New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221962 =484 (2.430)10 (0.050) 3/168 34.1 0.03 coding (695/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 205 (0.860)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1290 total aligned reads displayed.

GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062
                                                                                                    |                                                                                                    
cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                      <  1:3294750‑M1/7‑1 (MQ=255)
  tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                    <  2:240449‑M1/9‑1 (MQ=255)
   gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcg                                                                                                   <  1:841825‑M1/10‑1 (MQ=255)
    ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                                  <  2:4382103‑M1/11‑1 (MQ=255)
      cGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggt                                                                                                >  1:2815554/1‑101 (MQ=255)
        cggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                              >  1:688268‑M1/87‑101 (MQ=255)
        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggagat                                                                                              <  2:395350‑M1/15‑5 (MQ=255)
        ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                              <  1:1576407‑M1/15‑1 (MQ=255)
         ggtcggatgcgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                             >  1:2145363‑M1/86‑101 (MQ=255)
          gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtgcgg                                                                                            <  2:1321062‑M1/17‑5 (MQ=255)
                tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                      <  1:4367381‑M1/23‑1 (MQ=255)
                gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                      <  1:4650091/101‑1 (MQ=255)
                   gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggccggtcgggtccgtggggtcggg                                                                                   <  1:1927817‑M1/26‑2 (MQ=255)
                    ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtc                                                                                  >  2:2595261‑M1/75‑101 (MQ=255)
                    aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                  >  1:3347919/1‑101 (MQ=255)
                     gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                 <  1:1459716‑M1/28‑1 (MQ=255)
                     cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcg                                                                                 <  2:1737290‑M1/28‑1 (MQ=255)
                       gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgga                                                                               >  1:1654178‑M1/72‑100 (MQ=255)
                          cggtcgggtccgtgggatcggtcggacccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                            >  2:4445434‑M1/69‑101 (MQ=255)
                           ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                           <  2:3495903‑M1/34‑1 (MQ=255)
                               ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                       <  2:73771‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                 gtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                     >  1:3503168‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                 ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                     <  2:3581292/101‑1 (MQ=255)
                                  tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                    >  1:3468240‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                   tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtggggtccgtgggatcggtcgggtccgttgggtcg                                                                   >  2:4207214/1‑101 (MQ=255)
                                       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                               >  2:2933530‑M1/56‑101 (MQ=255)
                                        ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                              <  1:982473‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                         gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgca                                                             <  1:1239578‑M1/48‑3 (MQ=255)
                                             ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                         <  1:2470518‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                              gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                                                        >  2:1058627/1‑100 (MQ=255)
                                               tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                       >  1:2019326‑M1/48‑101 (MQ=255)
                                               gcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                       >  1:1373873‑M1/48‑101 (MQ=255)
                                               gccggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                       >  2:1239693‑M1/48‑101 (MQ=255)
                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                    <  1:508385‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                                   aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                   >  2:3876144/1‑101 (MQ=255)
                                                    tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGAtc                                                  <  2:3236079‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                    tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                  <  2:1135992/101‑1 (MQ=255)
                                                     ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                 >  2:2313‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                                      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                                <  2:3109727‑M1/61‑6 (MQ=255)
                                                      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                <  2:4549816‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                      cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                <  2:2097829‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                               <  1:4483592‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                         cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                             <  2:2462851/101‑1 (MQ=255)
                                                         cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                             >  2:899734/1‑101 (MQ=255)
                                                          tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                            >  1:2903669/1‑101 (MQ=255)
                                                          tCATCGACGGTGGGCGCCGGATGCGTGGGCTCGGCCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGTCCGCGGGGtgggtcgg                                            >  2:1604662/1‑101 (MQ=18)
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                                                             tCGGCGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                         <  1:1194/101‑1 (MQ=255)
                                                             tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                         >  1:2264815/1‑101 (MQ=255)
                                                                gtgggatcggTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGt                                      <  2:537253/92‑1 (MQ=11)
                                                                gtcgggtccgtcggatcggtcgggcccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                      >  2:2655668‑M1/31‑101 (MQ=255)
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                                                                 tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                     >  1:4295670‑M1/30‑101 (MQ=255)
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                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                   >  2:2024394‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                                    tGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                  <  1:3635283/101‑1 (MQ=255)
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                                                                     gggCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                 <  1:3851588/101‑1 (MQ=255)
                                                                     atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                 <  1:4189603‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                      tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                >  2:4656132‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGGTCGGTGGAGTCCGTGGGAtcg                               >  2:613647/1‑101 (MQ=18)
                                                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                               >  1:2662353‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                         gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                             <  2:3025502‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                         gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                             >  1:4573080‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                         gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                             <  2:3307126‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                         gTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCggcggggccgg                             >  2:4301662/1‑91 (MQ=11)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                           <  1:1009700‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                              atcggtcggatccgtgGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcgggc                        <  1:4418626‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                              atccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggtcgggg                        >  2:4063746/4‑99 (MQ=11)
                                                                               ccggTGGGTTCCGTCGGGTCGGTCTGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                       <  2:2826525/98‑1 (MQ=11)
                                                                                 cGTGGGTTCCGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                     <  1:756050/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                    >  1:1702379/1‑101 (MQ=255)
                                                                                   tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                   >  1:275084‑M1/12‑101 (MQ=255)
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                                                                                           gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggg           >  1:3180877/1‑100 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG