New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221974 =731 (3.710)11 (0.060) 11/186 23.8 0.02 coding (683/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222101 377 (1.780)coding (556/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1484 total aligned reads displayed.

CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCG  >  NC_014034/221874‑222082
                                                                                                    |                                                                                                            
cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgggtcggtgg                                                                                                              <  2:3856574‑M1/19‑1 (MQ=255)
cGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                              <  2:1068697/101‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                             <  1:373384‑M1/20‑1 (MQ=255)
  ggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                            >  1:4015616‑M1/81‑101 (MQ=255)
      cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgggaggggacgtgggatcgg                                                                                                        >  1:1077975/1‑101 (MQ=255)
            ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGTCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                                  >  1:1326319/1‑101 (MQ=255)
            ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                                  >  1:2051846/1‑101 (MQ=255)
              cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                <  1:2452336/101‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                            >  2:1464831‑M1/65‑101 (MQ=255)
                  cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                            >  1:1913944‑M1/65‑101 (MQ=255)
                     atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                         <  1:2854456‑M1/40‑1 (MQ=255)
                       cggtgggatgggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                       >  1:3858107‑M1/60‑101 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                      <  1:570478‑M1/43‑1 (MQ=255)
                        cgtgggatcggccgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                      >  2:4130345‑M1/59‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtc                                                                                    >  1:3386703‑M1/57‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                    >  1:468506‑M1/57‑101 (MQ=255)
                           cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcg                                                                                   >  1:1844007/1‑101 (MQ=255)
                               tcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                               >  1:3939664‑M1/52‑101 (MQ=255)
                               gTCGCCGGATCGCCCTCATCGACGGTGGGCGTCTGATGCGTGGGCCCGGTCGGCTCGGCGGGGACCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGCCCGGTGGGGTc                                                                               >  2:2105700/1‑101 (MQ=255)
                                cgggcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                              >  2:2014455‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                             <  1:3549974‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                  gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                            >  2:1317439/1‑101 (MQ=255)
                                    cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                          <  2:2606988‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                        <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                    <  1:633119‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcggatccgtgggatctgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                  >  2:3468264‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                              tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                >  2:3687661/1‑101 (MQ=255)
                                               gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                                               >  2:3101150‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                                atcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                              >  2:2960848‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgtgatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                            >  2:3930173‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                     cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                         >  1:3625768/1‑101 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                      >  2:441313‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                      <  1:1768783‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                          ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                    >  1:4196785/1‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   >  2:2451929‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                                   >  2:659226‑M1/24‑97 (MQ=255)
                                                            gttCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                  <  2:327056/99‑1 (MQ=255)
                                                             gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                 >  2:742564/1‑101 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                >  1:2593852‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                >  2:1564357‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGatcggtg                                                <  2:21567‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                                              tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                >  1:3227661/1‑101 (MQ=255)
                                                               gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                               >  2:2552229‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                               cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                               <  2:2827289/101‑1 (MQ=255)
                                                                ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                              >  1:1574997‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                 gatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa                                             >  2:3051670‑M1/18‑101 (MQ=255)
                                                                      gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                        >  1:3425264‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                                        cgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTgg                                      <  1:1637408‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                     >  2:2307541‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                     <  1:365302‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTggg                                     <  1:2741620‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                         ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGGCCGCGGGATCGGTGGGAGCCGTggg                                     >  2:400282/10‑101 (MQ=11)
                                                                          ggtgcgtcggATCGGGCGGGTGCGGGGGATGGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                    <  1:1431923/96‑1 (MQ=11)
                                                                           gtcctgcggATCGCTCGGGTCTGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                   <  2:1237643/95‑1 (MQ=11)
                                                                           gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgGGATCGGCCGGGTCCGGGGTTTCGGTCCGGCCGGTGGGCCCATGCGGATCCGTGTGAt                                   >  1:2781844/8‑101 (MQ=2)
                                                                           gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                   >  1:2268315‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                           gtacgtcggATCGGTCTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                   <  1:687671/97‑1 (MQ=11)
                                                                            tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtc                                  >  2:1766915/1‑101 (MQ=255)
                                                                             ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                 >  1:1149972‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                             ccgtgGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                 >  1:889202‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                              cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGAtccgtggggtccg                                <  2:3163543‑M1/97‑6 (MQ=255)
                                                                               gtggtatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                               <  2:1005067/96‑1 (MQ=11)
                                                                               gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                               >  1:237233‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                               gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                               >  1:944536‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                                tgtgttcggttgtgtccgtgtgatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                              <  2:838437/96‑1 (MQ=11)
                                                                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGAGtcggtg                              >  2:1358978/3‑100 (MQ=11)
                                                                                tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGggggagggtc                              >  2:3382653/3‑94 (MQ=11)
                                                                                tcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggcg                              >  2:1166957/1‑99 (MQ=11)
                                                                                 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                             >  1:2122395‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                  ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                            >  1:3484173/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    gtcggtcgggtccttgggatcggtcgggtccgtggggTCCGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                          <  1:2994727/100‑1 (MQ=14)
                                                                                    atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGt                          >  2:3549605/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTAGGACGGGTCCGTGGGGTCGGCGGGGTCCCCGGAATCGGCAGGGt                          >  2:1919114/1‑101 (MQ=2)
                                                                                    atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAACGGTCgggc                          >  1:3792369/1‑100 (MQ=11)
                                                                                     tccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                         <  1:2327748/98‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                            
CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCG  >  NC_014034/221874‑222082

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG