weeder.py - cMonkey weeder interface module
 
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Modules
		logging os cmonkey.pssm re subprocess cmonkey.weederlauncher

Classes
		Site WeederReader   class Site     A site value object holding entries from the wee file     Methods defined here: __init__(self, gene, reverse, site, start, match) create Site object __repr__(self) __str__(self)   class WeederReader     Reads PSSMs from .wee files     Methods defined here: __init__(self, wee_file, base_name) create a reader instance pssms(self) returns the PSSMs read read(self) takes a wee file name and parses the contents into a list sequence_names(self) returns the sequence names read top_hit6(self) returns the top hit of length 6, a (sequence, score) pair top_hit8(self) returns the top hit of length 8, a (sequence, score) pair

Functions
		run_weeder(fasta_file, params, config_params)

Data
		LAUNCHER = 'weederlauncher' LLR_VALUE = 'NA'