New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221992 =856 (4.670)23 (0.130) 8/162 26.3 0.04 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 194 (0.860)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1610 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092
                                                                                                    |                                                                                                    
cggagccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                      >  1:707001‑M1/65‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                                  >  2:327985‑M1/61‑101 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                                                                 <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                >  1:2318940‑M1/59‑101 (MQ=255)
      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                <  1:1115876‑M1/43‑1 (MQ=255)
        tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              >  1:4385124‑M1/57‑101 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              >  2:1147160‑M1/57‑101 (MQ=255)
        tgggatcggtcggatccttgggatcggtcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                              >  1:3796305‑M1/57‑101 (MQ=255)
          aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            <  2:1567353/101‑1 (MQ=255)
            cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                                                                          >  2:3217367/1‑101 (MQ=255)
                  cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcagatcggaag                                                                                    <  1:291569‑M1/55‑6 (MQ=255)
                    ggtccgtgtggtcggtcgggtccgtgggaccggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                  >  2:1009113‑M1/45‑101 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                  <  1:119791‑M1/57‑1 (MQ=255)
                    gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                  <  2:1487000‑M1/57‑1 (MQ=255)
                       ccgtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                               >  1:4236317‑M1/42‑101 (MQ=255)
                           gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                           >  2:2235432‑M1/38‑101 (MQ=255)
                           gggatcggtcggatccgtgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                           >  2:731549‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                     <  1:1916414‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                  gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                    <  1:611727‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                  gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                    <  2:351010‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                   tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTccggg                                                                   <  2:1239703‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                    cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                  <  1:3445648‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                 >  1:94370‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                       atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                               >  1:1734704‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                       atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                               >  1:1840169‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                        tcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtc                                                              <  1:2468774/98‑1 (MQ=1)
                                        tccgttggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                              >  1:1487105‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                         tggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcc                                                             <  1:4118884/99‑2 (MQ=11)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                            <  2:4423253‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                           <  1:208822‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                             gggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                         >  2:4003031‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                              ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                        >  1:2159432/1‑101 (MQ=255)
                                                   ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                   <  2:3349846‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                     tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATccgcg                                                 <  1:4326483‑M1/90‑3 (MQ=255)
                                                     gcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                 >  1:2740731‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                      cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                <  2:1422164‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                       gggttcgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                               <  2:818666/92‑1 (MQ=11)
                                                       ggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                               <  2:3822963/101‑1 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                              <  1:282336‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                              >  1:2637212‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                         ttccgtgggatcggtcgggtccgttggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                             <  2:2619677/94‑1 (MQ=11)
                                                         gtcggtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                             <  1:800861/100‑1 (MQ=11)
                                                         gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTGCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCGGTGGGAt                                             >  2:1957773/8‑101 (MQ=11)
                                                         gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                             >  2:1657793‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           >  2:1344810‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCGGTGGGAtcggt                                         >  1:3275399/4‑101 (MQ=11)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGGGGCGCGGTGGGGCCCGGGGGA..GGTCGGGGCCGTGGGGtcggccg                                       >  2:3148337/4‑101 (MQ=2)
                                                             gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                         >  1:1661257/1‑101 (MQ=255)
                                                              tggtatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                        <  1:3999282/97‑1 (MQ=11)
                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        >  1:3145237‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                               ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg                                       >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                                                               gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                       >  1:541664/2‑101 (MQ=11)
                                                               gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                       >  2:646291‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                               cggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAgcggggg                                       >  2:1075154/1‑98 (MQ=11)
                                                                 gatcgggcggatccgtgggatcggtcggatccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                     <  1:3202571/101‑2 (MQ=11)
                                                                  gtcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgcat                                    <  1:2555677/100‑4 (MQ=11)
                                                                   tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggggggGCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTTGGGTGGGTGGGGTCCGCGTGGtcggaggcgga                                   >  2:3050566/1‑94 (MQ=0)
                                                                     cgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGGTGCGTGGGATCGGGAGGGTCCg                                 >  2:94349/2‑101 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTcgga                                >  1:3515457/1‑98 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGTACGTCGGGTCCGt                                >  2:2107222/1‑101 (MQ=11)
                                                                       tcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgcgatcgcCCGGGTCCGTGGTGTCCCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                               <  2:3721083/101‑2 (MQ=11)
                                                                        gtgatgcgtgggtgcggtcgggtccgtgggatccgtcggGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                              <  1:3045738/95‑3 (MQ=11)
                                                                        cgggaccgtgggatgggtcgggtccgtgaggtcggtCCGATACGTGAGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                              <  2:4243589/101‑3 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCgg                             >  2:3440596/1‑101 (MQ=11)
                                                                          ggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                            >  1:2408738‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                                           atccgggggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                           <  1:866709/100‑1 (MQ=11)
                                                                            tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtc                          >  1:129151‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                                            tccgtgggatcggtcggatccggaggatcggtgggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                          <  1:3874748/101‑1 (MQ=11)
                                                                             ccgtggtattcgtcgggtccgtcggatcggtcggACTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         <  2:501352/101‑1 (MQ=11)
                                                                             ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCCTGGCATAGGTCGGGTCCCTGGGAtcg                         >  1:201337/1‑101 (MQ=14)
                                                                             ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATAGGTGGGAtcg                         >  2:2363373/1‑101 (MQ=11)
                                                                              cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                        <  2:1874092‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                                               gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGGGGGATCTGGCGGGTCCGTGGGGtccgg                       >  1:3942759/1‑98 (MQ=11)
                                                                               gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCTGGGGAtcggc                       >  2:2017043/1‑100 (MQ=14)
                                                                                tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGGtcggtc                      >  1:3345432/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG