14)
                                                                   gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                          >  1:3425264‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                                   gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGt                                          <  2:3526656‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                      ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGtgga                                       <  1:2582706‑M1/92‑2 (MQ=255)
                                                                       gtccgtggggatc.gtcgggttcgtcggataggtcgggcccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                     <  2:1085615/93‑1 (MQ=1)
                                                                       ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                      >  2:2267852/9‑101 (MQ=11)
                                                                        gtcggtgggATCCGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                     <  2:2757341/100‑1 (MQ=11)
                                                                        gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                     <  2:3063398/97‑1 (MQ=11)
                                                                         tcggtcggATCGGTCGGGACCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                    <  1:1698036/101‑1 (MQ=255)
                                                                         tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                    >  2:101109‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                          cctttggatcggtcggctccgttgaatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                   <  2:1928788/96‑1 (MQ=11)
                                                                          ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                   >  2:599597/3‑101 (MQ=11)
                                                                           ctttggctcggtcgggtccgtgtgatcggtcggatccttgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                  <  2:3929308/94‑1 (MQ=11)
                                                                             tggggcgcggcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                <  1:1503635/91‑1 (MQ=14)
                                                                             tgGGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                >  2:368240‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                             tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtc                                <  1:1765829‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                             tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                >  1:2047255‑M1/3‑94 (MQ=255)
                                                                             tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                >  1:643782‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                             tccgctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc                                <  2:3987657/96‑1 (MQ=11)
                                                                              cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCATGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                               >  1:525762/1‑101 (MQ=11)
                                                                               ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtccg                              <  2:2846029/101‑3 (MQ=11)
                                                                                gctaggtcgggtccgttggaccggtccggtccgtgtgaccTGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                             <  2:2557258/97‑1 (MQ=11)
                                                                                 atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGCCGGGt                            >  2:817408/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  tcggtgggatccgt.ggatcggtcgggtccgtggggtCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGACGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGttc                          >  2:4104425/1‑99 (MQ=2)
                                                                                  tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                           <  2:1681962/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                           >  2:1785381/1‑101 (MQ=14)
                                                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGGcc                          >  1:2631777/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGTTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                         >  1:3884598/1‑101 (MQ=14)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggctCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCGGCGTGGTCGGTCGGATCCGTGGGCtcgcggggcgcgg                         >  2:741676/1‑91 (MQ=9)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCg                         >  1:1237739/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGGTCCg                         >  1:3823883/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     gtcgggtccgtcgggtcggtggagtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                        <  2:1391844/101‑1 (MQ=11)
                                                                                      tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGCTCCGtg                       >  1:737430/1‑100 (MQ=11)
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                                                                                                   atcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggc          >  2:2314216/1‑100 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                           
CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGG  >  NC_014034/221877‑222084

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG