New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_014034	= 1562015	143 (0.690)	89 (0.430)	49/184	9.8	0.53	intergenic (+209/+11)	RCAP_rcc01445/RCAP_rcc01446	tonB‑dependent receptor/M20 family peptidase
	?	NC_014034	1608059 =	15 (0.070)					intergenic (+329/‑18)	RCAP_rcc01484/murD	hypothetical protein/UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase
Rejected: Position hash score below cutoff.

GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAT  >  NC_014034/1608042‑1608158                  |                                                                                                    gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                  <  2:3197532/92‑1 (MQ=255) gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                  >  2:3049709/10‑101 (MQ=255) gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                  <  2:2855529/92‑1 (MQ=255) gggtgagaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                  <  1:3818337/91‑1 (MQ=255)    tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc               >  1:2152608/7‑101 (MQ=255)    tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc               >  1:3113801/7‑101 (MQ=255)    tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc               >  1:980875/7‑101 (MQ=255)    ggtgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc               <  1:3956094/94‑1 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGGGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGCGTGGCCAc             >  2:1474483/5‑101 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCTGGCGCTCGGGTCTGGCCAc             >  1:2527691/5‑101 (MQ=255)       gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg            <  1:2921619/98‑1 (MQ=255)        aaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcgg           >  2:2170299/3‑101 (MQ=255)         aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggc          <  1:4366978/100‑1 (MQ=255)          aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTTGCCAcggcg         >  2:182221/1‑101 (MQ=255)          aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg         >  2:3561456/1‑101 (MQ=255)           cccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcgg        >  2:168423/1‑101 (MQ=255)           cccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcgg        <  2:2838820/101‑1 (MQ=255)            ccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGTCTGGCCCcggcggc       >  2:1521578/1‑101 (MQ=255)            ccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcggc       <  2:1518790/101‑1 (MQ=255)            ccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcggc       <  1:4439278/101‑1 (MQ=255)              ccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcggcgg     <  1:3740953/101‑1 (MQ=255)              ccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCACGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGGCTGGCCAcggcggcgg     >  2:946907/1‑101 (MQ=255)               cGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACggcggcggc    <  2:120015/101‑1 (MQ=255)                gCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCa   <  2:2855612/101‑1 (MQ=255)                gCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCa   <  1:2220349/101‑1 (MQ=255)                gCAGCTTACGGAGGACGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGAGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCCAGCCACggaggcggcg   >  2:2286926/1‑100 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCCGGCGCTCGGGGCTGGCCAcgggggcgggcg  >  1:3314520/1‑98 (MQ=255)                  |                                                                                                    GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAT  >  NC_014034/1608042‑1608158 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG