microbes_online.py - operon prediction module cMonkey
For organisms that have operons, cMonkey can read use operon predictions
to improve its scoring. This module defines access to prediction data through
various services.
Note: This module uses VNG names, mostly to be easily comparable
----- with the reference cMonkey implementation.
 
This file is part of cMonkey Python. Please see README and LICENSE for
more information and licensing details.

Modules
		logging cmonkey.network cmonkey.patches sys cmonkey.util

Classes
		MicrobesOnline   class MicrobesOnline     Interface to Microbes Online web service     Methods defined here: __init__(self, cache_dir, base_url='http://www.microbesonline.org') creates a MicrobesOnline service instance get_operon_predictions_for(self, organism_id) Retrieve operon predictions for the specified organism

Functions
		get_network_factory(microbes_online, max_operon_size, weight) function to create a network factory method get_operon_pairs(microbes_online, organism) returns a list of (head, gene) pairs that were derived from an operon prediction file for an organism from Microbes Online Used for retrieving genes that have an operon shift

Data
		__all__ = ['MicrobesOnline', 'get_network_factory', 'get_operon_pairs']