New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221992 =858 (5.000)19 (0.110) 8/162 23.6 0.03 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 197 (0.930)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1660 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092
                                                                                                    |                                                                                                    
cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                      <  2:3035214‑M1/37‑1 (MQ=255)
    tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                  >  1:362584‑M1/61‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatc                                                                                                  <  1:2359469‑M1/41‑1 (MQ=255)
      cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                                <  1:3214136‑M1/43‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggg                                                                                               <  2:2660809‑M1/44‑2 (MQ=255)
       gagggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  1:3517480‑M1/44‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              <  1:437936‑M1/45‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtc                                                                                              <  1:2228343‑M1/45‑1 (MQ=255)
           ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                           <  1:3284898‑M1/48‑1 (MQ=255)
           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGa                                                                                           >  2:577393‑M1/54‑101 (MQ=255)
              gggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                        >  1:1324002‑M1/51‑101 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                    <  2:2606988‑M1/55‑1 (MQ=255)
                   gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTggg                                                                                   <  2:3256810‑M1/56‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                  <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                     gtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                 >  2:2312264‑M1/44‑101 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                               <  2:2081049‑M1/60‑1 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                              <  1:1777061‑M1/61‑1 (MQ=255)
                         cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                             >  2:1913818/1‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                            <  1:2441029‑M1/63‑1 (MQ=255)
                           gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                           >  1:1633042‑M1/38‑101 (MQ=255)
                              gtcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                        >  1:338305‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      <  2:1574888‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                      gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGGGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                <  2:1983390‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                        tccgtggtatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                              >  2:3767083‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                             >  1:1923048‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                          ggtccggtGCGTTGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccg                                                            <  2:3357680/94‑3 (MQ=11)
                                          cgtggggtcggtcgggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                            >  1:962312‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                           >  1:2778116‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                    <  2:3617721‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                  ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    <  1:2990604/100‑1 (MQ=1)
                                                     tGGGATCGGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGtc                                                 <  2:3157492/101‑2 (MQ=11)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                               <  1:2536517‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                       ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGtgga                                               <  1:2582706‑M1/92‑2 (MQ=255)
                                                        gatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                              >  2:630054‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                         gtcggtgggATCCGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                             <  2:2757341/100‑1 (MQ=11)
                                                         atccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                             <  1:90893‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                          tgcgtagggtcggtggggaccgagggaactgacgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                            <  2:1332094/92‑1 (MQ=11)
                                                           tcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           <  2:1031411/96‑1 (MQ=11)
                                                           ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           >  1:1149972‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                           >  1:2304463/3‑101 (MQ=11)
                                                            cgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                          <  2:1750911/100‑1 (MQ=11)
                                                            cgtaggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGGGGGGtcgg                                          >  2:2540355/5‑101 (MQ=11)
                                                             gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcggt                                         >  2:749689/10‑101 (MQ=11)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCCGATCGGCGGGATCGGTCGGATACGGGGGAgcggc                                         >  2:1196629/4‑100 (MQ=11)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGATCCGTGGGGtcggg                                         >  2:4181752/4‑100 (MQ=11)
                                                             gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                                         >  2:1837189/1‑101 (MQ=14)
                                                              tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  1:3967911/93‑1 (MQ=14)
                                                              tggggcgcggcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  1:1503635/91‑1 (MQ=14)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtgGGGTCCGTCGGATGCGGGGGATCGGTAGGAGCCGTGGGGTGGGTCGGGTCCGTGGGAacggag                                        >  2:3987546/3‑99 (MQ=2)
                                                              tgGGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        >  2:368240‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                              tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        >  1:643782‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                              ggggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  1:3432316/99‑1 (MQ=11)
                                                               gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTggggcccgtcg                                       >  1:3831944/2‑93 (MQ=11)
                                                                 gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGCGGGaacagggggg                                     >  2:2960032/1‑92 (MQ=11)
                                                                 gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCggg                                     >  1:3893164/1‑101 (MQ=11)
                                                                    cggtcggttccgtgggatctgtcgggtccgcggcatCGGTCGTGTCCGTGGGGTCCGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                  <  2:1663207/101‑1 (MQ=11)
                                                                    cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGGGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  >  1:816465/1‑101 (MQ=11)
                                                                    cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGGcc                                  >  1:2631777/1‑101 (MQ=11)
                                                                    cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  <  1:290911/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCg                                 >  1:1237739/1‑101 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCg                                 >  2:840862/1‑101 (MQ=11)
                                                                     ggtcgcgtccgtgcgatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                 <  2:931597/101‑1 (MQ=11)
                                                                      ggcggttccgtcggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                <  2:67801/99‑1 (MQ=14)
                                                                       tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGCTCCGtg                               >  1:737430/1‑100 (MQ=11)
                                                                       tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                               >  2:3505440/1‑100 (MQ=11)
                                                                       gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTa                               <  2:3432959/100‑1 (MQ=255)
                                                                        tgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                              <  1:4058902/100‑3 (MQ=11)
                                                                        cgggtccgtgggatgggtggggtccgtcggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtgg                              <  1:214119/101‑3 (MQ=11)
                                                                        cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGGCGGTTCCGtgg                              >  2:309575/1‑99 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtggggtcggtcgggtccgtggggtccgtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                             <  1:1848018/101‑1 (MQ=11)
                                                                           gttcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                           <  2:2249804/98‑1 (MQ=11)
                                                                            tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                          <  2:237195‑M2/101‑7 (MQ=255)
                                                                            gccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                          <  1:1564583/100‑1 (MQ=11)
                                                                             ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                         >  1:2718227‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                                                             ccgtgggagcgttcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                         <  2:1428986/101‑1 (MQ=11)
                                                                              cgtgggacccggcggggccgtgggatctgtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                        <  1:2005147/101‑1 (MQ=11)
                                                                               gtgggatgggtcgggtccgggggagcggtcggGTCCGTGGGGTCCGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                       <  1:1708500/101‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG