New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221943 =207 (0.970)5 (0.020) 2/188 35.1 0.01 coding (714/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222062 695 (3.070)coding (595/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 226 total aligned reads displayed.

CGGTCGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCG  >  NC_014034/221843‑222043
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cgggggAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGc                                                                                                      <  2:3412080/96‑1 (MQ=255)
  gTCGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGt                                                                                                    <  2:1997890/101‑1 (MQ=255)
   tCGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTg                                                                                                   <  1:2426308/101‑1 (MQ=255)
   gcGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTg                                                                                                   <  2:3951195/100‑1 (MQ=255)
    cGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTgg                                                                                                  <  1:2914902/101‑1 (MQ=255)
      aGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGc                                                                                                <  2:4380411/101‑1 (MQ=255)
        ccGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtc                                                                                              <  2:3022950/101‑1 (MQ=255)
         cGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcg                                                                                             <  1:508946/101‑1 (MQ=255)
          ggTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcgg                                                                                            >  2:4137652/1‑101 (MQ=255)
              tCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcggtcgg                                                                                        <  2:3868947/101‑1 (MQ=255)
              tCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCAACGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcggtcgg                                                                                        <  1:4098587/101‑1 (MQ=255)
               cGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCgga                                                                                       <  1:3141272/101‑1 (MQ=255)
               cGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTGCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCgga                                                                                       <  1:3169516/101‑1 (MQ=255)
                gCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggat                                                                                      <  2:3095386/101‑1 (MQ=255)
                 ccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatc                                                                                     <  2:2418473/101‑1 (MQ=255)
                   ggTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgg                                                                                   <  1:3406758/101‑1 (MQ=255)
                     ggCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtc                                                                                 <  2:4330155/100‑1 (MQ=255)
                        ccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggg                                                                              >  1:2207768/1‑101 (MQ=255)
                        ccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggg                                                                              <  1:2030949/101‑1 (MQ=255)
                          gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                            <  2:1767963/101‑1 (MQ=255)
                           acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                           <  2:2039868/101‑1 (MQ=255)
                            cacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccg                                                                          <  2:3812482/101‑1 (MQ=255)
                             acCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgg                                                                         >  2:3571311/1‑100 (MQ=255)
                             acCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgg                                                                         >  1:3507360/1‑100 (MQ=255)
                              ccGTCTCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtg                                                                        <  2:144848/101‑1 (MQ=255)
                                 tCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  1:478697/101‑1 (MQ=255)
                                 gcGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  2:885941/100‑1 (MQ=255)
                                   gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggctc                                                                   >  2:2720975/1‑101 (MQ=255)
                                   gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                   <  2:4041019/101‑1 (MQ=255)
                                    ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                  <  2:2391339/101‑1 (MQ=255)
                                     cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                 >  2:3874495/1‑101 (MQ=255)
                                     cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcgg                                                                 >  2:860885/1‑101 (MQ=255)
                                        ggCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                              <  2:1576670/101‑1 (MQ=255)
                                         gCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                             <  2:1139109/101‑1 (MQ=255)
                                         gCTTCGGAGTTGGGGGGCAGCGTCGCCGGATCGCGCTGATCGCCGGGGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgg                                                             >  2:1624758/1‑101 (MQ=255)
                                          cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                            >  1:2794425/1‑101 (MQ=255)
                                           ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcggtgggatcggtcgggt                                                           >  1:756821/1‑101 (MQ=255)
                                            tCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtc                                                          >  1:3529101/1‑101 (MQ=255)
                                             cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                         <  2:1405995/101‑1 (MQ=255)
                                              ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                        >  1:4228742/1‑101 (MQ=255)
                                              ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggcccg                                                        >  1:1323444/1‑101 (MQ=255)
                                               gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                       >  2:3328580/1‑101 (MQ=255)
                                               gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                       >  2:3614997/1‑101 (MQ=255)
                                               gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgt                                                       >  1:3697827/1‑101 (MQ=255)
                                                tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                      >  1:2342066/1‑101 (MQ=255)
                                                tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                      <  1:3245833/101‑1 (MQ=255)
                                                 gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                     <  1:4236293/101‑1 (MQ=255)
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                                                      tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                <  2:2328442/101‑1 (MQ=255)
                                                         tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                             >  2:1115933/1‑101 (MQ=255)
                                                         tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                             <  2:1043157/101‑1 (MQ=255)
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                                                           aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcgggcggggccgtgggatcggtcgg                                           >  2:800779/1‑101 (MQ=255)
                                                             cGTCGCCGGGTCGCGCTCATCGGCGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                         <  1:1304708/101‑1 (MQ=255)
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                                                             cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                         >  2:3217367/1‑101 (MQ=255)
                                                                cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                      >  1:1788671/1‑101 (MQ=255)
                                                                cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGCTCCg                                      >  1:440372/1‑101 (MQ=255)
                                                                  ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                    <  1:662528/101‑1 (MQ=255)
                                                                   cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                   <  1:4137912/101‑1 (MQ=255)
                                                                     ggtCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                 <  1:1053284/99‑1 (MQ=255)
                                                                       tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                               <  1:1649484/101‑1 (MQ=255)
                                                                         gcgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                             <  2:2550190/101‑1 (MQ=255)
                                                                            cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                          >  1:2087564/1‑101 (MQ=255)
                                                                               accGACGGTTGCCCTCGGATGCGTGGCCTCGTCCGGTCCGGTCGGGCCCTTGGAATCGGCCGGG.CCGGTGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                      <  1:2653156/99‑1 (MQ=9)
                                                                               aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                       <  1:1586585/101‑1 (MQ=255)
                                                                                tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                      <  1:2576961/101‑1 (MQ=255)
                                                                                 cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                     <  2:2270314/101‑1 (MQ=255)
                                                                                 cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                     <  1:825498/101‑1 (MQ=255)
                                                                                  gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                    >  2:3154343/1‑101 (MQ=255)
                                                                                   aCGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                   <  1:3874441/101‑1 (MQ=255)
                                                                                   aCGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                   <  2:2936354/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    tgggctctgTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtc                  <  2:3171346/93‑2 (MQ=11)
                                                                                      gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                >  1:986648/1‑101 (MQ=255)
                                                                                      gTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                <  2:2322869/101‑1 (MQ=255)
                                                                                       gatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcggg               >  2:1273889/6‑100 (MQ=11)
                                                                                        gggCGTCGGAGGGGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt              <  2:1830900/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                         ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATAGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtg             >  1:3971212/1‑100 (MQ=255)
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                                                                                          gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg            <  1:2234615/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                                   ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc   <  1:1137536/100‑1 (MQ=1)
                                                                                                    cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg  >  2:68906/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGAGCCGGTTTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCG  >  NC_014034/221843‑222043

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG