New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221974 =799 (3.430)71 (0.310) 13/196 28.3 0.09 coding (683/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222081 558 (2.350)coding (576/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1623 total aligned reads displayed.

CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTC  >  NC_014034/221874‑222081
                                                                                                    |                                                                                                           
cGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                             >  1:3581560/1‑101 (MQ=255)
  gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggc                                                                                                           <  1:2034918‑M1/21‑2 (MQ=255)
     ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                        >  2:3332057/1‑101 (MQ=255)
      cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                       <  2:4076970‑M1/25‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                                     <  1:1331458‑M1/27‑1 (MQ=255)
         cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                    <  1:142061‑M1/28‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtagg                                                                                                   <  1:2993585‑M1/29‑4 (MQ=255)
             tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                >  2:2831432‑M1/70‑101 (MQ=255)
              cggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                               >  2:2550776‑M1/69‑101 (MQ=255)
                   gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                          <  1:3277638‑M1/38‑1 (MQ=255)
                   ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggacggttccgtggg                                                                                          <  1:2196256‑M1/38‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                         <  1:2595446‑M1/39‑2 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                     >  2:2441001‑M1/59‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtg                                                                                   <  1:4522559‑M1/45‑2 (MQ=255)
                           gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                  >  2:2933530‑M1/56‑101 (MQ=255)
                            aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                 <  2:3594932/101‑1 (MQ=255)
                               tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                              <  2:824487‑M1/50‑4 (MQ=255)
                                   tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                                          <  1:3482504‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                        >  1:3426889‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                   <  2:476560‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                 <  2:1221300‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                <  2:1871703‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                atcgggtgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                             >  2:4483297‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                                 tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                            >  1:2264815/1‑101 (MQ=255)
                                                  cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                           <  2:2689141/101‑1 (MQ=255)
                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCg                                                          <  2:1286208‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                          >  1:660589‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                   ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                          >  1:488019‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                    gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                         >  2:3424904‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                         atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                    <  1:4189603‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                  >  1:59160‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                                                <  2:3025502‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcgggc                                               <  2:1390925‑M1/81‑3 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                               <  2:3131721‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                              tgggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                               >  2:1762241‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                               gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                              <  1:1009700‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAtcggccgg                                             <  1:2117684‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                   tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                          >  2:2626400/1‑101 (MQ=255)
                                                                   tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                          >  1:4436180/1‑101 (MQ=255)
                                                                    ccGTCGGATCGGTGGGGTCGGTCGGATCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                         <  1:1544178/100‑1 (MQ=11)
                                                                     cgggggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                        >  1:2657327/4‑101 (MQ=11)
                                                                         ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                    >  2:3991101/10‑101 (MQ=11)
                                                                          gggccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                   <  1:2495834/93‑1 (MQ=11)
                                                                            tcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                 <  1:4099140/101‑1 (MQ=11)
                                                                            tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                 >  2:3675182‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                            tccggcggATGGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTGGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                 <  1:1674679/96‑1 (MQ=11)
                                                                             tcgggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                                >  2:3244413‑M1/6‑97 (MQ=255)
                                                                             cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                >  1:1253520/1‑101 (MQ=255)
                                                                              cgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGAtcgg                               >  2:1994833/11‑101 (MQ=11)
                                                                              cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                               <  1:3733219‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                              cgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                               >  2:4397286‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                                                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAccggtc                             >  2:2119390/3‑101 (MQ=11)
                                                                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATAGGTGGGGTCTGTGGGAtaggag                             >  2:4266455/3‑99 (MQ=11)
                                                                                tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                             >  2:1672585‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                             <  1:1089336‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                                 ttgatcggtcgtacacgtgggatccgtcgcgtccgtggGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                            <  2:3770413/99‑1 (MQ=11)
                                                                                 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                            >  2:2753097‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                            >  2:551473‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                 gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                            <  1:3343231‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                 cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTACACTCGGTCGGGGCCGTGGGATGGGTCGGGTCAGTTGGAtcggtcg                            >  2:746382/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                           >  2:414947/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  ggagcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                           <  1:1184687/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGAAAGGTCGGATCCGTGGGATCGGTAGGTTCCGTGGGATCGGTCggg                          >  1:2434410/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    gtcggtcgggttcgttggatgggtcggtgccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                         <  2:2279697/100‑3 (MQ=14)
                                                                                    atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                         >  1:3886356/1‑99 (MQ=11)
                                                                                     tcgggcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtggggTCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGATc                        <  2:1522001/101‑1 (MQ=11)
                                                                                      gggtcggggccgagggatcggtcgggtcggtggggtcGGTCGGGCCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                       <  1:175895/100‑1 (MQ=14)
                                                                                      cggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                       >  1:4383816/1‑101 (MQ=11)
                                                                                      ccgtccgccccgtgcgatcggtcgggtccgtggcatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                       <  1:4026774/92‑1 (MQ=11)
                                                                                       gggcggatccgtgggatccgtggggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                      <  2:2050128/98‑1 (MQ=11)
                                                                                        gtgggggccgtgggagcgggcggggccggggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                     <  1:3173292/98‑1 (MQ=14)
                                                                                        gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTGGGATCCgg                     >  2:904073/1‑100 (MQ=11)
                                                                                        gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTTGGATCCGt                     >  1:2816519/1‑101 (MQ=11)
                                                                                        gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                     >  1:2729808/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                           
CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTC  >  NC_014034/221874‑222081

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG